В двадцатых числах октября к Корфу подошел отряд капитана 1ранга Селивачева, который по приказанию Ушакова приступил к осуществлению блокады. 9ноября к Корфу подошел с главными силами Ушаков. Эскадра стала на якорь южнее крепости. Союзный флот испытывал острый недостаток в продовольствии. Кроме того, для атаки крепости не хватало десантных войск. Обещанные Турцией войска не прибывали, и получение подкреплений оттягивалось длительными переговорами.
Несмотря на все трудности, Ушаков установил тесную блокаду Корфу, лишив французский гарнизон возможности получить какую-либо помощь извне. Кроме того, чтобы пресечь попытки французов заготовлять себе провиант путем грабежа местных жителей, на Корфу был высажен небольшой десант, а на оконечностях острова установлены батареи. Батарея, сооруженная на северной стороне острова, уже с ноября 1798г. начала систематическую бомбардировку французских укреплений.
22 ноября к Ушакову из Севастополя пришли шхуна и две бригантины с продовольствием. 30декабря из Севастополя прибыл контр-адмирал Пустошкии с двумя новыми 74-пушечными кораблями. К 1января 1799г. в распоряжении Ушакова было уже 12кораблей, 11фрегатов и несколько мелких судов. К 25января прибыли дополнительные силы.
Весь период осады острова Корфу, продолжавшийся три с половиной месяца, был насыщен многочисленными боевыми столкновениями кораблей русской эскадры с французскими кораблями, стоявшими около острова. Эти поединки кораблей, а также систематические обстрелы крепости русскими батареями истощили противника. Однако решительный штурм крепости требовал согласованных действий всех сил. Между тем турецкое командование не выполняло своих обязательств по снабжению и оттягивало присылку обещанного десанта, чем ставило Ушакова в затруднительное положение.
Несмотря на это, Ушаков деятельно готовился к штурму. Изучив подходы к острову Корфу, он сделал правильный вывод о том, что острой Видо служит ключом к крепости. Вместе с тем он понимал, что взять сильно укрепленный остров Видо только силами десанта будет чрезвычайно трудно, но Ушаков твердо решил овладеть им. Общий сигнал к штурму острова Корфу намечалось дать одновременно с штурмом острова Видо. Накануне штурма был созван совет адмиралов и командиров кораблей, на котором Ушаков сообщил свое решение и план действий.
Готовясь к штурму, Ушаков провел ряд учений, в ходе которых уделил особое внимание изготовлению осадных лестниц и фашин и умению пользоваться ими. Большое внимание было уделено также вопросам связи, для обеспечения которой была разработана таблица из 130условных сигналов флагами.
Атака острова Видо началась 18февраля 1799г. в 7часов утра. Фрегаты, идя под парусами, открыли огонь по батареям и береговым сооружениям острова. Далее последовал мощный огонь по живой силе и по береговым батареям противника и с остальных кораблей, которые стали на якорь по диспозиции. Несколько кораблей было выделено в отдельный отряд с задачей обстрела рейда и противодействия всякому подвозу подкреплений на остров Видо. Этому же отряду было поручено вести обстрел неприятельских кораблей и фрегатов, находившихся с западной стороны острова Видо.
Ушаков на корабле "Св.Павел" в сопровождении фрегата лично проверил правильность расстановки кораблей по диспозиции, а затем, подойдя на дистанцию картечного выстрела к самой большой батарее, совместно с фрегатом в короткий срок разрушил ее. К 11часам огонь неприятельских батарей значительно ослабел. На флагманском корабле был поднят сигнал: "начать высадку десанта". Всего было высажено более 2000человек. Огонь корабельной артиллерии продолжался и во время высадки десанта. К 14часам остров Видо был взят. Из состава гарнизона, насчитывавшего до 800человек, 422человека было взято в плен.
Одновременно начался общий штурм крепости Корфу. Высаженный на остров десант немедленно бросился на приступ наружных оборонительных сооружений крепости. Первый приступ был отбит, и лишь когда были получены подкрепления, второй приступ завершился успехом. Французский комендант послал Ушакову письмо с просьбой о перемирии на 24часа, в течение которых он обязался подписать капитуляцию. На следующий день на корабль Ушакова "Св.Павел" прибыл французский генерал Шабо, подписавший условия безоговорочной капитуляции.
Взятие Ушаковым сильнейшей морской крепости Корфу явилось невиданной для того времени победой. Ушаков вновь продемонстрировал высокое флотоводческое искусство, а русские моряки показали отличные боевые качества. Успех этого сражения во многом был облегчен тем, что Ушаков, правильно оценив обстановку, принял решение атаковать остров Видо сперва с моря, а затем с суши, хотя это и противоречило отжившим традициям, согласно которым флот может лишь блокировать приморские крепости.
В период осады и взятия крепости Корфу Ушаков проявил несравненно более высокое искусство, чем известный английский адмирал Нельсон, осаждавший в тот же период остров Мальта и значительно менее сильную крепость на нем Ла-Валетта. Если Ушакову понадобилось на взятие Корфу только три месяца, то Нельсон потратил на осаду Мальты больше года. При этом он сам так и не дождался взятия Мальты, уехав в Англию.
