Отже, зрештою, Сірко зі своїми козаками змусив Виговського зректися булави і зробив все можливе, щоб вона перейшла до Юрія Хмельницького. Під час обрання гетьманом України Юрія Хмельницького у 1659 р. полковник Сірко теж брав участь у Переяславській раді: у присяжному списку за нього, неписьменного, розписався сам гетьман.
У 1660 р., за гетьманування Брюховецького, Сірко стає кошовим отаманом. Протягом певного часу він дуже активно втручався у справи зовнішньої політики, віддавшись боротьбі з татарами. Зокрема, восени 1663 року він повів козаків на Перекоп. Нескінченні татарські напади не давали спокою козакам, тож Сірко вирішив поставити на місце як не кримського хана, то хоч перекопського мурзу. На допомогу татарам прийшов загін турків. Але й це не зарадило бусурманам. Козаки разом із загоном стряпчого Косагова розгромили їх і захопили великий полон (щоправда, під час бенкету з нагоди перемоги випили трохи зайвого і всіх полонених перебили).
Але, крім проблем з татарами, Україна мала ще одну проблему – не на жарт розпалилася боротьба за булаву між Тетерею та Брюховецьким. Тетеря орієнтувався на незалежність, але за союзника мав польського короля, і Сіркові це не подобалось. І коли Тетеря прислав до нього гінців з листом, кошовий посадив їх у холодну, а листа передав Брюховецькому, що тримався російського царя.
Боротьба за гетьманську булаву була дуже трагічним явищем, тому що один претендент підтримував польського короля, а другий – російського царя. Через це весь час точилася кривава громадянська війна, що забирала сотні тисяч українських вояків, а Україна все більше і більше занепадала. За приклад такого лиха можна взяти битву під Глуховом у 1664 р. Тут билися війська Яна Казимира, що підтримував військо Тетері проти військ Брюховецького і російського князя Ромодановського. Перемогли Ромодановський з Брюховецьким, але Україні від того легше не стало.
Сірко ж, тим часом, перебував у тилу поляків, громив польські обози, та гарнізони, вірні П. Тетері. Згодом про все, що він вчинив, доповів листом цареві. А вчинив він немало: він розбив військо польського генерала Чарнецького, розгромив загін татар, що йшли йому на допомогу. Згодом, разом з чималим загоном калмиків, що несподівано приєднались до козаків, здобув ще одну перемогу над татарами. Ось тільки жодного зі своїх супротивників Сірко остаточно здолати не зміг.
Отаманство Сірка на Січі було непостійним. Поки в Україні тривала страшна громадянська руїна, його кілька разів обирали кошовим і відбирали булаву. Але, навіть, коли він кошовим на Січі не був, то це не позбавляло його пошани запорожців. У 1667 р. кошовим був не Сірко, а Іван Ріг, але це не завадило Сіркові зібрати великий загін козаків і повести його на Крим. Козаки дійшли до Кафи, захопили велику кількість полонених, визволили 2000 татарських бранців. Цьому сприяв вищезгаданий розгром хана під Перекопом. Після цієї битви Крим вже не був здатним ні на який опір.
Дослідники й досі не можуть пояснити те, що ще після кількох битв Сірко кидає Січ і стає полковником (адміністратором) м. Змієва (нині Харківська область). Може, не поділив чогось з тодішнім кошовим отаманом та його прибічниками? Чи, може, вирішив для себе: час уже покласти край козакуванню та перейти на осіле врядування.
В ролі адміністратора Сірко дуже скоро впевнився, що росіяни дивилися на Слобідську Україну (та й, власне, на всю Україну!), як на свою колонію. Сірка дуже обурило свавілля бояр та російських воєвод, і він очолює ряд повстань селян та козаків, і, таким чином, розпочинає бойові дії проти своїх недавніх союзників, росіян. І хоч він і здобув ряд перемог: під Охтиркою, Харковом, Полтавою, він розумів, що своїх сил замало, а ні гетьмана, ні кошового втягнути у війну не вдастся. Отже, Сірко знов опиняється на Січі. Там, за підказкою кримського хана, що хотів мати на Січі союзника, кошовим отаманом був Петро Суховій, що цілком орієнтувався на Крим. При цьому він вважав, що лише він є справжнім та законним гетьманом, і що всі інші мають скласти свої обов’язки і передати їх йому. Проте, ні Дорошенка, ні Многогрішного це, певна річ, не влаштовувало. Але їм потрібна була сильна підримка, яку вони знайшли в особі Івана Сірка. І першою справою, зробленою ним, був розгром військ “гетьмана його ханської величності”, як іменував себе Суховій та військ хана Батирчі.
Та минуло зовсім небагато часу, і ми бачимо Івана Сірка в складі оновленого війська Петра Суховія!!! Тепер Сірко визнає його за законного гетьмана і бере в бологу Чигирин, щоб відібрати булаву від Дорошенка. Одне слово, пояснити політичні перевтілення Сірка просто неможливо. Вони не піддаються ні розумінню ні логіці.
