С декабря 1853 года вице-адмирал Нахимов командовал судами на рейде и в бухтах Севастополя. Ожидая нападения вступившей в Чёрное море англо-французской эскадры (чему не решился воспрепятствовать главнокомандующий Меньшиков), он почти не сходил на берег. 12 марта Великобритания и Франция заключили военный договор с мусульманской Турцией и 15 марта объявили войну христианской России. Нахимов, вместе с Корниловым, принимали меры к обороне главной базы с моря и суши.
Высадка союзников, неудачное Альминское сражение и уход армии создали критическое положение в Севастополе. Только задержка движения неприятельских войск позволила защитить город с суши орудиями и моряками, занявшими на скорую руку построенные укрепления. Чтобы преградить путь противнику в бухту, 11 сентября между Константиновской и Александровской батареями были затоплены 5 старых кораблей и 2 фрегата.
В тот же день Меньшиков поручил Корнилову оборону Северной, а Нахимову – Южной стороны. Начиналась героическая оборона Севастополя, в которой вице-адмирал сначала командовал эскадрой, а затем стал душой обороны, фактическим ее руководителем после гибели Корнилова в первой бомбардировке Севастополя 5 октября 1854 года. Нахимов, вместе с контр-адмиралом Истоминым и военным инженером Тотлебеном, принимали меры к усилению сухопутных бастионов, не забывая и о флоте, всемерно добиваясь активных умелых действий от командиров пароходов, ставших единственной боеспособной силой флота.
25 февраля 1855 года вице-адмирал Нахимов был официально назначен командиром Севастопольского порта и военным губернатором Севастополя. Он ежедневно объезжал передовую линию, воодушевляя защитников Севастополя. Одно его появление вселяло в них уверенность и новые силы. Одновременно он прилагал усилия для мобилизации населения, используя все ресурсы города. Нахимов шутил, что каждый новый день готовит материалы для предания его суду за превышения полномочий и всевозможные отклонения от формальных предписаний.
Весной 1855 года русские войска героически отбили второй и третий штурм Севастополя. 27 марта Император пожаловал Нахимова чином адмирала. В мае, когда его за доблесть наградили пожизненной арендой, Нахимов с горечью сказал: «На что мне она? Лучше бы мне бомб прислали!». Получив разрешение сдать эскадру, он сосредоточил всё внимание на сухопутной обороне города. Адмирал стремился, насколько это возможно, избавить армию от лишних потерь.
С 6 июня противник вновь, в четвёртый раз, начал массированные бомбардировки и атаки. Нахимов продолжал в своём сюртуке с адмиральскими эполетами появляться в самых опасных местах, невзирая ни на какие предостережения. 28 июня, накануне своих именин – Дня святых Петра и Павла – Нахимов, как обычно, объезжал боевые позиции, всеми силами поддерживая и воодушевляя защитников города. На Малаховом кургане он посетил тот самый бастион, на котором погиб его боевой товарищ Владимир Алексеевич Корнилов. Игнорируя предупреждения о сильном ружейном огне, Нахимов поднялся на банкет бруствера, и прицельная пуля сразила его в висок. Через два дня, 30 июня (по новому стилю – 13 июля) 1855 года адмирал Павел Степанович Нахимов скончался.
Нахимов был погребён в Свято-Владимирском Соборе, рядом с могилами Лазарева, Корнилова и Истомина. Его гроб при большом скоплении благодарных жителей Севастополя несли адмиралы и генералы. По семнадцати в ряд стоял почётный караул от армейских батальонов и экипажей Черноморского флота. По окончании торжественного молебна прогремел пушечный салют. В гробу адмирала Павла Степановича Нахимова осеняли два адмиральских флага, и третий – изодранный ядрами кормовой флаг линкора «Императрица Мария», легендарного Синопского флагмана.
Гибель адмирала Нахимова поставила точку в обороне Севастополя и во всей Крымской войне. Когда враг в ходе очередного штурма ворвался на Малахов курган, русские войска оставили Южную сторону, уничтожив последние корабли, склады и укрепления. В 1856 году в Париже был заключён мирный договор, по которому Россия лишалась южной части Бессарабии с устьем Дуная, права покровительства над балканскими народами. Россия лишалась права держать свой военно-морской флот на Чёрном море и была вынуждена ликвидировать все свои черноморские крепости.
Крымская война была проиграна не столько в силу своей «технической отсталости», сколько в силу предательства своих европейских союзников, для которых она таскала каштаны из огня на протяжении всей первой половины XIX века. Ошибки во внешней политике нисколько не умаляют памяти великих героев Крымской войны и не даёт нам права предавать забвению их подвиг. Даже большевики, несмотря на весь их русофобско-антиимперский пафос, были вынуждены вернуться к символике Крымской войны, когда страна столкнулась перед смертельной опасностью в годы Великой Отечественной войны. Наряду с именами Александра Невского и Дмитрия Донского (православных святых!), Суворова, Кутузова и Ушакова коммунистическим руководством СССР было восстановлено в правах и имя адмирала Нахимова. Был учреждён орден Нахимова и медаль в его честь для награждения наиболее достойных моряков.
Сегодня Россия оказалась в условиях гораздо более худших, чем после Крымской войны. Она (без единого выстрела!) лишилась не только великого Севастополя, но и всего Крыма и юга Украины (своей исторической Новороссии). Жалкие политиканы хрущёвской и горбачёвско-ельцинской эпохи продали, казалось бы, всё, что только можно было продать. Когда в 1997 году Ельцин подписывал со своим собутыльником Кучмой Договор о демаркации границы, Россия окончательно отказалась от своих прав на Севастополь, «город русских моряков». Год назад сменилась власть на Украине, там к власти пришли политики, ещё более враждебно настроенные по отношению к России и всему, что хоть как-то связано с русской историей. Севастополь для этих временщиков – как бельмо в глазу. Жители города помнят свою историю. Они помнят и 1855, и 1942 год. Помнят имена Корнилова, Истомина и Нахимова. Тем яростнее и озлобленнее давление дёргаемых Соросом за ниточки оранжевых властей Украины против русскоязычных политиков Крыма, против общественности Севастополя.
Но в Севастополе и в других городах Крыма по-прежнему поднимаются русские флаги – национальный трёхцветный, императорский чёрно-золотисто-белый, и героическое Андреевское знамя Русского флота. Чем сильнее будет давление и репрессии против жителей Севастополя, тем этих флагов будет больше. И, что бы ни кричали парламентарии в Киеве и Брюсселе, как бы ни бросали в тюрьмы лидеров Юго-Востока Украины, сколько бы ни угрожали вашингтонские «экспортёры демократии», по-прежнему в центре Севастополя стоит памятник защитнику и покровителю города, русскому адмиралу Павлу Степановичу Нахимову, отдавшего за этот героический, вечно зелёный и вечно молодой русский город свою жизнь. И у этого памятника, как и у памятника генералиссимусу Александру Васильевичу Суворову в Тирасполе, всегда, как и прежде, будут лежать живые цветы.