Южане были побеждены.
Тем не менее, Армия Северной Вирджинии сражалась еще два долгих года. Потрясенный поражением при Геттисберге, Ли довольно неубедительно руководил кампаниями при Бристоу и Майн Ран. У Ли появился достойный противник - Улисс Грант, и именно с ним и только с ним генерал боролся вплоть до конца войны. Грант ценил своего визави, присвоив ему имя "Туз Пик" как высшую оценку воинской доблести и таланта. Зажатый в кольцо врагов у Питерсберга и Ричмонда, Ли упорно сопротивлялся целых десять месяцев, пока не отступил к Аппоматтоксу. Там и состоялась капитуляция Армии Северной Вирджинии 9 апреля 1865 года.
С первого июня 1862 года, с момента принятия командования над Армией Северной Вирджинии Роберт Эдвард Ли был и душой, и фактическим лидером всех вооруженных сил Конфедерации, которые он формально возглавил лишь в январе 1865 года. Его талант полководца стал легендой, и его военные кампании до сих пор изучают во всех военных академиях мира как образец тактического искусства. Ли смог противостоять армиям, в три раза превосходящим по размерам его собственную, плохо вооруженную, раздетую и голодную. Это произошло благодаря южным солдатам и гражданскому населению, которые чувствовали себя жертвами агрессии со стороны янки и грудью встали на защиту своей свободы и независимости, всего того, что им было дорого. Но в этом несомненно присутствует и заслуга генерала Ли, его ясный ум и храбрость.
После капитуляции Ли вернулся в Ричмонд как прощенный военнопленный. Весь остаток своей жизни он посвятил облегчению судьбы бывших солдат Конфедерации.
Он отказался от многих заманчивых предложений и принял скромный пост президента Колледжа Вашингтона (сейчас - Университет Вашингтона и Ли). Репутация генерала вдохнула новую жизнь в колледж; его огромный военный опыт и слава как на Севере, так и на Юге вкупе с трагическим символизмом "Проигранного Дела" сделали из Ли легендарную фигуру еще при жизни. Он умер 12 октября 1870 года в Лексингтоне в результате сердечного приступа, так и не дождавшись восстановления в гражданских правах, которое последовало лишь сто лет спустя благодаря вмешательству президента Джеральда Форда.
Джон Уильямс Джонс написал о Роберте Э. Ли: "Он обладал всеми достоинствами великих полководцев, но без их грехов. Он был враг без ненависти, друг без предательства, частный гражданин без озлобленности, сосед без укоров, христианин без лицемерия. Он был Цезарем без его амбиций, Фридрихом без его тирании, Наполеоном без его самоуверенности, Вашингтоном без его признания".