Получив весть о победе Ушакова на острове Корфу, Суворов воскликнул: "Великий Петр наш жив!.. Что он, по разбитии в 1714году шведского флота при Аландских островах, произнес, а именно: "природа произвела Россию только одну: она соперницы не имеет", - то и теперь мы видим. Ура! Русскому Флоту!.. Я теперь говорю самому себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?"
После взятия острова Корфу боевые действия эскадры Ушакова были перенесены к побережью Южной Италии. Командовавший в то время союзными русско-австрийскими армиями Суворов предложил Ушакову послать отряд кораблей к адриатическому побережью Италии для блокады Анконы, так как находившиеся там французские корабли могли перехватывать австрийские транспортные суда и тем самым угрожать коммуникациям, важным для союзницы России - Австрии. По просьбы Суворова в мае 1799г. Ушаков отправил к берегам Анконы 3линейных корабля (один турецкий), 4фрегата (2турецких) и 5мелких судов, поручив командование этим отрядом контр-адмиралу Пустошкину. Несколько ранее был послан в Отранто под командой капитана 2ранга Сорокина еще отряд, в составе которого были 4фрегата, 2легких судна и 4канонерские лодки. Этот отряд 9мая высадил на восточном побережье Апеннинского полуострова (между Бриндизи и Манфредония) десант под командой капитан-лейтенанта Белли, сыгравший важную роль в боевых действиях русских войск в Италии. С десантом, численность которого была доведена до 600человек, Белли пересек полуостров с востока на запад и, выйдя на берег Тирренского моря (3июня 1799г.), принял участие во взятии Неаполя.
Ушаков в конце июня 1799г. перешел с основными силами своей эскадры (10линейных кораблей, 7фрегатов и 5других судов) к берегам Сицилии.
Изгнав французов из всей Северной Италии, Суворов в начале августа 1799г. начал готовиться к наступлению на Генуэзскую Ривьеру. В плане наступления на Ривьеру Суворов уделил флоту значительное место. Он писал: "а соединенный флот должен быть о намерениях наших извещен и содействовать нам как в прикрытии водных транспортов, так равно и другие чинить вспоможения".
Будучи в начале августа в Мессине, Ушаков получил письмо от Суворова, в котором фельдмаршал просил отрядить группу кораблей для блокады Генуи, чтобы пресечь подвоз снабжения к французской армии морем.
Ушаков срочно направил к Генуе отряд из двух линейных кораблей и двух фрегатов под командой действовавшего ранее у Анконы контр-адмирала Пустошкина. Сорокин же был направлен теперь к Неаполю. Отряд Пустошкина содействовал Суворову до самого конца его пребывания в Италии.
13 и 14 сентября великий полководец с боями совершил свой знаменитый переход через Сен-Готард и Чортов мост. В это время эскадра Ушакова продолжала оставаться в Италии, деятельно готовясь к походу на Рим. Ушаков лично разработал план этого похода. Им был сформирован под начальством полковника Скипора отряд из 820гренадеров и 200матросов эскадры. Отряду были приданы 2500человек из войск неаполитанского короля. В период подготовки похода на Рим в Неаполь прибыл английский адмирал Нельсон. Не желая, чтобы русские овладели Римом, английский адмирал тайно послал военное судно в порт Чивита-Веккия (близ Рима) с предложением французам капитулировать до того, как русские подойдут к Риму. Условия капитуляции, предложенные Нельсоном, были чрезвычайно выгодны для французов. Так, например, у французов не отбиралось оружие и они не лишались права вновь вести военные действия. Англичане пообещали перевезти их во Францию на своих судах. Французы, естественно, дали согласие на такую "капитуляцию", тем более, что Франция могла бросить эти войска против союзников на генуэзское побережье. Ушаков был глубоко возмущен этим предательством английского адмирала, однако поход на Рим не отменил. Торжественным вступлением русских моряков в Рим, оставленный французами по условиям капитуляции, закончились действия десанта эскадры в кампанию 1799г. В 1800г. эскадра Ушакова была отозвана ПавломI в Черное море.
Стратегия и тактика Ушакова были подчинены одной цели - уничтожению сил противника. Как и Суворов, Ушаков всегда искал решительного сражения. Это придавало его тактике ярко выраженный наступательный характер, причем приемы наступательной маневренной тактики Ушакова были полнее и богаче приемов западноевропейских адмиралов. Ушаков никогда не боялся вступать в сражение с численно превосходящим противником. При всем этом ему был чужд авантюризм, он никогда не пренебрегал осторожностью.
Исключительно большое внимание Ушаков уделял вопросам боевой подготовки эскадры. Напряженная боевая учеба как в мирное, так и в военное время была стилем повседневной работы адмирала. В самые страдные дни, предшествовавшие Керченскому сражению, Ушаков не прерывал учебу на эскадре и в своем приказе от 5июля 1790г. давал командирам кораблей конкретные наставления по обучению комендоров. В приказе говорилось о необходимости производить ежедневные учения по скорострельной стрельбе из пушек, практиковаться в наводке орудий, для чего предлагалось прикрепить к каждой пушке по три комендора, меняя их для исполнения обязанностей поочередно. На каждом корабле командиры обязаны были устроить личный экзамен комендорам. Для подведения итогов артиллерийской подготовки Ушаков намечал провести общее учение всей эскадры со стрельбой.