Отмеченные различия и противоречия между религией и наукой еще более резки в истории их взаимоотношений. Разумеется, они не конкурировали на поле познания; религия не изучает мир, она объясняет его и ориентирует в нем, опираясь на верования. Столкновения между Церковью и наукой были обусловлены тем, что открытия последней нарушали ту картину мира, которая сложилась еще с донаучных времен на основе верований и «священных книг».
Религия, как известно, возвышает веру над разумом. В парадоксальном виде эта позиция выражена в приписываемой Тер-туллиану (одному из основателей христианского богословия, II— III в. н. э.) формуле «Верую, потому что абсурдно». И действительно, с позиций критического разума нельзя принять идею о триединстве Бога, богочеловечности Христа, непорочном зачатии и т. д. Сторонники такой позиции в этом вызове разуму видят божественную природу догм, стоящих выше разума. Вождь реформации М. Лютер называл разум «блудницей дьявола», мешающей вере в Бога. Он говорил, что истина открывает человеку свое лицо в божественном откровении.
Правда, «линия Тертуллиана» в христианском богословии сочетается с другой, тоже сложившейся у истоков богословия, с «линией Климента Александрийского». Климент, современник Тертуллиана, стремился примирить веру и разум, дополнить ее знанием, сделать сознательной, подкрепить догматы христианства достижениями светской философии, опирающейся на научные данные. «Линия Климента» получила поддержку и основательное развитие в трудах Фомы Аквинского, учение которого ныне считается официальной философией католической Церкви. Он выдвинул идею гармонии веры и разума. Согласно Фоме, разум человека божествен по своей природе, а потому должен обосновывать и подкреплять истины веры. Следуя этой формуле, средневековая Церковь стремилась превратить философию как науку в служанку богословия (о соотношении религии и философии — глава «Религия и философия»).
Отсюда драматические перипетии истории взаимоотношений Церкви и науки. Обладая в те далекие времена огромной духовной (а часто и светской) властью, Церковь контролировала деятельность ученых и запрещала им заниматься теми исследованиями, которые заведомо могли поколебать религиозную картину мира. В 1163 г. римский папа Александр III издал буллу о запрете «изучения физики или законов природы». Спустя столетие папа Бонифаций VIII запретил анатомирование трупов и химические опыты. Тех, кто игнорировал запреты, наказывали, преследовали, казнили. В XIII в. католическая Церковь создала инквизицию — трибунал для расправы над еретиками, к которым приравнивались ученые, преступившие эти запреты.
В 1327 г. за пропаганду противоречившего Ветхому Завету учения о шарообразности Земли инквизицией был сожжен на костре выдающийся астроном Чекко д' Асколи. Столетие спустя испанская инквизиция казнила математика Вальмеса, дерзнувшего решить уравнения такой сложности, которая, по мнению 1 церковных властей, «недоступна человеческому разуму». Столетием позже той же испанской инквизицией был приговорен к смерти великий ученый и врач М. Сервет, открывший «малый круг» кровообращения. Он успел бежать в Швейцарию, где в 1558 г. все же был отправлен на костер, но на этот раз Кальвинистской Церковью, также объявившей его еретиком.
Разумеется, эти запреты и преследования серьезно тормозили развитие науки. Но выдающихся и мужественных ее подвижников они не останавливали: жажда истины оказывалась сильнее страха перед Церковью и личной веры. Нет сомнений в глубокой и искренней религиозности великого польского астронома Николая Коперника (1473—1543). Как и его современники, он поначалу придерживался традиционной, освященной Церковью геоцентрической системы Птолемея. Однако наблюдения неба и расчеты неопровержимо убедили Коперника в несостоятельности этой системы. Но публично заявить об этом ученый решился только перед смертью. Его книга «О вращении небесных сфер» (1543 г.) потрясла религиозную картину мира, согласно которой Земля принималась за центр мироздания. В 1616 г. Церковь запретила учение Коперника, труды его были изъяты из библиотек, о них не разрешалось упоминать на лекциях.
Однако теория Коперника и сама идея гелиоцентризма были уже подхвачены передовыми мыслителями того времени. Особое место среди них занимает итальянский философ Джордано Бруно (1548—1600). Он пошел дальше Коперника, утверждая, что и Солнце нельзя принимать за центр мироздания: Вселенная безгранична. Д. Бруно высказывает гениальную (но кощунственную с позиции Церкви) идею о множестве обитаемых планет. Инквизиторы заточили философа в темницу, в течение восьми лет подвергали его пыткам, принуждая к отказу от ереси, но, не добившись своего, сожгли на костре на Площади Цветов в Риме. Великий итальянский ученый Галилео Галилей (1564—1642) своими открытиями подтвердил учение Коперника. После выхода в свет книги «Диалог о двух главнейших системах мира — птолемеевой и коперниковой» (1632 г.) ученого привлекли к суду инквизиции и под страхом смерти принудили составить письменное отречение от своих убеждений и покаяться перед судом: «Я, Галилео Галилей, сын покойного Винченцо Галилея из Флоренции, преклонив колена перед Вашими высокопреосвященствами и генеральными инквизиторами, имея перед очами святое Евангелие, которого касаюсь собственными руками, клянусь, что всегда верил и ныне верю и, при помощи Божьей, впредь буду верить во все, что считает истинным, проповедует и чему учит святая католическая и апостольская римская Церковь..». Галилео не был казнен, но до самой смерти оставался под строгим надзором Церкви. Книги его, как и сочинения Коперника и Бруно, были включены в число запрещенных. Лишь несколько десятилетий тому назад Ватикан признал ошибкой процесс над Галилеем.
