Речной сток района формируется за счет снеговых (60-80 %) и дождевых (2-12 %) осадков, а также подземных вод.
Около 60-70 мм осадков выпадает в жидкой фазе. Средняя величина испарения составляет около 51 % от выпавших осадков, то есть образуется избыток влаги, что создает предпосылки для накопления подземных вод и их оттока на соседние площади. Реки Белая и Нугуш, имея преимущественно снеговое питание, отличаются высоким весенним половодьем, умеренным осенним подъёмом от дождей и сравнительно маловодной летней и зимней меженью. Для текущих вод района характерно высокое содержание растворенного кислорода и достаточно высокая скорость течения. Воды рек относятся к группе повышенной минерализации (500-1000 мг/л гидрокарбонатного класса (группа кальция). Половодье имеет многопиковую форму за счет прерывистого характера снеготаяния и дождевых подъемов. Ледостав на р. Белой устанавливается поздно: в среднем 15-24 ноября, самые поздние даты – начало второй декады декабря.
Вскрытие рек происходит в среднем 15-17 апреля. Половодье продолжается 22-30 дней. В многоводные годы стоки рек превышают норму в 1,2-1,3 раза, а в засушливые – снижаются до 50-70 % нормы. Наибольшая доля годового стока формируется в весенний период, наименьшая – в зимний. Охрана заповедной территории. В службе охраны заповедной территории 24 государственных инспектора, 12 из них совмещают свои обязанности с осуществлением мероприятий по бортничеству, 4 — в составе опергруппы, 4 — осуществляют круглосуточную вахтовую охрану пещеры Шульган-Таш (Каповой). За год службой охраны составлено 33 протокола о нарушениях заповедного режима: 10 — о незаконном выпасе, 11 — о самовольном пребывании на территории, выявлено 2 случая охотничьего и 6 случаев рыболовного браконьерства, изъято 6 сетей. Охрана обеспечена транспортом, лошадьми, сбруей, оружием, организуется регулярная техническая учеба. Госинспектора участвуют в 6 научных учетах и наблюдениях в соответствии с должностными обязанностями. Пожаров на территории не возникало, приобретены 2 мотопомпы, содержится ПХС и 0,5 ставки техника пожарной машины. Обновлялось аншлаговое хозяйство заповедника. Согласно Положению в 2008 году на площади 258 га осуществлялось режимное сенокошение, позволяющее сохранять биоразнообразие луговых сообществ. Древесина не заготавливалась.
Проблему для заповедника представляет стихийный выпас крупного рогатого скота и лошадей с прилежащих деревень. Охраняемая на территории заповедника пещера Шульган-Таш (Капова) с древним культурным слоем и уникальной наскальной живописью эпохи палеолита является выдающимся историко-культурным и природным памятником мирового значения. Пещера привлекает внимание все большего числа людей, в 2008 году летом в выходные дни Заповедник является научно-исследовательским учреждением. За 2008 год опубликовано и сдано в печать 52 научные статьи.
Издан сборник – "Биологическое разнообразие, спелеологические объекты и историко-культурное наследие охраняемых природных территорий Республики Башкортостан". И юбилейный информационный проспект "Государственный природный заповедник Шульган-Таш". 1 статья была переведена на английский и выбрана для платного доступа на сайте выдающихся научных работ, 4 статьи вышли в ведущих научных журналах.
Ежегодный научный отчет "Летописи природы" сдан в срок. Научные рекомендации являются составной частью 14 статей. Сотрудники заповедника участвовали в 22 научно-практических конференциях. Научная работа осуществлялась по 10 темам, 5 разделам комплексного экологического мониторинга и 8 научно-практическим мероприятиям. Исследования пещеры Шульган-Таш проводились 2 сотрудниками заповедника и 7 комплексными экспедициями учёных республики и России. В 2009 году исполняется 50 лет со времени открытия в Каповой пещере зоологом Башкирского заповедника Рюминым А.В. палеолитической живописи. Число описанных рисунков достигло 173. В окрестностях Каповой пещеры обнаружены новая пещера и грот. Продолжается исследование сифонов Подземного Шульгана, обнаружены новые реликты палеолитических рисунков. Наработан опыт регулирования микроклимата пещеры Шульган-Таш в летнее время в целях уменьшения увлажненности рисунков.
