Таким образом, буддийская церковь превратилась в важную часть государственного аппарата Японии. Это была в полном смысле слова духовная полиция, при помощи которой сегунат держал под контролем не только жизнь и деятельность подданных, но и их мысли.
К этому времени в Японию стали проникать европейцы, пытавшиеся вести проповедь христианства. Одновременно с официальным узаконением буддизма был издай указ о запрещении христианства в стране, что было мероприятием не столько религиозного, сколько общеполитического государственного значения: правители Японии ставили преграду проникновению в страну европейских влияний.
Формально все же государственной религией в Японии признавалось конфуцианство. Феодальным властям Японии больше импонировало политическое, чем религиозное содержание этого учения. По существу конфуцианство так осталось в Японии политическим и этическим учением, религиозные же потребности верующих удовлетворялись буддизмом и подчинившимся ему синтоизмом, что целиком соответствовало интересам японского феодализма, на протяжении столетий воплощенного политически в форме сегуната.
В XIX в., когда в условиях постепенного развития буржуазных отношений сегунат стал приходить в упадок, поколебалось и положение буддийской церкви. В ряде провинций господствовавшие в них оппозиционные по отношению к сегунам князья стали предпринимать антибуддийские действия, ориентируясь на реставрацию синтоизма как самостоятельной религии, которую можно было бы объявить государственной. Так, в 1843 г. князь провинции Мито ликвидировал на своей территории 190 буддийских храмов и приказал перелить на пушки их колокола; тут же были запрещены некоторые буддийские обряды, в том числе похоронные, — вместо них предлагалось прибегать к синтоистскому ритуалу. Были приняты меры к консолидации синтоистского духовенства, и преимущественно его антибуддистских элементов. Революция Мэйдзи (1868 г.), уничтожившая сегунат и установившая в Японии самодержавие микадо, имела одним из своих последствий преследование буддийской религии и духовенства.
Была взята линия на воскрешение синтоизма как государственной религии. Таким образом буддийской церкви был нанесен серьезный удар. Указом микадо буддийское и синтоистское богослужения были строго разграничены, буддийским священникам запрещалось выполнение синтоистских церемоний. Буддийско-синтоистские храмы были переданы в руки синтоистского духовенства, причем последнее подверглось чистке с целью удаления пробуддийских элементов. Большое количество земель, принадлежавших буддийским храмам, правительство конфисковало, а многие храмы ликвидировало. Так, в префектуре Тояма в 1870 г. было 1730 буддийских храмов, а в 1871 г. оставалось только 7. Микадо демонстрировал и собственный отказ от буддизма. Он ликвидировал буддийское святилище в своем дворце, удалил из дворца статую Будды, отменил ранее проводившийся буддийский праздник императора.
Однако вскоре императорской Японии пришлось ослабить, а затем и прекратить свою антибуддийскую политику. Выяснилось, что буддизм пустил прочные корна в быту и сознании народных масс, которые в ряде случаен оказывали сопротивление властям, вступаясь за права и прерогативы буддийской церкви. В некоторых случаях властям приходилось быстро отменять свои антибуддистские мероприятия. Когда в 1868 г. прописка населения по буддийским приходам была заменена пропиской по синтоистским, это вызвало такое сопротивление населения ряда провинций, что уже в 1873 г. реформа была отменена и принят порядок, по которому прописка производится в храме той или иной религии в зависимости от того, какой существует в данной местности. Организованный сразу после переворота и преобразованный вскоре в министерство департамент по делам синтоистской религии, ставивший ее своим существованием в исключительное положение, был упразднен, а все религиозные вопросы переданы в ведение министерства просвещения. Наконец, принятая в 1889 г. конституция провозгласила принцип свободы совести, каковым буддизм был опять легализован, правда, уже на равных основаниях с синтоизмом. К тому же буддийская церковь потеряла значительную часть своих материальных богатств.
Видимо, в этих условиях руководители буддийской церкви поняли, что надо удерживать те позиции, которые еще можно отстоять. Они стали доказывать правительству свою полную лояльность в отношении существующего строя и свою готовность проповедовать культ императоров не менее активно, чем синтоизм.