Повернувшись до Москви, Володимир Вернадський писав Агатангелу Кримському 12 вересня 1939 року: "Дуже радий, що побував у Києві. Так чи так з ним пов'язаний дорогий для мене період мого життя. Зовсім інше, коли побачиш своїми очима і своїм єством, а не тільки почуєш чи прочитаєш".
У лютому 1941 року 78-річний В. Вернадський у листі до Євгена Бурксера ділиться мріями - побувати ще раз у Києві, провести біогеохімічні дослідження. "Дуже спокусливо було б для мене побувати у Києві і підняти питання про відновлення в Українській Академії роботи по біогеохімії, яка була розпочата при її зародженні, результати якої надруковані у виданнях Паризької Академії наук. Однак, думаю, що це тільки мрії. Все-таки я не досягнув більш або менш стійкої рівноваги і не наважусь у березні приїхати до Києва".
Володимир Вернадський контактував в багатьма українськими діячами науки та культури. Листування з ними займає поважне місце в його об'ємному епістолярі (щось понад три тисячі кореспондентів). З деякими з них він підтримував тісні довготривалі дружні стосунки.
Велика дружба зв'язувала Володимира Вернадського з Михайлом Драгомановим - українським публіцистом, істориком, літературознавцем, економістом, філософом і громадським діячем, борцем проти царизму, політемігрантом.
Ще у гімназичні роки ознайомився Володимир Вернадський з творами Михайла Драгоманова. їх привозив з-за кордону його батько. Вернадський писав у своїх мемуарах 1943 року: "Між іншим, тут я вперше ближче познайомився з творами М. П. Драгоманова (1841-1895) і з закордонною літературою, яку він і Подолинський видавали за кордоном, між іншим, прочитав грубі томи "Громади".
Уже після смерті батька в 1888 р. в Парижі я близько зійшовся з М. П. Драгомановим. Оскільки я знав його літературу, то ми дуже швидко зблизились. До його несподіваної ранньої смерті я стежив за його закордонною літературою, одержував його видання, завдяки йому брав участь у вшануванні Павлика, був членом Товариства Шевченка у Львові - свого роду Української Академії". Завдяки Драгоманову відбулося знайомство Вернадського не лише з українським письменником Михайлом Павликом, діячем демократичного напрямку, а й з великим українським поетом і вченим, демократом Іваном Франком. У 1894 році М. Драгоманов, який збирався з дружиною їхати до Парижа, дізнавшись, що туди іде В. Вернадський, писав йому з Софії, що він радіє можливій зустрічі і що, оскільки Вернадський їде через Львів, то він хотів би познайомити його зі своїми "галицькими приятелями" - Іваном Франком та Михайлом Павликом. Драгоманов дав адреси й просив їх відвідати.
Вернадський називав Драгоманова "великою людиною, істориком побуту і народних мас", а його праці кваліфікував як видатні.
Особливе місце в житті, науковій і науково-організаційній діяльності Володимира Вернадського посідала багаторічна дружба і спільна робота по створенню Української Академії наук з академіком Агатангелом Кримським.
Восени 1904 року на квартирі професора Московського університету Володимира Вернадського зібралися організатори Товариства сприяння успіхам дослідних наук і їх практичному застосуванню. Від Лазаревського інституту східних мов був присутнім професор Агатангел Кримський. Після наради, коли всі розходилися, господар запропонував Кримському залишитися й запросив пообідати з його сім'єю.
Вернадський і Кримський були членами Академічного союзу, вони там і познайомилися того ж року. Професор Лазаревського інституту привернув увагу професора Московського університету як земляк, родом з України.
У розмові за обідом згадували Драгоманова.
Михайло Драгоманов був добрий знайомий також і Кримського. Він відіграв велику роль у спрямуванні юного Агатангела на шлях вірного служіння народові. Кримський називав Драгоманова "незабутнім вчителем", а про його кончину схвильовано і сумно сказав: "Після Тарасової смерті Україна ще не зазнала такої великої втрати". Кримський написав розвідку про Драгоманова, де розкрив його заслуги у галузі української етнографії.
Висока оцінка особистості і творчості Драгоманова Вернадським та Кримським стала імпульсом до їх порозуміння. У листі 7 листопада 1937 року до Вернадського Кримський повідомляв, згадуючи про їхні зустрічі понад 30 років тому: "Ми розговорилися, Ви згадали про Драгоманова. Так і встановилися наші близькі стосунки".
Справді, з часом знайомство Вернадського і Кримського набуло дружнього характеру. Кримський, хоч і зрідка, а навідував Вернадського. На знак щирої дружби і вдячності 1908 року він у другому виданні своєї поетичної збірки "Пальмове гілля. Екзотичні поезії", частина 2, що вийшла у Москві, надрукував посвяту: "Найдорожчому моєму приятелеві і найкращій людині, яку я коли знав, академікові Володимиру Івановичу Вернадському присвячую сю книжечку своїх віршів".
А 9 серпня 1911 року Кримський напише Вернадському:
"У моєму житті зустріч з Вами становить велику важливу смугу. Для Вас моє знайомство було лише епізодом, для мене - суттєвим відрізком життя...
