После того как Джесси и Мейсон установили, что это озеро не может быть частью Альберт-Ньянзы, встал вопрос о том, к какому гидрографическому бассейну оно относится. Стэнли установил связь озера Эдуард с озером Альберт через Семлики. Исследовать само озеро сколько-нибудь детально ему, впрочем, не удалось и на этот раз: он видел только северный его берег, причем в крайне неблагоприятных для съемки условиях (постоянные туманы). Если на карте, явившейся результатом его трансафриканской экспедиции 1874-1877 годов, размеры этого водоема были значительно преувеличены, то теперь он, наоборот, несколько их преуменьшил; при этом он по-прежнему остался в неведении относительно самостоятельного существования озера Джордж и показал его на своей карте, как и раньше, в качестве залива озера Эдуард. Дальнейший путь Стэнли к побережью Индийского океана ознаменовался еще двумя важными географическими результатами: была существенным образом уточнена конфигурация среднего течения Кагеры (обнаружена описываемая рекой крутая излучина) и открыт неизвестный до того юго-западный залив озера Виктория, получивший имя Эмина. Книга Стэнли В самой таинственной Африке , изданная в Лондоне в 1890 году (в русском переводе В дебрях Африки ), отличается с научной точки зрения теми же недостатками, что и другие его сочинения; тем не менее в ней, по крайней мере местами, автор сумел подняться над обычным для него уровнем сенсационного репортажа и прийти к ряду интересных научных выводов и обобщений. Многие страницы книги Стэнли в особенности яркие описания тропического леса и снежных вершин Рувензори стали впоследствии хрестоматийными. Стэнли еще раз вернулся в Африку, посетив Капскую колонию. Он женился и даже стал депутатом парламента. Но когда не посчитались с его мнением и напомнили ему о его происхождении, он, оскорбившись, уехал в свое поместье, У ручья Конго , у пруда Стэнли-Пул , мучимый приступами малярии и другими болезнями, он провел свои последние дни. Ни одному другому исследователю Африки не удалось осуществить столь успешные походы, ни один не удостоился такого признания. Он ниписал целую дюжину толстенных книг, круг его читателей составляли миллионы. Его лекции встречались восторженно и даже благоговейно. И тем не менее в конце жизни он чувствовал разлад и разочарование. Самые большие успехи, разочарованно отмечал он, очень часто сопряжены с непонятной меланхолией . 4 мая 1904 года Дороти Стэнли похоронила своего мужа в Вестминстерском аббатстве. Впрочем, умерший и не сомневался, что будет упокоен рядом с Ливингстоном.