Немалый вклад С.В.Бахрушин внес в изучение управления Сибири. Его работы "Воеводы Тобольского разряда в XVII в.", "Воеводское управление Якутии", "Павел Хмелевcкий", "А.Ф.Палицын" и другие заложили основу современного понимания характера и специфики управления Сибири в XVI – XVII вв.
В последние годы жизни С.В.Бахрушин близко подошел к решению еще одной очень важной задачи – комплексного изучения различных сторон социально-экономической и политической жизни одного из уездов Сибири. Такую работу он осуществил на материале Красноярского уезда, рассмотрев вопросы формирования населения уезда, развития земледелия, ремесла, торговли у различных категорий русского и у ясачного населения, управление и общественную жизнь.
Правда, эта работа не была доведена до конца. Ряд указанных вопросов освещены в ней фрагментарно. Но даже в незаконченном виде ее посмертное опубликование очень полезно для развития сибирской историографии и несомненно принесет большую пользу при дальнейшем изучении самых различных сторон истории Сибири.
В работах С.В.Бахрушина по истории Сибири как и в его общеисторических построениях имеются спорные и порою совсем неверные положения и выводы. Частично они обусловлены общим состоянием советской исторической науки 20 – 40-х годов, частично не до конца преодоленным автором наследием буржуазной науки.
Под влиянием традиционных представлений дворянской и буржуазной сибирской историографии С.В.Бахрушин в течение многих лет рассматривал процесс вхождения Сибири в состав Русского государства как процесс завоевания[5]. Эта точка зрения в годы господства в советской науке исторической школы Покровского была распространена очень широко. Историки, стремясь развенчать царизм и царскую Россию как тюрьму народов, сгущали краски, проходили мимо очевидных фактов, противоречащих концепции "завоевания", и нередко не обращали внимания на то, что между царизмом и русским народом нельзя ставить знак равенства. Не случайно в выше отмеченный план своих исследований по Сибири С.В.Бахрушин в раздел о русской колонизации внес очерк "Военная оккупация".
Позднее, по мере накопления более обширного материала, учета крайней малочисленности первых русских отрядов стремления отдельных групп сибирского населения к добровольному вхождению в состав Русского государства, С.В.Бахрушин начал пересматривать свои первоначальные представления и вместо термина "завоевание" стал применять термин "присоединение". Но этот пересмотр позиций так и не был полностью завершен, хотя в целом новые представления автора нашли уже отчетливое выражение в одной из последних его статей "Положительные результаты русской колонизации в связи с присоединением Якутии к Русскому государству"[6].
Значительную эволюцию пережили взгляды С.В.Бахрушина по вопросу о взаимоотношениях русского народа и народов Сибири. Концепция завоевания и ограниченная трактовка взаимоотношений только отношением к народам Сибири русского царизма долго мешали правильному пониманию Сергеем Владимировичем этого важного вопроса. Главным препятствием на пути к правильному пониманию указанного вопроса было отсутствие среди работ самого С.В.Бахрушина и других историков 20 – начала 40-х годов исследований о положении основных слоев трудового русского населения в Сибири – русского крестьянства и низов посадского и служилого населения. Не изучив их роль в развитии производительных сил края и взаимоотношения этого населения с нерусским трудовым населением в сфере производства и общественной жизни, нельзя правильно понять и оценить взаимоотношения народов.
Тем не менее, С.В.Бахрушин со временем освобождался от ошибочных воззрений в данном вопросе. В отмеченной статье "Положительные результаты русской колонизации в связи с присоединением Якутии к. Русскому государству", а также в заключительной главе сборника "Якутия в XVII в." н в докладе на научной сессии в Якутске в 1948 г. об очередных задачах исторического изучения Якутии, С.В.Бахрушин отмечал, что присоединение Сибири вело не только к обогащению феодального государства, служилой бюрократии и купцов, но оно имело прогрессивное значение и для самих народов[7].
При изучении русской колонизации Сибири в XVI – XVII вв. С.В.Бахрушин правильно обратил внимание на важную роль в ней торгово-промыслового населения, но несколько преувеличил эту роль. Это привело, с одной стороны, к недооценке роли централизованного феодального государства и, с другой стороны, к недооценке роли русского трудового народа в деле присоединения края и развития его производительных сил[8].
С.В.Бахрушин фактически прошел мимо деятельности в Сибири русских земледельцев и ремесленников, мимо мероприятий правительственной администрации по организации государевой пашни, мимо вольной крестьянской и посадской колонизации. Единственный его сюжет на эту тему "Сибирские слободчики", рассматривающий деятельность удачливых предпринимателей, помещавших свои капиталы с целью наживы в земледелие, преследует одну цель – дать дополнительный материал для доказательства тезиса автора о ведущей роли купечества в деле освоения природных богатств Сибири. Эта ярко написанная в бахрушинском стиле статья, не затрагивает основных вопросов земледельческого освоения края. Лишь в последней, посмертно опубликованной работе по истории Красноярского уезда, автор намечает более широкое рассмотрение вопроса о крестьянской колонизации края.
