Решение об убийстве Великого Князя Сергия было принято партией социалистов-революционеров. Осуществление этого преступления стало делом боевой организации социалистов-революционеров, во главе которой в то время стоял Евно Азеф.
Великий Князь Сергий уже не занимал пост генерал-губернатора Москвы. 1 января 1905 г. Государь удовлетворил его прошение об отставке. За ним сохранился лишь пост командующего Московским военным округом. Поэтому мотивы убийства можно оценить скорее как идейные, а не политические. Великий Князь Сергий был убит за свои православно-патриотические убеждения. Он получал угрожающие письма; анонимные обращения приходили и к его жене. Великий Князь Сергий был в любой день готов принять смерть.
4 февраля 1905 г. он выехал из Николаевского дворца в губернаторский дом. В 2ч. 47 м. на Сенатской площади Кремля в карете, в которой ехал Великий Князь, разорвалась со страшной разрушительной силой бомба, брошенная И.П. Каляевым, уроженцем Варшавы (мать его была полячка). Тело убитого было растерзано, и вел. кн. Елизавета с великим самообладанием собирала его по частям. Уцелели нательный крест и образки. Останки были уложены на носилки, покрыты шинелью, стоявшего здесь солдата, отнесены в Чудов монастырь и поставлены близ раки свт. Алексия.
Православные люди, откликнувшиеся на эту кончину, единодушно называли эту смерть мученической: "Да, он был воистину наш, потому что всегда он был жив духом древней Москвы… Пусть же он останется нашим и по кончине своей: пусть останки его пребудут навсегда в стенах священного Кремля. где Бог судил ему кончить жизнь мученически," [Цит. по кн.: Незабвенной памяти Его Императорского Высочества великого князя Сергия Александровича, - Летопись Историко-родословного общества в Москве. М., 1905, вып.1, с.33] - писал в "Московских ведомостях" священник Иосиф Фудель. Мысль о том, смерть ее дорогого супруга была мученической, укрепляла вел. кн. Елизавету. В ответ на адрес Московской городской Думы она писала: "Великим утешением в моем тяжелом горе служит сознание, что почивший Великий Князь находится в обители святителя Алексия, память которого он глубоко чтил, и в стенах Москвы, которую он глубоко любил, и в стенах Кремля, в которой он мученически погиб". [Летопись Историко-родословного общества... с.16] Преподобный Сергий (до монашества - протоиерей Митрофан Сребрянский) записал: "7 февраля. Сейчас служили мы панихиду по новом мученике царствующего дома великом князе Сергие Александровиче. Царство Небесное мученику за правду!". [О. Митрофан Сребрянский, Дневник полкового священника, служащего на Дальннем Востоке, М., 1996, с.250]
Первая панихида по убиенному Великому князю Сергию была совершена сразу же по перенесении останков в храм свт. Алексия в Чудовом монастыре.["Я ... придерживаясь за носилки, побрел на ними . Принесли во дворец и прямо пронесли в Алексеевский храм Чудова монастыря, поставив близ раки свт. Алексия, где тотчас была отслужена первая панихида." Джунсковский В.Ф. Из воспоминаний, - "Материалы к житию...", с. 107]
В 5-ом часу вечера у тела усопшего совершил панихиду наместник Чудова монастыря архимандрит (впоследствии епископ) Арсений (Жадановский) с иеромонахами Анастасием и Ферапонтом при пении монастырского хора. В 5 ч. панихиду совершил старший викарий Московской митрополии епископ Трифон (Туркестанов) с архимандритом Арсением, ректором Псковской духовной семинарии архимандритом Борисом и др. священниками. На панихиде присутствовала вел. кн. Елизавета. В течении нескольких дней до отпевания непрерывно у гроба служились панихиды.
На третий день по смерти Великого Князя произошло событие, которое открывает нам ту духовную высоту, на которой стояли и охваченная горем вдова и убиенный ее супруг. "Через два дня , во время молитвы о дорогом муже, она вдруг ясно почувствовала, что великий князь от нее что-то просит. Она поняла, что ей нужно снести Каляеву прощение великого князя, которое он не успел дать". [Белевская-Жуковская М. Великая Княгиня Елизавета Феодоровна, - "Материалы к житию...", с. 131] Свидание было устроено 7 февраля в канцелярии арестного дома Пятницкой части. Слова, сказанные вел. кн. Елизаветой Феодоровной и. Каляеву косвенно подтверждают, что христианское прощение, данное убийце исходило от убиенного: "Я хотела бы только, чтобы вы знали, что великий князь простит вам, что я буду молиться за вас..." [Рассказ Каляева о свидании с Великой Княгиней Елизаветой Феодоровной, - Убийство Великого Князя Сергия Александровича социалистом-революционером и. Каляевым, М., б.г., с.56]
10 февраля митрополит священномученик Владимир (Богоявленский) со всеми викарными епископами и духовенством столицы совершил отпевание Великого Князя Сергия. Православные люди, воспринявшие смерть Великого Князя Сергия мученичество за свои православно-патриотические убеждения, не только совершали заупокойное поминовение, но также верили в его молитвенное предстательство. Священномученик Иоанн Восторгов 7 октября 1907 г. в речи, посвященной его памяти, сказал: "сегодня "именины преподобного отца нашего Сергия", - память святых мучеников Сергия и Вакха; в честь одного из них и назван великий Радонежский подвижник и всея России чудотворец. Не вспоминается ли нам невольно умерший смертью мученика, соименный преподобному Сергию и имевший его небесным покровителем, царственный витязь и подвижник за землю русскую благоверный Великий Князь Сергий Александрович ... В этот час заупокойного о нем моления, продолжая в любимой им Москве любимое им дело, мы призываем его светлый дух, и, приобщая его к радости подвига во имя Церкви и России, мы уповаем на невидимое его нам вспоможение духом его любви, его загробного дерзновения в молитве к Богу" (Иоанн Восторгов, прот., Полное собрание сочинений, СПб., 1995, с. 350-53).
