В условиях жестокой политической реакции усилились гонения на передовую культуру. Был, в частности, учинен разгром Женских врачебных курсов, тяжело переживавшийся Бородиным. Все труднее было ему бороться против реакционеров в академии. К тому же увеличилась его занятость, а здоровье композитора, казавшееся всем богатырским, стало сдавать. Тяжело повлияла на Бородина и смерть некоторых близких людей — Зинина, Мусоргского. Все же эти годы принесли Бородину и некоторые радостные переживания, связанные с ростом его композиторской известности. Его симфонии стали все чаще и с большим успехом исполняться в России. Еще в 1877 году Бородин, будучи за границей, навестил Ф. Листа и услышал от него восторженные отзывы о своих произведениях, об их свежести и оригинальности. Впоследствии Бородин еще дважды посещал Листа и каждый раз убеждался в горячем восхищении великого музыканта творчеством композиторов «Могучей кучки». По инициативе Листа симфонии Бородина были неоднократно исполнены в Германии. В 1885 и 1886 годах Бородин совершил поездки в Бельгию, где его симфонические произведения пользовались огромным успехом.
Последние годы жизни Бородина были также скрашены общением с молодыми композиторами Глазуновым, Лядовым и другими, преклонявшимися перед его творчеством.
Бородин умер 15 февраля 1887 года. Утром этого дня он еще импровизировал музыку для Третьей симфонии, а около полуночи, на праздничном вечере среди гостей, он неожиданно упал, «не испустив ни стона, ни крика, словно страшное вражеское ядро ударило в него и смело его из среды живых» (Стасов) .
Сразу же после смерти Бородина ближайшие музыкальные друзья Римский-Корсаков и Глазунов решили закончить и подготовить к печати его незавершенные произведения. На основе материалов Бородина они сделали полную партитуру оперы «Князь Игорь», обработав ряд эпизодов и дописав отдельные неоконченные сцены. Они также подготовили к печати неопубликованные до того времени сочинения — Вторую симфонию, второй квартет и некоторые романсы. Глазунов записал по памяти и оркестровал две части Третьей симфонии. Вскоре все эти произведения были изданы, а в 1890 году опера «Князь Игорь» была впервые поставлена Мариинским театром в Петербурге и нашла горячий прием у слушателей, особенно у молодежи.