В 1980–1981 Алжир способствовал проведению переговоров об освобождении 52 американских заложников, захваченных Ираном в ноябре 1979. В 1986 произошел положительный сдвиг в отношениях с Ливией, а в 1988 закончился долгий спор с Марокко по вопросу о Западной Сахаре. До тех пор Алжир оказывал поддержку партизанам, выступавшим против присоединения к Марокко этой бывшей испанской колонии. Улучшение отношений между соседними государствами создало условия для провозглашения Союза Арабского Магриба, организации, которая служит укреплению политических и экономических связей североафриканских государств (Алжира, Ливии, Мавритании, Марокко и Туниса).
В 1980-х алжирская экономика стала переживать серьезные трудности. Падение цен на нефть и газ, экспорт которых давал 98% валютных поступлений, привело к социально-экономическим и финансовым потрясениям. Резкое ухудшение положения широких слоев населения вызвало массовые антиправительственные выступления. В октябре 1985 вспыхнули волнения в центре Кабилии Тизи-Узу, где прошла мощная забастовка, организованная Координационным комитетом лицеистов, студентов и трудящихся. В октябре 1988 войска расстреляли демонстрацию протеста против повышения цен в столице; погибли более 500 человек.
Алжирские власти попытались решить экономические проблемы с помощью международных финансовых институтов, широкой приватизации предприятий государственного сектора и сельского хозяйства. Но эти меры вызывали еще большее ухудшение положения бедных слоев населения.
Правительство Алжира вынуждено было пойти на проведение многопартийных выборов. Растущее общественное недовольство пошло на пользу радикальным силам исламского фундаментализма. В июне 1990 ИФС выиграл выборы в местные органы власти в 32 из 48 провинций страны. Страну захлестнула волна столкновений, что побудило президента Бенджедида ввести в июне 1991 чрезвычайное положение, которое действовало до конца сентября; за этот период 55 человек погибли, 326 были ранены, около 3 тысяч арестованы, включая ряд лидеров ИФС.
В декабре 1991 ИФС победил на первом туре парламентских выборов. После этого военное командование заставило президента Бенджедида уйти в отставку, отменило результаты первого тура выборов и проведение второго. Временное руководство Алжира возглавил Мохаммед Будиаф. ИФС ответил на переворот массовыми протестами, в ходе которых около 40 человек были убиты. 9 февраля 1992 правительство ввело чрезвычайное положение, а 4 марта объявило о роспуске и запрете ИФС. Около 7 тысяч исламистов были арестованы. Власти распустили местные органы власти, в которых преобладали исламисты. Однако к июню более двух с половиной тысяч интернированных вновь вышли на свободу. Но лидеры ИФС Абасси Мадани и Али Бельхадж были обвинены в государственной измене и приговорены к 12 годам заключения каждый. Власти ужесточили цензуру печати.
Ушедшие в подполье исламские радикалы развернули вооруженную повстанческую борьбу с армией и силами безопасности. В ходе противоборства обе стороны прибегали к массовому нарушению прав человека, расправам с гражданским населением, убийствам и казням нелояльных. За последующие годы в результате гражданской войны погибли от 100 до 200 тысяч алжирцев.
29 июня 1992 глава государства Будиаф пал жертвой покушения, его сменил бывший дипломат Али Кафи. В попытке справиться с волной исламистского насилия Кафи ввел в действие специальные законы о борьбе с терроризмом, расширил полномочия полиции и ввел комендантский час. Суды выносили смертные приговоры членам и сторонникам ИФС (214 с февраля 1992 по февраль 1993). Но покушения продолжались: в августе 1993 фундаменталисты убили сторонника непримиримого противостояния, бывшего премьер-министра Касби Мербаха. Они расправлялись также с представителями светской интеллигенции, женщинами, журналистами, иностранцами.
В январе 1994 пост президента Алжира занял генерал Ламин Зеруаль, пообещавший искать политическое решение конфликта с исламистами. В рамках курса на «национальное примирение» власти освободили около 900 фундаменталистов и пригласили оппозиционные партии ФНО, Фронт социалистических сил и Объединение за культуру и демократию принять участие в образованном в мае 1994 Национальном переходном совете. Правительство выпустило на свободу двух лидеров ИФС, что было предварительным условием исламистов для ведения переговоров между властью и оппозицией. В августе – сентябре 1994 алжирскому руководству удалось возобновить «национальный диалог» о прекращении гражданской войны с пятью легальными оппозиционными партиями. Однако переговоры с ИФС в октябре провалились, поскольку генералы отвергли его требование об объявлении всеобщей амнистии и предоставлении ему постов министров обороны и внутренних дел. Напротив, ИФС договорился с ФНО и Фронтом социалистических сил в январе 1995 о совместной Программе политического и мирного решения алжирского кризиса. Оппозиция потребовала проведения общенациональной конференции всех «представительных» политических сил и восстановления демократии. Правительство отвергло эти предложения. Неудачей закончились и новые переговоры между представителями властей и ИФС в апреле – июле 1995.
