Находясь в Обдорске, Макарий столкнулся с противодействием местного князя, который «никому не подает совета креститься: чрез это немалая трудность предлежит приводить их в христианскую веру». Особые препятствия встретил Макарий и его помощники при попытках обращения в православие ненцев, приезжавших сюда с Ямала и из соседних с ним районов. В своем рапорте Макарий предположил на основе разговоров с ними, что многие, «узнав от некрещенных остяков, что в Обдорске миссия, и по пронесенным между ними слухам, будто быв в Архангельской губернии миссиею тамошние самоеды крещены насильно, полагали, что и в Обдорске их насильно крестить будут, не хотели даже являться в Обдорск для положения ясака». Кроме того, с точки зрения Макария, большой проблемой является и то, что «язык их весьма недостаточен для объяснения истин христианской религии, от чего и крещеные остяки никакого почти понятия не имеют об оной». В силу этих причин, а также по «слабости здоровья» по собственной просьбе, Макарий был уволен с поста миссионера. Вскоре в Тобольск возвратились и его помощники.
На этом недолгая история миссионерства иеромонаха Макария закончилась, а вместе с этим и деятельность самой Миссии. Однако ее юридическое упразднение последовало лишь в 1836 году. Синод в своем постановлении отметил, что в Обдорске, по неимению в виду довольно способов и надежд, до времени не учреждать миссии (не назначать туда специального миссионера), а назначать туда священника, который своей жизнью, своим обращением привлекал бы к себе инородцев и, крестя по крайней мере немногих из них, приготовлял бы почву к будущему просвещению сего племени«.
Уже упомянутый Иринарх главной причиной неудачи миссии Макария счел то обстоятельство, что его действия носили несистематический характер, а используемые при этом методы оказались неподходящими для Севера. Эпизодические встречи с аборигенами не могли оказать на них практически никакого влияния; незнание языка, местных нравов и традиций также отвращало от миссионера местное население. «Миссионеры, — писал Иринарх, — вступая в духовную борьбу с язычеством, должны были вступить в борьбу и с полярной природой. Естественно, что, отправившись благодетельствовать с одним только посохом в руках, миссионеры признали себя бессильными борцами» .
Тем не менее, один из этих «бессильных борцов» Лука Вологодский, выпускник Тобольской духовной семинарии, помощник иеромонаха Макария, следуя постановлению Синода, в течение двух лет успешно трудился на ниве миссионерства. Но в 1839 году, после получения известий о волнении среди «самоедов», архиепископ Афанасий ужесточил правила крещения. Он предписал лицам, желающим быть причисленным к Православной церкви, являться в Тобольск или Березов. Это, безусловно, чрезвычайно осложняло возможность роста числа «новых православных», делало его почти невозможным.
Таким образом, первые два с половиной века истории миссионерской деятельности в Обдорском крае принесли мало утешительного для православия. Немногочисленно было количество крещенных из «инородцев». Православие не утвердилось в местах проживания аборигенов.
С прекращением миссионерской деятельности иеромонаха Макария (Боголепова), начальника Обдорской миссии (1831г.) и окончанием пребывания в Обдорске Луки Вологодского, проповеднические обязанности в Обдорском крае исполняла основанная в 1836 году миссия при Кондинском монастыре. Однако большие расстояния до Обдорска и далее на север, плюс недостаток миссионеров делали ее действия малоэффективными.
В 1847 г. состоялась ревизия министерства Государственных Имуществ в Сибири, в том числе по вопросам вероисповедным. В Синод были представлены результаты ревизии. Они оказались весьма неутешительными. Так выяснилось, что:
o число церквей в Сибири не соответствует территории и количеству жителей;
o духовенство уровнем образования и поступками не соответствует своему сану и назначению;
o между сибирскими «инородцами» широко распространено шаманство.
Синод предписал архиепископу Тобольскому Георгию (Ящуринскому) устранить замечания министра Государственных имуществ о состоянии православных церквей и духовенства, а также насчет «последователей шаманства».
В 1848 году Тобольская духовная консистория на своем заседании разбирала вопрос о создании особой Обдорской миссионерской церкви для распространения и проповедования христианства «самоедам-язычникам». Предполагалось учредить при ней походную церковь для проповеди в местах кочевий ненцев, что позволяло бы «лучше узнать инородцев, войти к ним в доверие». Миссионер был обязан изучать местные языки, домашний общинный быт инородцев, их ремесла, поверья, привычки и необходимые жизненные условия. Примечательно, что миссионерам не рекомендовалось вступать в брак в течение минимум пяти лет, учитывая суровые условия края и постоянные переезды. Чтобы избежать обвинения в мздоимстве священнослужителей, предписывалось требы совершать безвозмездно.