Єдине, що відривало його від міжусобної боротьби за булаву, то це боротьба з татарами і турками. От і в 1670 році полковник Іван Сірко зібрав загін козаків і вирушив в похід на Очаків. Йому вже набридло дивитися на те, як в Криму й досі хазяйнують татари й турки. Фортеці, тобто, самої цитаделі Очакова Сірко не штурмував, але місто захопив, спалив, сплюндрував, а всіх, хто намагався йому перешкодити – знищив.
Але тоді Сірко не знав, що на нього чекає. Росія чітко дала зрозуміти всім українцям, що не хотіли коритися їй, що саме для таких, як вони, в неї є Сибір. А місця там навіть для кількох Україн не забракне. Та почалося виконання її погрози не з рядових козаків, а з гетьмана Лівобережної України – Многогрішного. І не самого – зусією родиною та прибічниками. Сіркові, як кошовому отаманові, личило б обуритися з цього приводу, незалежно від особистого ставлення до гетьмана. Але ні! Сірко вирішив, що й сам може підняти булаву, що випала з рук Многогрішного...
Трагедія українського лицарства полягає в тому, що замість згуртуватися і раз і назавжди показати російському цареві, що гетьманів як призначали і скидали козаки, так і призначатимуть далі, а в Сибіру цар нехай прохолоджує власних боярів,- найвизначніші представники лицарства, у тім числі й Сірко, зраділи вакансії і кинулися: хто здобувати булаву, а хто – підтримувати любого серцю претендента.
Про свої претензії на гетьманування Сірко, не здатний до інтриг, заявив чесно. Це насторожило всіх претендентів на булаву і навколишніх правителів. Всі розуміли, що якщо влада в Україні перейде до такого талановитого полководця, як Сірко (за свдченнями істориків, він переміг у 50 великих битвах, не рахуючи численних дрібних сутичок, а програв тільки 1), то навіщо тоді Україні буде “ висока рука” чи то царя-батюшки, чи то польського короля, чи турецького султана, чи то ще когось.
Особливо вперто виступали проти Сірка гетьман Правобережної України Петро Дорошенко, призначений російським урядом гетьман Лівобережної України Іван Самойлович, полтавський полковник Федір Жученко. Саме останній відіграв лиху роль у житті Сірка.
Скориставшись з того, що Сірко з невеликим загоном охорони виїхав до Курська, щоб особисто передати росіянам захопленого в полон татарського мурзу Тенмамбета, Жученко навмисно заарештував Сірка і звинуватив його у спеціальному прибутті на лівобережжя з метою зчинення бунту проти царя. У Москві цьому охоче повірили. По-перше, зовсім недавно він організовував бунти проти московських воєвод на Слобожанщині, по-друге, цареві було вигідно позбутися такого сильного і небезпечного претендента на гетьманську булаву.
Так у Сибіру Сірко, напевно, і загинув би. Але навесні 1672 року 300-тисячна армія турецького султана вдерлася на терени України. Така армія богла б захопити Київ, а вже звідти – Москву чи Варшаву. Небезпека зросла, коли до султана приєдналася ще й кримська орда.
Отут і Польща, і Москва, і претенденти на гетьманську булаву зрозуміли, що протистояти такій численній орді, виявляється, нема кому. Шабель не бракувало, але не було талановитого полководця. Ось тоді і згадали про Сірка. Першим почав прохати про його звільнення польський король, що мав би дуже ненавидіти його – дуже багато польської крові виточив він на просторах України. Клопоталися за Сірка й запорожці, і гетьмани Самойлович з Ханенком. Всі розуміли, що треба дати відсіч навалі, призвідці якої остаточно втратили страх перед українцями, поляками і росіянами. І в червні 1673 року Сірко знов на Січі.
Перше, що зробив – зібрав запорожців, що вже пожурилися над колишньою славою, взяв штурмом Аслам, потім – Очаків, перебив загони, що перекривали підступи до них. А щоб хан краще затямив, з ким має справу, перестрів на Муравському шляху ще й великий загін ординців, які йшли проти росіян, і теж розгромив його. Після ряду таких блискучих перемог, запорожці знову, вже вкотре, обирають його кошовим отаманом.
Мухаммед IV не міг пробачити Сіркові та його запорожцям поразок, що раз у раз зазнавав від них. І восени до Криму прибуло велике турецьке військо. Його командир привіз наказ для хана: приєднати до війська свою орду, а взимку, коли замерзне Дніпро, напасти на Січ, і, перебивши козаків до одного, зруйнувати її...
Сіркові й на думку не спадало, що татари можуть з’явитися коло Січі, та ще й на Різдво. Та й, слід віддати належне ординцям, операція готувалась у повній таємниці, навіть солдатам-яничарам начальство нічого не повідомляло до останнього моменту. Один-єдиний сторожовий загін, що рейдував у степу, татари захопили в полон. Хтось з козаків зголосився на провідника. Підійшли вночі, непомітно. Вершники татар оточили острів, щоб добивати тих, хто тікатиме, а турки-піхотинці ступили на територію Січі. Далі сталося те, що потім дало змогу Сіркові посилатися на “заступництво боже”. І справді, інше пояснення тому, що сталося далі, знайти дуже важко.