Несмотря на новую волну террора, генерал Зеруаль пошел на проведение президентских выборов в ноябре 1995, рассматривая их успех как доказательство прочности своих позиций и стабильности власти. Несмотря на угрозы ИФС, в выборах, по официальным данным, приняло участие более 72% населения. Зеруаль был избран президентом, собрав 61% голосов и далеко опередив своих соперников – умеренного исламиста шейха Махфуда Нахнаха из Движения за исламское общество «Хамас» (25,6%), представителя берберского Общества за культуру и демократию Саида Саади (9,6%) и кандидата небольшой либеральной Партии алжирского обновления Нуреддина Букруша (3,8%). Вступая на президентский пост, Зеруаль освободил несколько сотен заключенных исламистов.
В январе 1996 было сформировано правительство с участием членов «Хамас» и Партии алжирского обновления, а также бывшего видного члена ИФС. ФНО и Фронт социалистических сил также заявили о том, что покидают лагерь оппозиции. Все это позволило президенту Зеруалю укрепить свои позиции и объявить в марте 1996 о возобновлении «национального диалога». Конференция по национальному примирению началась в августе того же года, но без участия ИФС и берберских партий ФСС и ОКД. Однако, несмотря на объявленный ими бойкот, население страны в ноябре 1996 проголосовало за предложенный президентом проект новой конституции.
В январе 1997 конференция алжирских оппозиционных партий, которая проходила в испанской столице, вновь призвала к мирному решению конфликта, а ИФС объявил о полном отказе от террористической стратегии (радикальные исламистские группировки отвергли это объявление). Но Зеруалю удалось интегрировать большинство партий оппозиции в новую политическую систему и добиться изоляции ИФС. Берберские партии и умеренные исламисты приняли участие в парламентских выборах в июне 1997, после чего премьер-министр Ахмед Уяхья сформировал новое правительство с участием президентской партии НДО, ФНО и Движения общества мира. Кабинет заявил о своем намерении провести экономические реформы, включая приватизацию государственных предприятий. Уяхья, занимавший пост главы правительства в 1995–1998, добился снижения инфляции и возобновления экономического роста, однако это было достигнуто ценой закрытия большого числа предприятий, увеличения безработицы до 30% и ужесточения социальной напряженности. Оппозиция и профсоюзы обвинили премьера в уничтожении половины рабочих мест в государственной промышленности. Между 1991 и 1999 покупательная способность алжирцев сократилась на 60%
В июле 1997 власти освободили одного из лидеров ИФС Абделькадера Хашани; председатель ИФС Аббаси Мадани был переведен под домашний арест. Но вооруженные столкновения с силами радикальных фундаменталистов продолжались.
Успехи Зеруаля оказались неустойчивыми. В 1998 в алжирском военно-политическом руководстве усилились разногласия. Военные требовали от президента отказаться от уступок, прекратить переговоры с ИФС и перейти к решительному уничтожению исламистов. Осенью 1998 Зеруаль объявил о том, что он досрочно уходит в отставку. На президентских выборах в январе 1999 кандидатом от правящего лагеря (ФНО и фракции НДО) выступал бывший министр иностранных дел Абдельазиз Бутефлика. Оппозиция выдвинула собственных кандидатов, но все они накануне выборов сняли свои кандидатуры, обвинив власти в подготовке фальсификации. Тем не менее, избрание Бутефлики состоялось, несмотря на протесты оппозиционных партий и организаций; выступления их сторонников были разогнаны. Новый президент пообещал продолжать процесс национального примирения, провел через парламент закон об амнистии, который предусматривал смягчение наказания для 2300 фундаменталистов, а также помиловал около 5 тысяч исламистов. Он пообещал даже разрешить реорганизацию ИФС. В июне радикальная Исламская армия спасения заявила о прекращении боевых действий и самораспустилась. Общее положение в стране заметно улучшилось. Но другая организация – Вооруженная исламская группа ответила на это «интенсификацией священной войны»; ее член убил лидера умеренного крыла ИФС Хашани. В итоге Бутефлика вынужден был снова уступить давлению военного руководства, и с декабря 1999 армия активизировали свои действия против фундаменталистов. Несмотря на то, что в июне 2000 президент объявил о военной победе над терроризмом, эта декларация все еще далека от реальности.