Отец Иоанн жил в Кронштадте на втором этаже дома, принадлежавшего Андреевскому собору. Квартира его поражала необыкновенной простотой обстановки, несмотря на то, что через руки её хозяина проходили сотни тысяч рублей. С раннего утра, когда город был погружён в глубокий сон, а улицы пустовали, перед этим домом уже толпилась масса народа, ожидавшего выхода отца Иоанна.
А он ещё с четырёх часов утра, не смотря ни на какую погоду, прогуливался по дому и саду, тайно произнося обычные, положенные для готовящегося совершать Литургию утренние молитвы. Наконец, ворота дома, обыкновенно закрытые, отворялись, и среди ожидавших возникало волнение. Это выходил отец Иоанн. Люди устремлялись ему на встречу, стараясь подойти под его благословение, и чуть не сбивая с ног священника, который, широко благословляя, со своей кроткой улыбкой направлялся к собору. А толпа, сопровождавшая его, всё росла и росла, так как по пути к ней присоединялись всё новые группы. На подходе к собору наблюдалась следующая картина: вдоль решётки сада, по обеим сторонам от входа в собор, чинными рядами стояли нищие обоего пола и всех возрастов. Это те самые бедняки, «посадские», среди которых с первых дней священства и начал свою благотворительную деятельность великий пастырь.
Начиналась раздача милостыни. Отец Иоанн разделял собравшихся на десятки, и каждому десятку вручал определенную сумму, чтобы они распределили её между собой. На долю каждого несчастного приходилось от пяти до десяти копеек. Иногда деньги раздавал не сам батюшка, а кто – нибудь из церковных сторожей, кому он поручал это дело. Тем временем начинал звонить колокол к утрене.
По окончании раздачи милостыни, отец Иоанн в сопровождении толпы входил в собор, и начиналась утреня.
С особенным благоговением совершал отец Иоанн Литургию. Он весь уходил в себя, как бы не сознавая окружающего. Он молился о недужных и скорбящих…
Сохранилось письменное свидетельство человека, случайно, зашедшего в храм во время Литургии. Вот что он пишет:
«Я зашёл в собор от нечего делать. В жизни я много испытал, растерял веру и озлобился. Ни в храме, ни в молитве я не искал успокоения. Но с первых же услышанных мною слов священника, совершавшего службу, меня покорила живая вера в нём.
Во время Великого поста в Кронштадте бывал особенно сильный наплыв богомольцев – не только из Петербурга и Москвы, но с юга, из Сибири и из самых далёких уголков России. Все приюты и гостиницы были в это время переполнены, так что запоздавшим было трудно найти пристанище.
В эти дни отец Иоанн, конечно, не уезжал никуда, кроме обычного объезда новоприбывших. После прочтения положенного правила перед исповедью, он, по обыкновению, начинал принимать исповедников с часу или двух дня. Можно себе представить, сколько времени уходило на исповедование такой массы народа. Не было при этом дня, когда отец Иоанн не исповедывал бы до двух часов ночи. Иногда он тотчас после исповеди начинал утреню.
Отец Иоанн исповедовал без ширм у аналоя, поставленного у царских врат одного из приделов собора. Несмотря на то, что исповедь продолжалась более суток, несмотря на духоту и недостаток воздуха в соборе, пастырь никогда не присаживался. Всегда стоя, облокотясь на аналой, он терпеливо выслушивал каждого.
В течение всего дня он почти ничего не ел, если не считать самого малого количества пищи (два – три солёных грибка и стакан миндального молока).
С 1857 года он стал давать уроки Закона Божия в Кронштадтском городском училище. В 1862 году открылась в Кронштадте классическая гимназия. Когда отцу – Иоанну была предложена здесь законоучительская должность, он с радостью согласился.
Достаточно хорошо известно, как любил отец Иоанн цветы, как восхищался их красотой. Порученных ему для воспитания и образования детей он любил сравнивать с цветами, которые, при соответствующем уходе и любовном выращивании радуют глаз и душу. Однако он замечал: « Впрочем, что нам много говорить о растениях и цветах? Они всё-таки дерево, сено - как ни хороши. А вот вы, детки, наши растения, или лучше - Божьи бесценные (цветы)…».
Воспитывать души – такова была задача, которую поставил себе новый законоучитель. Его взгляды на преподавания уже были твёрдо определены.
У великого чудотворца отца – Иоанна не было неспособных, - его беседы запоминались навсегда и почти одинаково сильными и слабыми.
Отец – Иоанн всегда приносил с собой на запас много отдельных житий, которые сейчас же расхватывались. Ещё более, конечно, воздействовали беседы отца Иоанна на самих учеников. Его проповеди и назидания, отмеченные именно душевностью тона, какой – то особенной сердечностью, непосредственным духовным единением его со своими слушателями, при его замечательно выразительном, отчётливом и чуждом всякой сухости чтении, глубоко западали в души детей и умиляли так же, как и толпы народа, привлекаемых к великому праведнику желанием получить от него благословение, назидание или поучение.
