Из 33 городов России с самым высоким уровнем загрязнения атмосферного воздуха 10 расположены в Сибири. Большинство промышленных предприятий Сибири не приспособлено к малоотходной переработке природных ресурсов, имеет несовершенную систему очистных сооружений, что обусловливает огромные потери сырья и непрерывно растущее загрязнение окружающей среды.
Протекающая по территории Кузбасса р. Томь принимает сточные воды жилищно-коммунальных хозяйств расположенных здесь шахтерских городов, промышленные стоки угледобывающих предприятий, отходы многочисленных химических и агрохимических производств, крупнейших предприятий черной металлургии — Кузнецкого и Западно-Сибирского металлургических комбинатов.
Следует отметить негативное воздействие на природную среду гидротехнического строительства на сибирских реках.
Значительный урон лесным богатствам Сибири наносят также пожары, распространение очагов насекомых-вредителей, болезней леса.
Особо следует отметить экологические проблемы озера Байкал — Годного из древнейших озер мира и крупнейшего хранилища самой высококачественной пресной воды ('/3 ее мировых запасов). Ежегодно в Байкале воспроизводится около 60 км3 неповторимой по качеству воды. Строительство двух комбинатов — целлюлозно-бумажного и целлюлозно-картонного в городах Байкальске и Селенгинске нанесло Значительный урон озеру.
Г) Внешние связи хозяйства округа. Транспортный комплекс СФО включает различные виды взаимодействующих между собой наземного, водного и авиационного транспорта.
Железнодорожный транспорт получил наибольшее развитие на юге Сибири, где приходят широтные Транссибирская и восточные участки Среднесибирской и Южносибирской железнодорожных магистралей с ответвлением в сторону Южного Казахстана.
Важнейшие автомобильные дороги: Омск-Тюмень, Омск-Новосибирск-Красноярск-Иркутск-Чита.
Важное для экономики Сибири имеет речной транспорт, обеспечивающий сезонное судоходство. Роль авиационного транспорта в СФО также чрезвычайно велика, так как только благодаря ему существует связь северных территорий с Большой землей-Красноярском, Москвой. Особое значение он имеет в зимний период для жизнеобеспечения Норильского промышленного узла. Территория Сибири привлекает внимание зарубежных авиокомпаний в связи с возможностью организации транзитных сообщений Западной Европы с Восточной Азией.