На додаток до Нобелівської премії Томсон отримав багато інших нагород, серед яких можна вказати медалі: Королівську (1894), Хьюза (1902) і Коплі (1914), присуджені Лондонським королівським суспільством. Він був президентом Лондонського королівського суспільства в 1915 р. і його нагородили дворянством в 1908 р.