Не лучше были отношения Макарова и с главнокомандующим русскими вооруженными силами на Дальнем Востоке адмиралом Алексеевым, находившимся в Мукдене. Макаров ценил и поощрял дельных, смелых, энергичных офицеров и решительно не терпел безинициативных, трусливых. После нескольких выходов в море он отстранил от должностей некоторых командиров кораблей, заменив их более способными. Главнокомандующий не согласился с этим решением и настаивал на его отмене или на замене некоторых командиров офицерами по его представлению. Макаров "новь не согласился и просил освободить в таком случае его от командования флотом. Только после этого главнокомандующий утвердил все требования Макарова, но все же поднял вопрос в министерстве об ограничении прав командующего флотом. Так высшее командование, никогда не любившее Макарова, мешало ему в работе, начиная с первых дней его командования флотом.
30 марта 1904г. вице-адмирал Макаров послал миноносцы в ночной поиск к о.Эллиот с задачей атаковать обнаруженные корабли противника. Лично инструктируя командиров отрядов миноносцев, командующий флотом потребовал, чтобы во всех случаях возвращения в Порт-.Артур миноносцы не подходили в темное время к крепости, а входили в гавань лишь с рассветом. По намеченному плану, для обеспечения их возвращения, на рассвете навстречу миноносцам должен был выйти из Порт-Артура крейсер "Баян". Выслав миноносцы в море, Макаров в ночь на 31марта перешел на дежурный крейсер "Диана", стоявший на внешнем рейде. Командующий флотом опасался повторения попытки японцев закупорить брандерами вход в порт и по примеру многих прошлых ночей решил лично быть в центре отражения возможной атаки. Ночь была тревожной, с крейсера и береговых постов не один раз наблюдались какие-то силуэты судов и огни, державшиеся почти на одном месте. Когда у, Макарова спросили разрешения открыть огонь, он категорически запретил, высказав предположение, что это были огни русских миноносцев, возвращавшихся в Порт-Артур из-за плохой погоды. В 4часа 30мин. Макаров перешел на "Петропавловск". Как было установлено позже, обнаруженные этой ночью силуэты принадлежали кораблям противника, ставившим мины на путях обычного движения русской эскадры при ее выходах. Когда с рассветом из Порт-Артура вышел крейсер "Баян" и командующий флотом получил сведения о подходе эскадры противника, он приказал трем крейсерам выходить для поддержки миноносцев, сам же в 7часов утра вышел, как всегда, навстречу противнику на броненосце "Петропавловск" с эскадрой. Узнав уже на рейде, что миноносец "Страшный" погиб в бою, и обнаружив на горизонте всю японскую эскадру, Макаров решил отойти на внешний рейд, подтянуть все свои броненосцы и под прикрытием батарей вступить в бой с противником. Траления на выходах из базы и на внешнем рейде проведено не было.
Во время этого маневра 31марта в 9час.30мин. в двух милях от маяка на Тигровом полуострове броненосец "Петропавловск" подорвался на минах, поставленных минувшей ночью японскими кораблями, и затонул. Вместе с ним и большей частью экипажа погиб и вице-адмирал Макаров.
Русский флот в лице Макарова понес тяжелую утрату. За короткое время (36дней) командования Тихоокеанской эскадрой он сумел сделать очень многое. Прежде всего он привел эскадру в надлежащее боевое состояние, поднял дух личного состава и подготовил флот к активным боевым действиям, организовал регулярную разведку. Макаров принял активные меры для ускорения ввода в строй поврежденных кораблей, усилил оборону крепости с моря, создал систему обороны внешнего рейда. Он лично руководил отражением атак японских миноносцев, выходами своей эскадры навстречу противнику, не допускал безнаказанного обстрела флота и крепости, заставлял японцев каждый раз уклоняться от боя с русской эскадрой.
* * *
Вице-адмирал Макаров вошел в историю развития морского флота прежде всего как выразитель прогрессивных традиций русского флота на рубеже XIX-XXвв., как талантливый ученик тактической школы адмирала Бутакова, воспринявший от своего учителя наступательную тактику морского боя и развивший ее в своих военно-теоретических работах.
Макаров был человек большой эрудиции. Он проявил себя ученым-географом, новатором и изобретателем в артиллерии и минно-торпедном деле и кораблестроении, создателем основ теории живучести и непотопляемости кораблей. Что бы ни начинал делать Макаров, он всегда доводил дело до конца, обобщая полученный опыт и завершая все это созданием научных трудов, основные из которых стали достоянием всей мировой научной мысли.
Макаров был искусным воспитателем высокого боевого духа личного состава. Его любимый девиз "Помни войну" ценен именно потому, что Макаров понимал его как необходимость постоянно учить личный состав тому, что потребуется на войне, настаивал, чтобы корабли строились и оборудовались исходя из требований войны. Придавая особое значение моральному фактору в войне, Макаров всегда и в своих теоретических работах и особенно в практической деятельности заботился о поднятии морального духа личного состава. Будучи строгим и требовательным, он умело сочетал это с постоянной заботой о нуждах матросов и офицеров, поощрял инициативу и хорошую службу, нетерпимо относился к формализму и бездеятельности.