На флагманском судне был оборудован лазарет на сорок коек с ученым лекарем, на другие суда определены подлекари. Также был назначен священник с причтом на флагман и иеромонахи на другие корабли.
Научная часть экспедиции была поручена академику Питеру Симону Палласу, произведенному 31 декабря 1786 г. в звание историографа российского флота с жалованием 750 руб. в год. Для «ведения обстоятельного путешественного чистым штилем журнала» был приглашен секретарь Степанов, обучавшийся в Московском и Английском университетах. В ученый отряд экспедиции вошли также участник плавания Кука астроном Уильям Бейли, естествоиспытатель Георг Форстер, ботаник Соммеринг и четыре живописца. В Англии предполагалось закупить астрономические и физические приборы: секстаны Годлея, хронометры Арнольда, квадранты, телескопы, термо- и барометры, для чего Паллас вступил в переписку с гринвичским астрономом Мескелином.
Библиотека флагманского корабля насчитывала свыше пятидесяти названий, среди которых были: «Описание земли Камчатки» С. П. Крашенинникова, «Генеральная история путешествиям » Прево Лагарпа в двадцати трех частях, труды Энгеля и Дюгальда, выписки и копии всех журналов российских плаваний в Восточном океане с 1724 по 1779 гг., атласы и карты, в том числе «Генеральная карта, представляющая удобные способы к умножению российской торговли и мореплавания по Тихому и Южному океанам», сочиненная Соймоновым.
Экспедиция готовилась очень тщательно. Через месяц после указа, 17 апреля, были собраны экипажи судов, все офицеры переселились в Кронштадт. Корабли были подняты на стапели, работа на них кипела дотемна. На суда доставлялись продукты: капуста, по 200 пудов на каждое соленого щавеля, по 20 – сушеного хрена, по 25 – лука и чеснока. Из Архангельска было доставлено по особому заказу 600 пудов морошки, заготовлено 30 бочек сахарной патоки, более 1000 ведер сбитня, 888 ведер сдвоенного пива и т. д. Мясо, масло, уксус, сыр решено было закупить в Англии. Кроме двойной мундирной амуниции, нижним чинам и служителям полагались по двенадцать рубах и по десять пар чулок (восемь шерстяных и две нитяных).
« Для утверждения российского права на все, доныне учиненные российскими мореплавателями, или вновь учиненными быть могущие открытия» было изготовлено 200 чугунных гербов, которые предписывалось укрепить на больших столбах или «по утесам, выдолбив гнездо», 1700 золотых, серебряных и чугунных медалей с надписями на русском и латинском языках, которые следовало зарыть в «пристойных местах».
Экспедиция была хорошо вооружена: 90 пушек, 197 егерских ружей, 61 охотничье, 24 штуцера, 61 мушкетон, 61 пистолет и 40 офицерских шпаг. Применять оружие дозволялось только для охранения российских прав, но не к туземцам вновь обретенных земель: «...должно быть первое старание посеять в них хорошее понятие об россиянах... Весьма запрещается вам употреблять не только насилия, но даже за какие-либо со стороны зверские поступки отмщения».
Зато в отношении иностранных пришельцев предписывалось принудить их «по праву первее учиненных открытий к Российской державе принадлежащих мест, наискорее удалиться и впредь ни о поселениях, ни о торгах, также о мореплавании не думать; а ежели какие укрепления или поселения есть, то имеет вы право разорить, а знаки и гербы срыть и уничтожить. Равно поступать вам и с судами сих пришельцев, в тех водах, гаванях или на островах повстречаться могущими для подобных же покушений, принудив их оттуда потому же удалиться. В случае же сопротивления или, паче, усиливания, употребив вам силу оружия, так как и суда ваши на сей конец столь достаточно вооружены».
Четвертого октября 1787 г. суда экспедиции Муловского в полной готовности к отплытию вытянулись на кронштадском рейде. Русским министром-послом в Англии уже были заказаны лоцманы, дожидавшиеся эскадру в Копенгагене для проводки ее в Портсмут.
Но срочная депеша из Константинополя о начале войны с Турцией перечеркнула все планы и труды. Последовало высочайшее повеление: «Приготовляемую в дальнее путешествие под командою флота капитана Муловского экспедицию, по настоящим обстоятельствам отложить, и как офицеров, матросов и прочих людей, для сей эскадры назначенных, так и суда и разные припасы для нее заготовленные, обратить в число той части флота нашего, которая по указу нашему от 20 числа нынешнего месяца Адмиралтейств-коллегии данному, в Средиземное море отправлена долженствует».
Но и в Средиземное море Муловский не ушел: началась война со Швецией, и его назначили командиром фрегата «Мстислав», где под его командой служил юный мичман Иван Крузенштерн, которому суждено было через пятнадцать лет возглавить первое состоявшееся русское кругосветное плавание. Муловский отличился в знаменитом Гогландском сражении, за что 14 апреля 1789 г. был произведен в капитаны бригадирского чина. Такой же чин во время русско-шведской войны получили Киреевский и Трубецкой. Через три месяца, 18 июля 1789 г., в сражении у острова Эланд Муловский погиб. Его смерть и начавшаяся французская революция резко изменили ситуацию. О возобновлении кругосветного плавания было забыто на целое десятилетие.
