Подобное мнение волоколамского игумена вызвало неоднозначную реакцию среди церковных деятелей, и некоторые из них, считавшиеся последователями Нила Сорского и прозванные позднее "нестяжателями", выступили против подобной жестокости. "Слово ответное" Вассиана Патрикеева и более поздний "Ответ кирилловских старцев", автором которого, предположительно был тот же Вассиан, требовали раскаявшихся еретиков прощать и принимать в лоно Церкви, а непокаявшихся заточать в темницы, но не предавать смерти. Однако влияние Иосифа Волоцкого было уже столь велико, что изменить приговора не смогли.
В спорах с еретиками сформировалось еще одно направление деятельности преподобного Иосифа — развитие православного богословия. Дело в том, что еретики отрицали важнейшие догматы православного вероучения — Святую Троицу, богочеловеческую природу Иисуса Христа и его роль Спасителя, идею посмертного воскрешения и т.д. Они подвергли критике и осмеянию тексты Библии и святоотеческую литературу. Кроме того, еретики отказывались признавать многие традиционные принципы православной Церкви, в том числе институт монашества и иконопочитание.
Единственным священнослужителем, кто смог противостоять еретикам, оказался Иосиф Волоцкий. Поэтому "Просветитель" — это глубокий и основательный богословский трактат, в котором объяснены и заново аргументированы все важнейшие догматические и богослужебные традиции Православной Церкви. Конечно, сочинения преподобного Иосифа представляет собой, в основном, искусно составленный сборник разных по объему фрагментов из ветхо — и новозаветных книг, из трудов Отцов Церкви. Однако в этом и состояла значение "Просветителя" — в нем, по сути дела, было собрано все то главное, что необходимо было знать христианину. Причем яркий, страстный и образный стиль всего сочинения не только привлекал читателя, но и помогал ему в возможных религиозных диспутах о сущности веры. И недаром, позднее "Просветитель" был одной из самых популярных книг — известно более чем сто его списков.
В итоге, Иосиф Волоцкий сыграл самую значительную роль в усилении роли Церкви в жизни русского общества в XV–XVI вв. Поначалу он вообще утверждал принцип превосходства "священства" над "царством", ибо считал светскую власть зависимой от Закона Божиего — только подчинение государя Божиим заповедям делает его власть законной: "Царь бо Божий слуга есть… — писал Иосиф Волоцкий. — Сего ради подобает тем преклонятися и служити телесне, а не душевне, и вздавати им царскую честь, а не божественную". Если же царь не способен побороть в себе "скверны страсти и грехи", то "таковый царь не Божий слуга, но диавол, и не царь, но мучитель".
Впоследствии, убедившись, что без поддержки великого князя Церковь не может в полной мере осуществить на земле свою миссию, Иосиф Волоцкий склонился к признанию приоритета власти государя. В своих посланиях, обращаясь к великому князю Московскому Василию Ивановичу он постоянно именовал его не просто великокняжеским титулом, но и "самодержцем", "царем" и "государем всея Рускыя земля", то есть теми титулами, которыми Василий Иванович официально еще не обладал. Больше того, одним из первых в то время Иосиф Волоцкий задумался и начал говорить о божественном происхождении власти русского государя, уподобляя его земную миссию Божиему Промыслу: "Ты же убо, о дръжаны царю, и скыпетр царствиа приим от Бога, блюди, како угодиши давшему ти то, не токмо бо о себе ответ даси ко Господу, но еже инии зло творят, ты слово отдаси Богу, волю дав им. Царь убо естеством подобен вышеяму Богу. Но якоже Бог хощет всех спасти, такоже царь все подручное ему да хранит, яко да Божию волю сътворив, приимеши от Бога присносущное радование и воцаришися с Ним во векы радуася".
Приверженец строгого личного аскетизма, преподобный Иосиф решительно выступал за право владения монастырями земельной собственностью. Ведь только обладая собственностью и не заботясь о хлебе насущном, монашество будет увеличиваться и, следовательно, заниматься своим главным делом — нести в народ Слово Божие. Более того, лишь богатая Церковь, по убеждению преподобного Иосифа, способна приобрести в обществе максимум влияния.
В то же время, он настаивал на том, чтобы все монастырские богатства направлялись на благотворительность и исполнение иных социальных целей. Кстати, в своем монастыре Иосиф Волоцкий вел широчайшую благотворительную деятельность.
Учение, созданное Иосифом Волоцким, оказалось самым влиятельным в русской религиозно-философской мысли. И если в первые десятилетия XVI века "иосифлянство" было лишь одним из ведущих религиозно-философских направлений, то с 30-х годов XVI столетия "иосифлянство" — это основная идеология Русской Православной Церкви XVI — первой половины XVII вв.