З першого ж моменту Ваша особистість вразила мене, вразила в багатьох відношеннях... Головним чином, на мене вплинула Ваша гармонійність: і чудовий вчений, і людина з чутливим громадським принципом, і спеціаліст, і широкий філософ; не тільки сповідник відомих ідей, але й практичний, послідовний виконавець їх у житті. Я зустрів від Вас і від Вашої чистої благородної сім'ї співчутливе ставлення, став для Вас своїм і дуже цінував це. В останні два роки я навмисно старався не дуже часто бувати у Вас (до того я вважав за потрібне не обтяжувати Вас своєю особою). Для мене було досить і тих нечастих відвідин, які я Вам робив, щоб відчути себе підбадьореним, ожити і повірити в людей".
Напевно, Кримський применшував свою роль у житті Вернадського, який у своїй "Хронології" (замітках і записах) занотував, що у 1904 році відбулося "знайомство з Кримським", а у 1910-му - "зближення з Кримським".
Вернадський надзвичайно високо цінував Кримського. Тому, коли у 1918-1919 роках очолив організації Української Академії наук, вважав конче необхідним залучити його до роботи.
"У Київському університеті, - розповідав у "Спогадах" 1943 року Вернадський, - з-поміж професорів не було осіб, котрі були б видатними дослідниками в галузі мови, літератури, історії України. А без участі таких людей не можна було виробити Статут Української Академії наук. Треба було шукати таких людей в іншому місці. Звернулись... до професора Лазаревського інституту в Москві А. Ю. Кримського, великого вченого-орієнталіста, учня академіка Ф. Є. Корша. Кримський був не тільки орієнталістом, а й великим дослідником у галузі історії та граматики української мови, був видатним українським поетом і людиною колосальної ерудиції".
І далі Вернадський визначає одну з найвищих спільних цінностей їхнього духовного світу, що єднала ці дві великі особистості,- "І любов до України єднала нас".
Дружба Вернадського і Кримського зумовлювалася певною мірою і ще однією спільною для них особливістю. Подібно до Кримського, який поєднував у своїй особі і вченого, і поета, Вернадський був втіленням і наукового, і художнього мислення. У нього була певна єдність з ученими-мислителями-митцями. Його могутній синтетичний розум, здатний до найвищих узагальнень, щасливо поєднувався з глибоким емоційним, по суті, мистецьким сприйняттям явищ природи і життя. У процесі наукової творчості він відчував натхнення, прозріння, притаманні митцям. Учений міг мислити образами.
Палким і безмежним було бажання Вернадського саме з Кримським створити найвищий науковий центр на. Україні - Українську Академію наук. Один за одним надсилав він листи до Москви та Звенигородки - рідного міста Кримського. "Я взяв на себе керівництво у Комісії по створенню Української Академії наук та Комісії по вищим учбовим закладам і науковим товариствам та Комітеті по заснуванню Бібліотеки при Академії наук у Києві. Знаючи Ваші глибокі знання та інтерес до цих питань, я насмілююсь просити Вас до участі в роботі однієї з Комісій. Чекаю на Вас дуже, позаяк упевнений, що, незважаючи на часткові неминучі розходження, взагалі порозуміємося й буду дуже радий попрацювати у цей складний і важкий момент з такою близькою й дорогою мені людиною, як Ви...
... Дуже прошу не відмовитися, відповісти мені скоріше, і я сподіваюсь, ми будемо разом працювати над справою, що Вам також дорога, як і мені... Приїздіть же і будемо разом працювати. Скоріше приїжджайте. Я увесь час відчуваю Вашу відсутність. Як же Вам не бути у такий момент. Приїздіть негайно... Ну, до скорого побачення у Києві, дорогий друже. Ваш завжди В. Вернадський".
Вернадський особисто займався організацією переїзду Кримського з Москви, добився для нього окремого вагона і провожатого, оскільки Кримський погоджувався їхати до Києва назавжди тільки зі своєю великою бібліотекою, укомплектованою східною та українською літературою, яку він мав намір передати в дар майбутній Українській Академії наук, що і було згодом здійснено. Тепер бібліотека А. Ю. Кримського та його архів становлять одне з найцінніших зібрань Центральної наукової бібліотеки імені В. І. Вернадського Академії наук України.
Активно й ініціативно працював в обох комісіях і комітеті Кримський у діловій злагоді з Вернадським. На першому засіданні спільного зібрання академіків, що стало вищим керівним органом Української Академії наук, її головою-президентом було обрано В. Вернадського, а її незмінним секретарем А. Кримського.
Незмінний секретар Української АН А. Кримський був поряд з В. Вернадським, коли голова-президент активно та ініціативно брав участь в охороні пам'яток природи, історії, культури. Так, завдяки їхній діяльності була збережена київська колекція лускокрилих, яка вважалася "однією з кращих на континенті Європа", а також видатна історична та архітектурна пам'ятка XVIII століття - будинок Києво-Могилянської академії.