На год обретения страной независимости Западный Пакистан включал 4 провинции и 10 княжеств. Бенгальцы настаивали на том, что Восточный Пакистан располагает большими правами на автономию, чем территориально-административные единицы Западного Пакистана и, ввиду превосходства в численности населения, должен иметь приоритет в решении государственных вопросов. Чтобы пойти навстречу подобным требованиям, в Западном Пакистане были объединены в одну провинцию все 14 входивших в него административных образований. Это событие произошло в октябре 1955, затем была достигнута договоренность о равном представительстве жителей обеих частей страны в национальном парламенте.
Восточный Пакистан имел веские причины для выражения своего недовольства. Хотя на территории провинции было сосредоточено свыше половины всего населения страны, государственные ассигнования направлялись прежде всего в Западный Пакистан, на который приходилась и основная доля средств, получаемых в порядке помощи из-за границы. Непропорционально мало восточнопакистанцев числилось в госаппарате – 15% его состава, а также в вооруженных силах страны – 17%. Центральное правительство явно покровительствовало промышленникам из Западного Пакистана при обменных операциях с валютой, в выдаче импортных лицензий, займов и безвозмездных ссуд, в предоставлении разрешений на строительство предприятий новейших отраслей индустрии. Промышленное развитие после 1953 совершалось в значительной степени на фоне экономической и военной поддержки со стороны США, которые ориентировались на защиту Западного Пакистана от возможной советской угрозы.
В феврале 1966 лидер «Авами лиг» Шейх Муджибур Рахман выдвинул свою программу из 6 пунктов. Она предусматривала: 1) ответственность федерального правительства перед парламентом, сформированным на основе свободных и честных выборов, 2) ограничение функций центра вопросами обороны и иностранных дел, 3) введение отдельных валют (или самостоятельных финансовых счетов) для каждой из двух провинций при контроле за межпровинциальным движением капитала, 4) передача сбора всех видов налогов из центра в провинции, которые на свои отчисления содержат федеральное правительство, 5) предоставление обеим частям страны возможности самостоятельно заключать внешнеторговые договоры и иметь в связи с этим собственные валютные счета и 6) создание в провинциях своих иррегулярных войск.
В поддержку этих шести пунктов в восточной провинции была развернута агитация, и Муджибур вместе с 34 единомышленниками в 1968 был арестован по обвинению в разработке плана организации сепаратистского восстания с помощью Индии. В начале 1969 развернулась общенациональная кампания протеста против режима президента Айюб-хана. В феврале обвинения против Муджибура и его соратников были сняты. Айюб-хан созвал Круглый стол для встречи с лидерами оппозиции, на котором Муджибур предложил разработать новую конституцию на основе указанных шести пунктов. Подавшего 25 марта в отставку Айюб-хана сменил генерал Яхья-хан, который ввел в стране чрезвычайное положение.
Яхья-хан восстановил в Западном Пакистане 4 традиционные провинции и назначил на 7 декабря первые в истории страны прямые всеобщие выборы в национальный парламент. В нем депутатам от Восточного Пакистана фактически было гарантировано большинство благодаря принятому принципу «один избиратель – один голос». «Авами лиг» Муджибура завоевала 160 из 162 мест, предназначавшихся для восточной провинции. Столь убедительная победа была одержана вследствие продолжительной кампании в пользу шести пунктов и решительной критике центрального правительства за его слабую помощь жертвам разрушительного урагана, пронесшегося над территорией Восточного Пакистана 7 ноября 1970. Партия пакистанского народа (ППН), которую возглавлял Зульфикар Али Бхутто, получила 81 из 138 мест от Западного Пакистана.
Муджибур объявил, что новая конституция должна основываться на шести пунктах его программы. В ответ Бхутто информировал 17 февраля 1971, что ППН станет бойкотировать работу Национального собрания, если не получит возможности обсудить конституционную реформу. Вследствие этого Яхья-хан отложил назначенное на 3 марта открытие парламентской сессии. «Авами лиг» заявила, что это свидетельствует о сговоре между президентом и лидером ППН.
На 2 марта Муджибур назначил всеобщую забастовку в Восточном Пакистане, и население вышло на улицы Дакки и других городов провинции. Шейх призвал воздерживаться от уплаты налогов, пока власть не перейдет к представителям народа. Яхья-хан выразил желание созвать новый Круглый стол для переговоров, но Муджибур отверг предложение. 15 марта в Восточном Пакистане было создано параллельное правительство «Авами лиг». В союз с Муджибуром вошли восточнобенгальские воинские формирования. 16 марта Яхья-хан провел в Дакке встречу по конституционным вопросам с Муджибуром и Бхутто, но потерпел неудачу в попытке достичь компромисса. В ночь с 25 па 26 марта Яхья-хан приказал армии начать военную акцию в Восточном Пакистане, запретил «Авами лиг» и арестовал Муджибура.
