Крім видозмін надземного пагона у рослин є видозміни і підземного: кореневище, бульба, цибулина, які виконують функції нагромадження поживних речовин і вегетативного розмноження.
Кореневище — це видозмінений пагін з невеликими лускатими листками буруватого кольору і бруньками.
Кореневище зовні схоже на корінь, але відрізняється наявністю рудиментарних листків, бічних і верхівкових бруньок і відсутністю кореневого чохлика. За формою воно може бути довгим і тонким (пирій, осока) або коротким і товстим (щавель, іриси). Щороку з верхівкової бруньки виростає надземний пагін. Під час обробітку грунту кореневище може бути подрібнене, тоді кожна його частина з брунькою дасть нову рослину. Особливо швидко відбувається вегетативне розмноження рослин з розгалуженими кореневищами (пирій).
Бульба — це потовщена верхівка підземного стебла — столона. Найбільш відомими є бульби картоплі. Про стеблове їх походження свідчить наявність і спіральне розміщення бруньок-вічок. Хлорофілу бульби не мають, але на сонці зеленіють. Бульби можуть бути і надземними, наприклад потовщене стебло капусти кольрабі. Такі бульби мають зелений колір.
Цибулина — дуже вкорочений підземний пагін з видозміненими листками. Цибулини бувають кулясті, яйцеподібні, видовжені тощо. Стеблова частина цибулини займає незначну зону, її називають денцем. На нижній поверхні денця розміщені численні додаткові корені, на верхній — видозмінені м'ясисті листки (луски), що щільно прилягають один до одного і мають запас поживних речовин. Зовнішні листки (луски) виконують захисну функцію, тому стають шкірястими. У пазухах деяких соковитих лусок є бруньки, з яких розвиваються або дочірні цибулини (дітки), або надземні зелені листки і квітконосні "стрілки".
Цибулини формуються у багатьох лілійних рослин: цибулі, лілії, тюльпана тощо. У деяких лілійних можуть бути надземні цибулини. Зазвичай вони утворюються у суцвіттях (у дикої цибулі, часнику), але можуть міститися і в пазухах листків.
Внутрішня будова стебла деревної рослини. Особливістю будови стебла дводольної деревної рослини є його щорічне потовщення завдяки життєдіяльності камбію — вторинної твірної тканини. Внутрішню будову стебла деревної рослини добре видно на поперечному розрізі трирічної гілки липи.
У центрі розрізу розміщені великі клітини серцевини з тонкими оболонками, в них можуть відкладатися поживні речовини. У багатьох дерев серцевина пухка, може відмирати й утворювати у стовбурі порожнину — дупло. Серцевину оточують три (за числом років зрізаної гілки) концентричних шари деревини приблизно однакової товщини.
Це свідчить про подібні умови росту гілки упродовж трьох років. Деревина складається з судин, клітин паренхіми і механічної тканини. Численні клітини механічної тканини надають стеблу міцності і захищають великі судини від стискання сусідніми клітинами. До периферії зовнішнього кільця прилягає тонкий шар клітин вторинної твірної тканини — камбію. Зовні від камбію розміщується шар кори, вкритий корковою тканиною і відмерлою шкіркою.
У корі є різні тканини: провідна, механічна, основна. Провідна тканина представлена ситоподібними трубками, механічна — луб'яними волокнами, які надають стеблу міцності й гнучкості. Основна тканина виповнює проміжки між цими тканинами і може нагромаджувати поживні речовини.
Зовні кора вкрита корковою тканиною, яка складається з мертвих клітин, на її поверхні знаходяться клітини відмираючої шкірки. Шкірка і корок захищають стебло від впливу несприятливих умов, не пропускають вони і повітря. У корковому шарі більшості дерев і кущів є спеціальні отвори, крізь які надходить повітря, необхідне для дихання рослини, — сочевички, які мають вигляд маленьких горбиків на поверхні стебла. Сочевички утворені великими клітинами основної тканини з великими міжклітинниками.
Потовщення стебла відбувається за рахунок періодичної діяльності камбію. Клітини камбію постійно діють у період вегетації рослини і можуть функціонувати упродовж кількох років. Особливо інтенсивно розмножуються клітини камбію навесні, тому кора з пагонів легко знімається. Схематично процес росту клітин камбію можна уявити так: клітина камбію росте і ділиться. З двох нових клітин внутрішня спеціалізується і перетворюється на клітину деревини, що прилягає до старих її елементів, а клітина камбію, відсунута назовні, зберігає здатність до подальшого поділу (тобто залишається камбіальною). Після поділу цієї клітини зовнішня дочірня клітина починає перетворюватися на постійну клітину кори, а внутрішня дочірня залишається камбіальною. Ця камбіальна клітина знову утворює клітину деревини, а далі — кори. Отже, камбій відкладає клітини безперервно: всередину — клітини, з яких будується деревина, назовні — клітини, з яких будується кора. Нові клітини деревини наростають назовні, а клітини кори — із середини. При цьому камбій весь час кільцеподібне обхоплює деревину.
Як правило, клітин деревини утворюється значно більше, ніж клітин кори, тому деревина займає значнішу частину на поперечному розрізі стебла. Клітини деревини і кори, які утворилися з камбію, можуть розростатися як у поздовжньому, так і в поперечному напрямку.
Ріст клітини камбію припиняється з настанням зимового періоду, а навесні поновлюється. Лише у посушливих районах (саванах) рослини влітку втрачають листя і вступають у літній період спокою. За умов вологих тропіків дія камбію не припиняється, тому рослини там ростуть постійно.
На поперечному розрізі трирічного пагона липи видно, що деревина має чітко виражені шари. Це річні кільця, які чітко виділяються внаслідок того, що деревина, яка утворилась у різні пори року, має різні колір, блиск і щільність. Весняна деревина, яка утворилася після відновлення діяльності камбію, складається з великих клітин з тонкими оболонками. Вона зазвичай багатша на судини та трахеїди, тому здається пухкішою і забарвлена в світліший колір. Осіння деревина складається з більш товстостінних, але вужчих волокон і замість елементів, які проводять воду, містить більше механічної тканини, тому здається темнішою. Внаслідок відмінності у структурі пізня деревина функціонує переважно як механічна тканина, а весняна проводить воду з розчиненими мінеральними солями. Перехід від весняної деревини до осінньої відбувається поступово, а перехід від осінньої до весняної завжди раптовий.
Ширина річних кілець залежить від виду дерева, його віку (на початку життя рослини утворюються ширші кільця, з віком вони поступово вужчають), від умов середовища. За шириною кілець можна прочитати історію умов життя дерева.