Служители ислама были едины с христианской Церковью в своем отношении к светской культуре и науке. В связи с этим примечательна судьба крупнейшего книгохранилища древности — Александрийской библиотеки, сосредоточившей сотни тысяч ценнейших рукописей. Ее разгромили фанатики раннего христианства, а спустя столетие, в 642 г., окончательно уничтожили мусульманские изуверы. Халиф Омар повелел: «Если в этих книгах есть то, что имеется в Коране, тогда они бесполезны. Если в них есть то, чего нет в Коране, тогда они вредны. И в том и в другом случае их надо сжечь». По наущению мусульманского духовенства фанатики убили знаменитого среднеазиатского математика и астронома Улугбека (1394—1449) и разрушили его обсерваторию. Враждебная по отношению к науке позиция мусульманского духовенства и на Востоке тормозила прогресс.
Борьба Церкви против свободомыслия — явление, свойственное всем конфессиям. Так, в 1656 г. амстердамские раввины подвергли «великому отлучению» («херем») философа Б. Спинозу за научную критику Библии. Анафема гласила: «Да будет он проклят и днем и ночью, да будет проклят, когда ложится и встает; да будет проклят и при выходе и при входе! Предупреждаем вас, что никто не должен говорить с ним ни устно, ни письменно, не оказывать ему какие-либо услуги, не проживать с ним под одной крышей, не стоять от него ближе, чем на четыре локтя, не читать ничего, им составленного или написанного!»
Русское православие не знало инквизиции, но отнюдь не покровительствовало свободомыслящим ученым. Раздраженный нападками церковнослужителей на свои исследования, великий М.В. Ломоносов потребовал, чтобы духовенство «не привязывалось» к ученым и «не ругало науки». Но исследованиям, подрывавшим религиозные догмы, все же препятствовали. Учение Ч. Дарвина, вызвавшее ожесточенные нападки католиков и протестантов, было встречено в штыки и православием. Сторонников дарвинизма подвергали травле. Церковь запретила книгу И.М. Сеченова «Рефлексы головного мозга» (1863 г.), сочтя ересью учение о естественной природе психики человека. Из-за гонений духовенства был вынужден покинуть Россию сторонник дарвинизма, выдающийся биолог, лауреат Нобелевской премии И.И. Мечников. Один из влиятельнейших иерархов православия обвинил ученого в том, что тот «и знать не хочет о существовании христианского мировоззрения, а отстаивает возможность для человека полного и счастливого цикла жизни, преодолевающего страх смерти без содействия религии».
Многочисленны примеры церковных противостояний науке во всех странах мира. Не следует замалчивать эти трагические реалии прошлого. Вместе с тем не следует абсолютизировать это противостояние: здесь имел место конфликт не столько религии с наукой, сколько Церкви со свободомыслящими учеными. И жертвы церковных гонений отнюдь не всегда были последовательными атеистами. Как уже говорилось, сомнений в религиозности Н. Коперника и Г. Галилея нет. Что же до М. Сервета, то он, считая себя убежденным христианином, увлеченно пропагандировал астрологию. Ученый был казнен, разумеется, не за открытия в медицине, а за свободное толкование канонов религии, пропаганду веротерпимости и обличение религиозного фанатизма. Джордано Бруно в основном, следуя материализму, отдавал дань и пантеизму, разделял заимствованные из каббалы особые приемы колдовства и гадания. Пантеизм поддерживал и материалист Б. Спиноза. А великий М.В. Ломоносов сочинял пронизанные глубокой верой в Бога поэтические оды.
В сознании едва ли не всех ученых прошлого научное мышление мирно уживалось с религиозной верой. Даже тогда, когда они признавали превосходство веры над разумом. Некоторые выдающиеся естествоиспытатели с глубоким интересом предавались богословским занятиям. Так, на склоне лет гениальный И. Ньютон занялся толкованиями Апокалипсиса. Немало естествоиспытателей (в том числе и один из основателей генетики Г. Мендель) были монахами. Но, обращаясь к научным занятиям, они игнорировали постулат о непознаваемости тайн бытия и упомянутые здесь церковные запреты и предписания духовенства. В своей профессиональной деятельности эти ученые руководствовались не догматами и канонами вероучений, а принципами и правилами научного поиска.