Между силами центрального правительства и повстанческими отрядами «мукти бахини», вступившими в борьбу за создание на месте Восточного Пакистана независимого государства Бангладеш, разгорелась полномасштабная война. Миллионы беженцев устремились в Индию. К лету 1971 пакистанской армии удалось установить контроль над территорией Восточного Пакистана. Но Индия поддержала вооруженных повстанцев, а в ноябре приняла непосредственное участие в военных действиях. Третья индийско-пакистанская война обострила международные отношения, поскольку СССР поддержал позицию Индии, а США и Китай – Пакистана. 16 декабря 1971 индийские войска вступили в Дакку, и пакистанские части были вынуждены капитулировать. Бангладеш была провозглашена независимым государством, а Муджибур Рахман стал его президентом.
Пакистан после 1971. Яхья-хан ушел в отставку 20 декабря 1971. Президентом Пакистана стал Зульфикар Али Бхутто. Одним из его первых шагов была договоренность с премьер-министром Индии Индирой Ганди в Шимле о том, что индийская армия покинет пакистанскую территорию. Восстанавливались также торговые и транспортные связи между обеими странами. Отношения Пакистана с США улучшились, кроме того, ему начали оказывать помощь Саудовская Аравия, Объединенные Арабские Эмираты, Ливия и Иран.
Бхутто отменил военное положение, а в апреле 1973 был одобрен проект новой конституции, восстанавливавшей парламентскую систему управления страной. Расширились властные полномочия провинций. Были возрождены избирательные курии для религиозных меньшинств при сохранении официального главенства ислама. Придерживаясь идеи «исламского социализма», Бхутто осуществил национализацию всех частных банков, учебных заведений, страховых компаний и предприятий тяжелой индустрии. Аграрная реформа привела к передаче безземельным арендаторам заметной доли обрабатываемых площадей. Зарплата занятых в промышленности, военнослужащих и чиновников была повышена. Крупные средства были направлены на улучшение условий жизни в сельской местности. Все эти мероприятия, проводимые на фоне произошедшего четырехкратного роста цен на импортную нефть, сопровождались удвоением в 1972–1976 цен на потребительские товары на внутреннем рынке, что явно уменьшило популярность Бхутто в городах. Бхутто с трудом взаимодействовал с руководимой Вали-ханом Народной национальной партией (ННП) и партией «Джамиат-и улама-и ислам», которые в 1972 сформировали кабинеты министров соответственно в Северо-3ападной Пограничной провинции и Белуджистане. В феврале 1973 Бхутто отправил эти правительства в отставку, запретил ННП и арестовал ее лидеров.
В марте 1977 состоялись выборы в парламент страны и провинциальные законодательные собрания. Оппозиция отказалась признать официальные итоги голосования и организовала движение протеста, в ходе которого погибло более 270 человек. 5 июля 1977 армия сместила Бхутто, и в стране был установлен режим военного положения. Генерал Мухаммад Зия-уль-Хак занял пост Главного военного администратора, а в 1978 стал президентом Пакистана. Бхутто обвинили в планировании убийства политических недругов и предали суду, решением которого в 1979 он был казнен через повешение.
Зия следовал линии исламизации и стремился привести уголовное законодательство страны в соответствие с нормами традиционного мусульманского права. Были восстановлены некоторые юридические процедуры, предписываемые исламом, в сфере налогообложения и банковском деле. В 1979 Зия участвовал во встрече глав государств Движения неприсоединения, состоявшейся в Гаване. Но отношения между Пакистаном и США остались дружескими, они стали более тесными после советского вооруженного вмешательства в гражданскую войну в Афганистане.
Зия приступил к постепенному созданию новых политических структур. В декабре 1981 было объявлено о создании Федерального консультативного совета. На непартийной основе осенью 1983 состоялись выборы в местные органы управления. Их бойкотировали оппозиционные силы, и в Синде произошли серьезные беспорядки. В декабре 1984 Зия организовал референдум, одобривший стратегию исламизации и сохранивший за Зия пост президента на пятилетний срок. В феврале 1985 были проведены выборы, тоже на непартийной основе, в парламент и в законодательные собрания провинций, после чего Зия принял решение сформировать гражданское правительство. Премьер-министром был назначен Мухаммад-хан Джунеджо, лидер Пакистанской мусульманской лиги (фракция Пагаро), оказавшейся самой многочисленной депутатской группой в Национальном собрании. В декабре 1985 Зия отменил военное положение и восстановил действие конституции 1973 с поправками, которые увеличили власть президента, предоставив ему право распускать правительство и законодательные органы страны и провинций. Закон о партиях, принятый спустя несколько месяцев, позволил им функционировать легально при условии выполнения официальных предписаний. Оппозиционные организации активизировали нападки на режим Зия, требуя регулярных выборов в условленные сроки и настаивая на полном восстановлении конституционных норм. Наиболее авторитетным лидером этой части общества стала возглавившая ППН Беназир Бхутто, дочь Зульфикара Али Бхутто.