Великий Князь Сергий принадлежал к тем искренним и нравстенно-благородным личностям, для которых готовность принести себя в жертву как бы не требовало подвига, а была естественным проявлением жизненного настроения и исполнением долга перед Церковью и отечеством. Трудно найти в нашей истории другого человека, чей светлый лик так старательно пытались бы очернить клеветой. "Он был, - пишет современный православный исследователь, - оклеветан не только революционерами, врагами великой национальной России, но и многими представителями "высшего" общества. Его неутомимо чернили за рубежом, чем особенно прославился германский император Вильгельм II. Но он, помня слова Спасителя, "в мире скорбни будете" (Ин.16.33), высоко неся имя православного христианина, не воздавал им злом за их беззакония. Мать-Церковь обильно подавала ему свои утешения , и он наслаждался ее святыней. Однако безбожный мир продолжал жестоко преследовать его, и, наконец, он был зверски убит". [Вяткин В.В. Христовой Церкви цвет благоуханный. Жизнеописание преподобномученицы Великой Княгини Елизаветы Феодоровны, М., 2001, с.47.] К сожалению, и сейчас даже среди людей, претендующих на серьезный подход к истории, можно встретить жертв этой клеветы. Живучесть ее при отсутствии каких-либо фактов, убеждает в том, что она питается из самого мутного источника, который хорошо был известен святым отцам. Греческое слово "диавол" переводится: клеветник, ненавистник. Поэтому Слово Божие относит клевету к тяжким грехам (Рим.1,30; 2 Тим.3,3). Лож, по-видимому, в силу своей генетической природы обладает изощренно-парадоксальной логикой. Она норовит прилепиться чаще всего к той области, где человек наиболее безукоризненно себя проявляет. Как ни чудовищно звучало обвинение святителя Афанасия Великого в растлении женщины, но нашлись люди, которые устроили ему суд, хотя весь христианский мир (восточный и западный) знал его высокую подвижническую жизнь. Святитель Василий Великий писал ему: "Если бы при содействии твоих молитв удостоились мы увидеть тебя и насладиться тех благ, какими ты преисполнен и к сказанию о нашей жизни присовокупить свидание с твоей подлинно великой апостольской душою; то, без сомнения, заключили бы о себе, что, по Божию человеколюбию, приобрели мы утешение, вознаграждающее за все скорби, какие претерпели в целой своей жизни". [Василий Великий, свят., Творения, СПб.,1911, т.3, с.105.] Преподобного Германа Аляскинского обвинили в присвоении чужих денег, хотя нестяжательная жизнь этого святого человека была всем хорошо известна.
Среди клеветников Великого Князя Сергия самыми нечистыми были те, кто касался его супружеской жизни - этой возвышенно-светлой страницы его недолгой, но высокой жизни. Трудно избавиться от недоумения: почему повторяющие эту ложь, не примут свидетельства его святой супруги. От писем ее, в которых она говорит о своем муже веет радостью при жизни и чувством благодарности за пережитое счастье после его смерти. Она писала Государю Николаю 7 апреля 1910 накануне посвящения в крестовые сестры: "Дорогой мой, я прошу твоего благословения, молитв и прощения перед приближающимся торжественным днем... Сергей с радостью умер за тебя и за свою Родину. За два дня до смерти он говорил, с какой готовностью пролил бы свою кровь. Если бы мог этим помочь. Надеюсь, Господь даст мне силы, чтоб никто не смог сказать, что я оказалась недостойной водительства такого истинно благородного мужа и настоящего христианина". [Материалы к житию преподобномученицы великой княгине Елизаветы. Письма, дневники, воспоминания, документы, М., 1995, с.50.]
Духовная связь двух горячо любивших друг друга супругов никогда не прерывалась. Знаменательно, что сама вел. кн. Елизавета приняла мученическую смерь в день тезоименитства своего супруга, 5 июля 1918 г, день памяти прп. Сергия Радонежского.