Между тем, как это убедительно показано В.И.Шунковым и другими исследователями, только формирование контингента постоянного населения края – крестьян и посадских людей, и развитие земледелия, ремесла и промышленности закрепило Сибирь в составе России.
Недостатки общей характеристики С.В.Бахрушиным русской колонизации Сибири в XVI – XVII вв. в известной мере обусловлены незавершенностью его работ.
Однако в значительной мере они объясняются общетеоретическими построениями ученого по проблеме всероссийского рынка. В этих построениях был существенный недостаток, не преодоленный им до последних лет жизни – переоценка роли товарного обращения и недооценка товарного производства.
Проблему образования всероссийского рынка он рассматривал, прежде всего, как проблему товарного обращения. Отсюда повышенный интерес к деятельности торговцев и недостаточное внимание к непосредственным производителям материальных благ.
Видимо, в этом, как отмечает В.И.Шунков, "отчасти сказалось влияние русской буржуазной экономической школ историков, в условиях влияния которой в дореволюционные годы формировался молодой ученый"[9].
Однако при наличии некоторых недостатков и слабостей теоретических построениях С.В.Бахрушина, это был один и самых крупных ученых, когда-либо занимавшихся изучение истории Сибири.
Воспитанный буржуазной наукой, он пережил крупный перелом в своих исторических воззрениях. Искренне стремясь овладеть марксизмом, С.В.Бахрушин во многом был близок к поставленной задаче. Иногда он находил правильные решения не совсем осознанно, путем интуиции крупного ученого. Дав новую постановку вопроса о характере русской колонизации Сибири и выяснив в ней роль торгово-промыслового населения, он вплотную подошел к марксистскому решению проблемы всероссийского рынка, проблемы о путях первоначального накопления в России и роли Сибири в формирование русских капиталов. Разрабатывая историю народов Сибири и вопросы управления, С.В.Бахрушин подошел к решению вопроса о специфике положения и путях развития Сибири в составе царской России.
Вклад С.В.Бахрушина в изучение истории Сибири не ограничивается его блестящими трудами по источниковедению, историографии, исторической географии и истории Сибири XVI – XVII вв. Это был историк крупного масштаба. Он постоянно следил за развитием исследовательской работы по истории Сибири в целом. Выступая с докладом на первом Сибирском краевом съезде в 1928 г. о задачах исторического изучения Сибири, С.В.Бахрушин выдвинул перед сибирскими историками три важнейшие задачи: 1) изучение истории коренных народов Сибири с древнейших времен до наших дней, 2) истории освоения края русским народом с XVI в. до наших дней и 3) изучение истории связей Сибири с сопредельными странами[10]. С.В.Бахрушин при этом особенно подчеркивал необходимость усиления исследования первоначального освоения Сибири русским народом, периодов революций 1905 и 1917 гг. и гражданской войны, без углубленного изучения которых невозможно понять процессы, протекающие в периоды между ними.
В 1947 г. в докладе на первой научной сессии Якутской базы АН СССР об очередных задачах исторического изучения Якутии С.В.Бахрушин вновь развил мысль о необходимости изучения истории народов Сибири в тесной связи с историей русской колонизации. Следует особо отметить также и постоянный все углубляющийся с годами интерес С.В.Бахрушина археологии. Сам он всю жизнь занимался письменными истинами, был типичным историком в "чистом виде", но высоко расценивал и все другие источники для исторического исследования, в том числе археологические, этнографические, лингвистические. Был убежденным сторонником комплексности наук в разрешении таких сложных проблем как этническая история, этногенез. Как историк Сибири он придавал археологии особо важное значение. Археология была для него основным источником сведений о дописьменной истории Сибири, о прошлом большинства ее народов, не знавших собственной письменности до соприкосновения с русскими. Отношение его к археологии Сибири нашло выражение, прежде всего, в его историографических взглядах, в характеристике трудов предшественников, начиная с тех, кто писал еще в XVII – XVIII веках. Еще в ходе первоначального продвижения на Север и завоевания его девственных пространств русские колонисты, пишет Бахрушин, "встречали признаки предшествующей жизни" – чудские городища, печища и дворища, поросшие нередко вековым лесом. На Иртыше они услышали от татар предания о том, как родоначальник сибирских беков Тайбуга покорил местную чудь, не знавшую "закона". Этой "чуди", мифическим аборигенам Сибири сибирские легенды, а вслед за ними Григорий Новицкий приписал археологические памятники – древние могилы и поселения, находки дорогих изделий из золота и серебра. С "чудью" связана была и легенда о ее гибели, записанная Гр.Новицким: "народ чутцкий" выкопал в земле глубокие рвы, построил над ними крышу на столбах, а затем "подсекше столпы" задавил себя вместе со всем своим имуществом. Так родилась первая теория о происхождении археологических памятников в степях Южной Сибири, поражавших бугровщиков изобилием драгоценных вещей и погребенными в курганах костяками древних людей[11].