Однако Синод весьма холодно отнесся к предложениям Тобольской митрополии. Он не разрешил учреждать новые миссии, ссылаясь на волнения среди «самоедов», имевших место в 1839 и в 1841 годах, которые, как предполагалось, произошли из-за действия духовенства.
Подготовительным шагом к созданию собственно Обдорской миссии послужило назначение на должность священника Петропавловской церкви Обдорска, молодого, только что окончившего семинарию Петра Попова, которому суждено было сыграть большую роль в истории православия в крае. Огромное преимущество заключалось в том, что, являясь уроженцем Севера, Попов был привычен к местным условиям и знаком с языком коренного населения. Его первым шагом стало учреждение школы при церкви, где обучалось несколько мальчиков-детей коренных жителей.
Вскоре на пост Тобольского губернатора был назначен Г.Н. Гасфорт. Уже в ходе своей первой инспекторской поездки в Обдорск и по прилегающим к нему территориям, он пришел к мнению о необходимости усилить дело «христианского гражданского просвещения». По его мнению, оживление православия, его утверждение среди аборигенов должно было способствовать «уничтожению вредной для развития края обособленности и замкнутости инородцев». Кроме того, участие миссионеров в распространении грамотности среди населения могло оказать, как считал губернатор, — «существенное влияние на успех поднятия их (хантов и ненцев) из этого жалкого положения, в каком, благодаря своей неразвитости, они очутились в столкновении с относительно развитыми русскими колонистами».
Таким образом, светская и церковная власть оказались едиными во мнении об устроении в Приобье специальной Миссии для работы среди ненцев и других коренных народов. Заручившись поддержкой губернатора, Тобольский архиепископ Евлампий (Пятницкий) отправил в Синод предложение об открытии миссии в Обдорске при местной церкви. Соответствующий указ последовал в 1853 году. Согласно указу ставилась задача «обращения в христианскую веру необращенных заобдорских остяков и самоедов, живущих по берегам Ледовитого океана. /Для чего — А.А./ необходимо послать в эти кочевья приспособленных миссионеров, знающих различные между собой идиомы языков остяцкого и самоедского, которые бы жили и перекочевывали с народом и, имея легкие подвижные престолы, совершали бы упрощенные церковные обряды, старались бы вообще инородцам сделаться полезнее» .
Здесь впервые появляется мысль о постройке походных церквей, что при проповеди в среде кочевого и полукочевого населения было единственным выходом.
Во исполнение Синодального указа Тобольская духовная консистория выпустила свой собственный, в котором, прежде всего, обратила внимание на то, что «некрещеные остяки и самоеды есть только в приходе Петропавловской церкви, стоящей вниз по течению Оби, самой последней к Ледовитому морю и живущие здесь некрещеные инородцы постоянного жительства не имеют». Исходя из этого, была учреждена должность миссионера Обдорской церкви, в обязанность которого входили постоянные разъезды по «чумам инородцев» и их обращение к христианской вере. Одновременно и на приходского священника также были возложены отдельные миссионерские обязанности. Таким образом, предполагалось, что священник и миссионер поочередно будут выезжать в миссионерские поездки. И вместе с тем, всегда кто-то будет проживать в Обдорске при церкви, будет совершать необходимые миссионерские действия, особенно в период массового приезда «инородцев» в поселок для сдачи ясака.
Первым в 1855 г. должность Обдорского миссионера занял Дмитрий Попов, уже зарекомендовавший себя вдумчивым пастырем и миссионером. По определению министерства финансов ему полагалось особое жалованье — 200 рублей в год, что равнялось жалованью старшего священника.
Одновременно было отпущено 2300 рублей на постройку походной церкви, которую соорудил местный мастер в том же году. В «Истории Обдорской миссии» она описывается следующим образом: «Церковь эта представляет палатку из ревендута с ревендутной такой же крышей, на железных дугах, удобно расположенных по местам, где предположено совершать в ней богослужение; вся с алтарем длиной 15 аршин, шириной 6 аршин (приблизительно 11 метров на 4.5 метра). В ней иконостас из легких складных брусков, иконы как в нем, так и в алтаре, писанные на полотне, все на подрамниках, вместе с иконостасными брусками, окруженных зеленым цветом; всех икон живописных 14»" .
Из предыдущего опыта общения с инородцами было известно, что на них особое волнующее воздействие оказывают живописные изображения. Поэтому в походной церкви было много икон: «Тайная вечеря», «Спаситель, сидящий на престоле», «Архангелы Михаил и Гавриил», «Четыре Евангелиста», «Святая Троица», «Спаситель и Божья Матерь», «Апостолы Петр и Андрей Первозванный». В распоряжении миссионера было много красочных картинок на Ветхозаветные и Новозаветные темы.