Вместе с тем имелись и принципиальные противники строительства железной дороги в Сибири. Они пугали гнилыми болотами и дремучей тайгой, страшными холодами и невозможностью развивать сельское хозяйство. Они даже настоятельно требовали срочно провести медицинскую экспертизу для определения умственных способностей защитников идеи строительства железных дорог в Сибири. Исполняющий должность Тобольского губepнатора А. Сологуб на запрос правительства о возможности и необходимости строительства магистрали в Сибири ответил, что в губернии с железными дорогами придут разного рода аферисты, скупщики и тому подобные, что между иностранцами в русскими купцами возгорится борьба, что народ будет разорен, а все выгоды достанутся иностранцам и проходимцам. И самое существенное: "Наблюдение за сохранением порядков в крае сделается невозможным, и, в заключение, затруднится надзор за политическими ссыльными вследствие облегчения побегов".
Тем не менее идея строительства железных дорог в Сибири находила все новых сторонников. В январе 1870 г. Общество для содействия русской промышленности и торговле провело в большом зале Петербургской городской думы публичные выступления. Это привело к новым спорам в правительстве и в обществе по вопросу железных дорог на Урале и в Сибири.
Летом 1880 г. Е. Богданович (уже генерал-майор) совершил новую поездку но районам будущего строительства. В пользу сооружения дороги свидетельствовало и англо-русское противостояние в Средней Азии, продвижение русских войск в Туркмении и Казахстане, колонизация огромных пространств и связанное с этим массовое переселение русских крестьян в эти районы. Естественно, с новой силой встал вопрос о возможности переброски войск и техники на случай осложнения обстановки. Богдановичу в Тюмени представители пароходных фирм показали расчеты, но которым доставленная Тоболу по железной дороге стотысячная армия могла бы быть перевезена в верховья Иртыша в двухмесячный срок. В пользу сооружения дороги говорила необходимость удешевить перевозку ежегодно в Сибирь 18 000 арестантов и в обратном направлении 4000 новобранцев для русской армии.
Все эти проекты, письма Богдановича, новые ходатайства городов и земств, торговли и промышленности, а также улучшение финансового положения страны вынудили министра путей сообщения К. Посьета обратиться 17 декабря 1881 г. к императору Александру III с просьбой вновь рассмотреть вопрос о строительстве Сибирской железной дороги.
В апреле и мае 1882 г. Комитет министров на трех заседаниях рассмотрел новое представление Посьета. Министр считал наиболее оптимальной постройку дороги по территории Сибири в полосе от 51° до 56° северной широты, которая по климатическим, почвенным и иным условиям представляет наибольшие возможности для промышленного развития. Крайним восточным пунктом мог бы явиться Омск, расположенный в центре Западной Сибири на соединении двух торговых путей - из Ялуторовска и Кургана и на пути переселенцев из Европейской России на Алтай. Западным же пунктом этого пути и местом его соединения с европейской сетью железных дорог империи должен стать город Самара, как важнейшая пристань на Волге, к тому же расположенная около только что сооруженного железнодорожного моста через Волгу. За это направление говорил и тот факт, как прохождение дороги по наиболее заселенным местностям Западной Сибири, Зауралья и Заволжья, что одновременно решало в какой-то мере проблему строителей.
Доводы министра не встретили в Комитете министров каких-либо серьезных возражений, но рекомендовали провести изыскания по новой трассе. 22 мая 1882 г. Александр III написал на журнале Комитета министров резолюцию: "Изыскания произвести безотлагательно и рассмотреть в Комитете министров для обсуждения направления Сибирской магистральной линии".
Заволновалась общественность тех городов, особенно Нижнего Новгорода и Казани, которых новый проект оставлял в стороне от магистрали. В Петербург вновь хлынул поток ходатайств об учете их интересов. Во время обсуждения наивыгоднейшего направления Сибирской магистрали в стране было завершено (в 1877 г.) строительство железной дороги от Оренбурга, а в 1880 г. окончено сооружение грандиозного моста через Волгу у Сызрани.