Первое русское кругосветное плавание под командованием Ивана Федоровича (Адама-Иоганна-Фридриха) Крузенштерна (1803–1806 гг.)
Организация первого, наконец состоявшегося, русского кругосветного плавания связана с именем Ивана Федоровича (Адама-Иоганна-Фридриха) Крузенштерна. В 1788 г., когда «по недостатку в офицерах» решено было досрочно выпустить гардемаринов Морского корпуса, которые хотя бы раз выходили в море, Крузенштерн и его друг Юрий Лисянский попали служить на Балтику. Воспользовавшись тем, что Крузенштерн служил на фрегате «Мстислав» под командой Г. И. Муловского, они обратились к нему с просьбой разрешить им после окончания войны принять участие в кругосветном плавании и получили согласие. После гибели Муловского о плавании стали забывать, но Крузенштерн и Лисянский продолжали мечтать об этом. В составе группы русских морских офицеров они были командированы в Англию в 1793 г. для ознакомления с опытом иностранных флотов и получения практических навыков плавания по просторам океана. Около года Крузеншерн провел в Индии, плавал в Кантон, полгода прожил в Макао, где ознакомился с состоянием торговли в бассейне Тихого океана. Он обратил внимание на то, что иностранцы привозили меха в Кантон морем, а российские меха доставлялись сухим путем.
Во время отсутствия Крузенштерна и Лисянского в России в 1797 г. возникла Американская Соединенная компания, в 1799 г. переименованная в Российско-Американскую компанию (РАК). Пайщиком РАК была и императорская семья. Поэтому компания получила монопольное право эксплуатировать богатства русских владений на побережье Тихого океана, торговать с соседними странами, возводить укрепления, содержать военные силы, строить флот. Правительство возложило на нее задачу дальнейшего расширения и укрепления русских владений на Тихом океане. Но главной проблемой РАК были трудности с доставкой грузов и товаров на Камчатку и в Русскую Америку. Сухопутный путь через Сибирь занимал до двух лет и был сопряжен с большими затратами. Грузы прибывали часто подпорченными, продукты были баснословно дорогими, а снаряжение для судов (канаты, якоря и пр.), приходилось разделять на части, а на месте их сращивать и соединять. Ценные меха, добываемые на Алеутских островах, часто попадали в Петербург подпорченными и продавались с убытком. Торговля же с Китаем, где имелся большой спрос на меха, шла через Кяхту, куда пушнина попадала из Русской Америки через Петропавловск, Охотск, Якутск. По своему качеству меха, привозимые на азиатские рынки таким путем, уступали мехам, доставляемым в Кантон и Макао американскими и английскими кораблями в неизмеримо меньшие сроки.
По возвращении в Россию Крузенштерн подал Павлу I две докладные записки с обоснованием необходимости организации кругосветных плаваний. Крузенштерн также предлагал новый порядок подготовки морских кадров для торговых судов. К шестистам кадетам Морского корпуса он предлагал добавить еще сто человек из других сословий, в основном из корабельных юнг, которые учились бы вместе с кадетами-дворянами, но назначались бы служить на коммерческие суда. Проект принят не был.
С приходом в 1801 г. к власти Александра I сменилось руководство Коммерц-коллегии и Морского министерства (бывшей Адмиралтейств-коллегии). 1 января 1802 г. Крузенштерн направляет письмо вице-президенту еще Адмиралтейств-коллегии Н. С. Мордвинову. В нем он предложил свой план кругосветного плавания. Крузенштерн показал меры по налаживанию положения русской торговли на международном рынке, охране русских владений в Северной Америке, обеспечению их и русского Дальнего Востока всем необходимым. Много внимания в этом письме уделяется необходимости улучшения положения жителей Камчатки. Письмо Крузенштерна было направлено также министру коммерции и директору водяных коммуникаций и комиссии об устроении дорог в России графу Николаю Петровичу Румянцеву. Проектом заинтересовался и глава РАК Николай Петрович Резанов. Ходатайство Резанова поддержали Мордвинов и Румянцев.
В июле 1802 г. было принято решение направить в кругосветное плавание два корабля. Официальной целью экспедиции являлась доставка в Японию русского посольства во главе с Н. П. Резановым. Расходы по организации этого плавания покрывали совместно РАК и правительство. Начальником экспедиции 7 августа 1802 г. был назначен И. Ф. Крузенштерн. Основными ее задачами были определены: доставка в Японию первого русского посольства; завоз провианта и снаряжения в Петропавловск и Ново-Архангельск; географические изыскания по пути следования; опись Сахалина, лимана и устья Амура.