Педагогический стиль отца – Иоанна выражался, в частности, в том, что он никогда не ставил низких оценок. Сами ученики считали, что даже «тройку» получить по Закону Божию – стыд и позор.
Как правило, отец – Иоанн был мягок к ученикам, даже и в случае серьёзной провинности с их стороны, но его необычный голос и звенящее в нём сожаление оказывали на них сильнейшее действие. Так сильна была его любовь к каждому, так непритворно и горячо желал он каждому из них добра. Но бывал он порою и строг, и даже суров. Были случаи, когда совет гимназии принимал постановление об увольнении какого – ни будь нетерпимого ученика. Тогда о. Иоанн упрашивал отдать «исключённого раба» на поруки ему. Отдавали, и нужно было видеть, с каким тревожным вниманием наблюдал о. Иоанн за вверенной ему душой. Он следил за ним, как за больным растением, наблюдал за каждым нездоровым движением и выхаживал.
Уроки о. Иоанна были увлекательны и интересны не только для детворы, но и для взрослых людей. Многие его слова навсегда западали в души слушателей.
Большинство священников ищут работы, занятий, не знают, как скоротать время от одной службы до другой. Иногда их позовут к больному или роженице, а потом опять нечего делать. Некоторые стараются набрать побольше уроков. Другие стараются убить свободное время во всевозможных комитетах, комиссиях, собраниях. С первых дней своего высокого служения Церкви отец Иоанн положил себе правилом насколько возможно искренне относиться к делу. Поэтому, после назначения в Кронштадт в 1855 году у ещё молодого священника оказалась масса занятий: не стало времени ни пообедать, ни отдохнуть, ни провести час-другой в семье. Дел у него столько, что с утра до вечера не переделаешь.
Никогда не роптал о. Иоанн на свою судьбу, не жаловался на обилие дел, на отсутствие досуга.
В 1886 году отцу Иоанну поднесли Остромирово Евангелие и адрес, в котором, конечно, восхваляли его.
Насколько высоко духовную жизнь вёл отец Иоанн в эти годы, становится ясно, в частности, из такой его записи: « Я стал вести дневник, в котором записывал свою борьбу с помыслами и страстями, свои покаянные чувства, свои тайные молитвы ко Господу, свои благодарные чувства за избавления от искушений, скорбей и напастей и постоянную помощь». Кроме того, он тщательно изучал книги Священного Писания, Ветхого и Нового Завета. Шаг за шагом, не спеша, он приобретал познания, которых, по его мнению, ему мало дало академическое образование, приобретал силу духа и веры, - словом, шаг за шагом нравственно совершенствовался.
Первые пятнадцать лет служения и подвижничества о. Иоанна в Кронштадте возбуждали не только опасения высших иерархов и блюстителей православной обрядности за судьбу этого необыкновенного человека, но смущали даже живших в то время духовных деятелей, как, например, святителя Феофана Затворника.
Против о. Иоанна высказывались как в обществе, так и в печати. На него возводились чудовищные, незаслуженные обвинения. Так, в 1883 – 1884гг., когда слава его жизни, в делах милосердия и молитвы достигла столицы, одна из мелких газет, под названием «Минута», чрезвычайно резко выступила против почтенного пастыря. Она обвиняла его в основании какой – то небывалой секты, упрекала в небрежном отношении к своим обязанностям, в извращении Священного Писания.
Газета стремилась доказать, что отец Иоанн разрушает семейные узы, кичится своими благодеяниями; она взывала к общественному вниманию, требуя принятия мер против о. Иоанна. Чтобы доказать это, распространялась молитва, приписываемая о. Иоанну.
В 1889 году доктор Попов выразил на суде так же жёсткое, неодобрительное мнение об о. Иоанне. Он отозвался о нём как о фанатике, заражающем своим фанатизмом окружающих. А на следующий день один публицист раздул этот отзыв и без обиняков назвал всех почитателей отца – Иоанна «сумасшедшим домом на свободе».
Сам отец Иоанн прекрасно видел и сознавал, за что он подвергается гонению. Отношение к отцу Иоанну, в конце концов, выразилась с особенной силой в пьесе «Чёрные вороны», где осмеивался кронштадский пастырь и его последователи. Материалом для пьесы послужили газетные статьи, направленные против о. Иоанна. Среди верующих членов русского общества поднялось страшное негодование по поводу пьесы, которое отразилось на страницах патриотической печати. Вот что писала по этому поводу «Курская быль»:
«Не станем подробно передавать кощунственного содержания этой пьесы. Упомянем только, что в пьесе «Черные вороны» карикатурно и возмутительно – пошло высмеивается обычное для всякого верующего русского человека религиозное чувство в общественной и частной благотворительности; при всём этом на сцене употребляются церковные свечи, светильники, монашеские одеяния, произносятся некоторые обычные церковно-молитвенные выражения, поются даже церковные песнопения, например, «Да исправится молитва моя», и т.п.».