Преемником Экзарха Анфима стал Экзарх Иосиф (1877–1915гг.). Его правление выпало на годы освобождения болгар русскими войсками в 1878 г., когда в границах свободного государства Болгарская Церковь управлялась Синодом во главе с Наместником-Председателем. Экзарх же продолжал оставаться в Константинополе, поскольку много болгар еще оставалось на территории Османской империи.
После Балканской войны, принесшей освобождение христианам Балканского полуострова , экзарх Иосиф в 1913 г., оставив в Константинополе своего наместника, переехал в Софию, где через два года скончался. После его кончины в течение 30 лет самостоятельное развитие церковной жизни и выборы нового главы Болгарской Церкви встречали всевозможные препятствия. Делами Церкви ведал Священный Синод под председательством Наместника-Председателя, каким мог быть избран каждый из митрополитов на четырехлетний срок.
В 1921–1922 гг. был созван II-ой Церковно-народного Собор, который решил многие вопросы, касающиеся устройства Церкви, выработал Устав БПЦ.
В 1945г. в правление митрополита Софийского Стефана произошло долгожданное прекращение схизмы. Большую роль в решении этого вопроса сыграло ходатайство Русской Православной Церкви перед Константинопольским патриархом Вениамином.
13 марта представителям Болгарской Церкви был вручен томос, подписанный патриархом Вениамином и всеми членами Священного Синода Константинопольской Церкви, которым отменялась схизма и признавалась автокефалия Болгарской Православной Церкви.
Некоторое время Болгарская Церковь управлялась Наместником-председателем Священного Синода, пока 10 мая 1953 г. на III-м Церковно-народном Соборе не был выбран и торжественно интронизирован Болгарский Патриарх Кирилл. Сразу после этого вновь возникли недоразумения с Константинопольской Церковью, представители которой не приняли участия в интронизации нового патриарха. Только лишь в 1961 г. по настойчивому ходатайству Русской Православной Церкви Константинополь признал, наконец, достоинство Болгарского патриархата.
В 1970 г. православные болгары торжественно отметили две знаменательные юбилейные даты: 1100-летие со дня учреждения Болгарской Архиепископии в лоне Матери — Константинопольской Православной Церкви и 100-летие со времени учреждения Болгарского Экзархата.
7 марта 1971 г. скончался Святейший Патриарх Кирилл. С 4 по 8 июля 1971 г. в Софии состоялся Патриарший избирательный Церковно-Народный Собор Болгарской Православной Церкви, на котором был избран новый Предстоять Церкви. Им стал митрополит Максим, занимавший на тот момент Ловчанскую кафедру. Интронизация новоизбранного Болгарского патриарха состоялась 4 июля в Александро-Невском Софийском Патриаршем соборе.
В последнее десятилетие XX века Болгарскую Православную Церковь постигли серьезные нестроения. После устранения от власти коммунистов, новое правительство стало не менеее активно, чем коммунистическое вмешиваться в дела Церкви.
С одобрения властей, во время визита в 1991 году Вселенского Патриарха Димитрия “Христианский союз спасения”, возглавляемый иеромонахом Христофором Сабевым провел демонстрацию протеста против “священства в партийном мундире”. Сабев, будучи депутатом Парламента и председателем парламентской комиссии по вероисповеданию, совместно с чиновниками комитета по делам религий при Совмине объявил о ниспровержении Патриарха Максима, как сотрудничавшего с коммунистической властью, и о роспуске Синода.
9 мая 1992 г. Болгарское правительство приняло решение об отставке Патриарха Максима. Некоторые члены Св. Синода поддержали это решение, но другие твердо стояли на том, что каноны не позволяют смещать Патриарха из-за вмешательства государства. Трое, епископов поддержавших решение правительства объединились под лидерством митрополита Неврокопского Пимена и публично призывали к смещению Патриарха Максима.
25 мая 1992 г. Комитет по делам религии при Совмине Болгарии в циркулярном письме констатировал как факт отстранение Патриарха Максима от власти. C мая 1992 года начал действовать самочинный раскольнический “синод”, признанный Болгарским правительством. Резиденция главы раскольников находилась в Благоевграде. В сентябре 1992 г. раскольникам при посредничестве правительства удалось захватить Софийскую семинарию.
В 1995 году ряд иерархов-раскольников, принесли покаяние и были приняты Патриархом Максимом в общине, но раскол не прекратился. 3 июля 1996 года в Софии состоялся раскольнический “Церковно-Народный собор”, на котором присутствовало 95 делегатов, из которых 90 проголосовали за избрание Пимена “патриархом”. В храме Св. Параскевы в Софии 4 июля прошла церемония интронизации “патриарха” Пимена, которую провел “патриарх” Киевский Филарет (Денисенко).
Верховный административный суд Болгарии 5 марта 1997 года сообщил об отмене государственной регистрации Высшего Церковного Правления во главе с Патриархом Максимом. На следующий день Святейший Патриарх Максим встретился с президентом Болгарии и заявил, что не намерен покидать свой пост.
2-4 июля 1997 г., после 44-летнего перерыва, состоялся IV Церковно-Народный Собор БПЦ. Cреди гостей собора были представители Поместных Церквей: от Русской Православной Церкви - митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим, от Вселенского Патриархата - митрополит Мелетий и от Александрийского - митрополит Дионисий. Собор призвал власти не препятствовать, а содействовать Церкви в исполнении ее спасительной миссии на благо народа и Отечества. Собор также осудил действия раскольников, призвав их к покаянию и возвращению в лоно Матери-Церкви. Церковно-Народный Собор был признан постоянно действующим органом, который должен собираться каждые 4 года. Между сессиями работают 8 комиссий, в каждую из которых входит председатель в архиерейском сане, два клирика и два мирянина.
С 30 сентября по 1 октября 1998 года в Софии под председательством Константинопольского Патриарха Варфоломея прошло заседание расширенного синода Болгарской Православной церкви. Помимо Константинопольского, в заседании принимали участие еще 6 Патриархов и 20 митрополитов. Синод вновь подтвердил законность избрания Патриарха Максима и примирил противостоящие стороны. Епископы, находившиеся в расколе раскаялись в своих действиях и они вновь, как и сочувствующие им священники и миряне, были приняты в лоно Православной Церкви. Однако раскол так и не был преодолен – спустя несколько дней большая часть раскольничьих митрополитов отказалась от своего покаяния.
По данным Церковно-Народного Собора 1997 года в состав БПЦ входит 11 епархий, возглавляемых митрополитами. На территории Болгарии находится 2600 приходов, в которых служат 1500 священников; 120 монастырей. В настоящее время в Болгарии находятся две семинарии в Пловдиве и Софии, плюс к этому в Софийском университете и Университете свв. Кирила и Мефодия действуют богословские факультеты.
Болгарская Церковь имеет в своем составе две заграничные епархии; за пределами Болгарии имеются приходы-подворья в Венгрии, Румынии, Австрии, а также в Берлине, Нью-Йорке и подворье в Москве.