Работали 2 гидрометеопоста и снегомерный маршрут. Найден новый для заповедника вид орхидей – гудайера ползучая, 3 новых вида насекомых и новый вид млекопитающих – белогрудый ёж. Выполнено 11 видов учетов животных и 7 видов учетов растений. Ведутся наблюдения за сезонным развитием 380 видов растений. Проведена оценка климатических и антропогенных угроз экосистемам заповедника. По данным усиливается контрастность климата, идет сдвиг сезонов вперед, изменение пропорции осадков. Увеличение объёма зимних осадков в сочетании с контрастом температур усиливает лавинную опасность. Уменьшение количества осадков в начале и конце вегетационного периода создает опасность лесных пожаров. На состояние генофонда бурзянской бортевой пчелы влияет вселение чужеродных видов - клеща варроа, гриба аскосферы, восковой моли. Практику в заповеднике прошли 60 студентов, 56 из них обучались под руководством к.б.н. Сайфуллиной Н.М. В заповеднике и на сопредельной территории осуществляется научно-практическое мероприятие "Бортевое пчеловодство и содержание пасек. Координация работы в государственном природном заказнике "Алтын Солок".
Эколого-просветительская деятельность. В заповеднике функционирует музейно-экскурсионный комплекс - центр приема посетителей, стоянки для экспедиций, летний музей природы, музей-гостиная "Пчелиный лес", экологическая тропа, колодная и учено демонстрационная пасека, обустроенный экскурсионный маршрут в зоне переменного микроклимата Каповой пещеры. Комплекс посетили в 2008 году 23006 чел., из них дети – 5864 (25% от общего числа посетителей), 117 иностранных гостей. Среднее время пребывания группы на территории около 3-х часов. Прирост числа посетителей за год составил 22%. На маршрутах сопредельной территории число посетителей составило 612 человек. Организован прием зимних групп посетителей (303 человека). Разработаны и изданы типографским способом новый вариант "Памятки для посетителей", юбилейный буклет, набор открыток, карманные календари, фотоальбомы, сувениры. Для посетителей проведено 2295 бесед и лекций. За год заповедником организовано 16 выставок, опубликовано 16 научно-популярных и пропагандистских статей.
В 2008 году музейно-экскурсионный комплекс посетили детские экспедиции: группа из детских домов №1, №9 из г. Уфы, эколого-краеведческий лагерь из г. Салавата, эколого-туристический лагерь из г. Салавата, детская экспедиция из Южно-Уральского заповедника, группа школьников из Баймакского, Абзелиловского и Тубинского детских домов, группы 3 заездов профильного лагеря "Инсебика" и детского оздоровительного лагеря "Агидель" Бурзянского района. Дети участвовали в волонтерских работах. Команда школьников от заповедника принимала участие в VIII Республиканском Фестивале "Друзей заповедных островов" в Башкирском заповеднике и была награждена кубком "Лучший творческий коллектив". При заповеднике работает экоклуб "Капелька", занятия проводятся 2 раза в неделю, ведется эковестник клуба. Совместно с национальным парком "Башкирия" проведено мероприятие, посвященное 10-летию школьного лесничества "Лесовичок" и экоклуба "Капелька". На празднике присутствовали гости из Смоленска. Осуществлялась методическая помощь учителям биологии и географии Иргизлинской и Гадельгареевской средних школ Бурзянского района в подготовке олимпиад, конкурсов, конференций, фестиваля, слетов по экологической и биологической тематике. Совместно с сотрудниками национального парка "Башкирия" и представителями Дружины охраны природы г. Владимир проведена акция "Чистый берег": по берегам и дорогам от д. Иргизлы до Антониевой пещеры; по берегу р. Белой от Каповой пещеры до Антониевой пещеры, одновременно осуществлен социологический опрос среди отдыхающих. Сотрудниками заповедника были организованы и проведены торжества, посвященные 50-летнему юбилею заповедника, и "Фестиваль Друзей заповедника "Шульган-Таш".
В 2008 г. на базе музейно-экскурсионного комплекса проведены два семинара: для сотрудников отделов экологического просвещения ООПТ Республики Башкортостан и межрегиональный семинар для специалистов служб охраны ООПТ Поволжья (республики Марий Эл, Татарстан, Башкортостан).
3.2 Проблемы сохранения палеолитической живописи и ограниченного экскурсионного использования пещеры "Шульган-Таш"