Е. Богданович опубликовал в газете "Новое время" 17 декабря, накануне первого обсуждения представления Посьета в Комитете министров, обширную статью со своими аргументами. Всегда, отмечал он, наиболее полезным признавался кратчайший, прямой путь из Москвы на Урал, который лежит через Нижний Новгород и Казань. Он отрицал, что в России за прошедшие с 1875 г. так изменились условия экономической жизни, что уже можно не обращать внимания на Нижегородскую ярмарку, на промышленность Казани или ворота в Сибирь, которыми был всегда Екатеринбург. Не видел он и особых преимуществ в проекте Посьета. Короче путь? Это еще как сказать. Ведь от Челябинска до Омска - 770 верст, а от Тюмени до Омска – 560. Эти 210 верст разницы почти уравняют оба направления. Не надо строить мосты через крупные реки, но ведь их все равно придется строить, да и само по себе сооружение мостов через Волгу и Каму "представляется капитальным обогащением страны". Да и наведение ежегодно временного моста в Нижнем Новгороде в интересах ярмарки обходится в 50000 руб. в год. На случай войны с Китаем удобнее послать войска из Казани, центра военного округа, средоточия войск и военных складов, а не из Уфы и Челябинска. Поставил Богданович под сомнение и общее направление дороги на Омск, ибо в той мест поста никто подробных изысканий не проводил.
Комитет министров рассмотрел 18 декабря 1884 г. и 2 января 1885 г. представление Министерства путей сообщения. Как и прежде голоса разделились. Поэтому Комитет министров пришел к выводу, что указание конкретного направления дороги в пределах Сибири из-за недостатка сведений об экономике многих районов Западной Сибири, особенно движения по ним грузов, преждевременно. Вместе с тем он признал возможным разрешить, не приступая к постройке дороги от Нижнего Новгорода на Казань, строительство дороги от Самары на Уфу. На такое решение оказало влияние заявление председателя Государственного совета великого князя Михаила Николаевича о значении для страны казенных артиллерийских заводов Златоустовского округа. Решение Комитета министров было утверждено императором 6 января, а 25 января он же разрешил начать строительство дороги за счет казны.
Строительные работы были начаты весной 1886 г., а в сентябре 1886 г. путь на Уфу был открыт. Руководил работами известный инженер К. Михайловский. В том же году под его же руководством началось строительство дороги на Златоуст. Строительные работы пришлось вести в горной местности. Было возведено много искусственных сооружений. В августе 1890 г. поезда пошли по всей Самаро-Златоустовской дороге.
В 1886 г. активным поборником строительства железных дорог и Сибири стал исполняющий должность иркутского генерал-губернатора командующий войсками Восточно-Сибирского военного округа, генерал-лейтенант А. Игнатьев. Во всеподданнейшем докладе за 1885 - 1886 он доказывал необходимость сооружения дорог главным образом по стратегическим и политическим соображениям. Он указал, к частности, па модернизацию армии в Китае и необходимость переброски в ближайшие годы значительного количества войск в Забайкалье для обороны края. Александр III написал на докладе "Уже сколько отчетов генерал-губернаторов Сибири я читал и должен с грустью и стыдом сознаться, что правительство до сих пор почти ничего не сделало для удовлетворения потребностей этого богатого, но запущенного края. А пора, давно пора".
В мае 1887 г. Александр III образовал для рассмотрения указанных выше проектов особое совещание под председательством председателя департамента государственной экономии Государственного совета А. Абазы. В том же году под руководством Н. Меженинова, О. Вяземского и А. Урсати были образованы три экспедиции для изыскания трассы Средне-Сибирской, Забайкальской и Южно-Уссурийской железных дорог. О встретившихся трудностях свидетельствует хотя бы тот факт, что для пересечения Яблонового хребта было обследовано 14 самостоятельных направлений на 100 верстах. Меженинов прокладывал линию вдоль Московского тракта от Томска до Иркутска. Он использовал труды многих поколений ямщиков, отыскивавших для своих лошадей кратчайший путь между населенными пунктами. Члены экспедиции проверили вариант строительства магистрали в направлении Красноярск - Нижнеангарск, затем через р. Верхнюю Ангару и бассейн р. Витима на Хабаровск с ветками на Читу и Благовещенск.
Северо-Байкальский вариант позволял резко сократить длину дороги, соединить с Южной Сибирью Ленский золотопромышленный район и земледельческие районы - Енисейский, Ленский и Забайкало-Амурский. Группа изыскателей под руководством Н. Волошина, прошедшая в 1899 г. этой трассой, пришла к выводу сооружение и эксплуатация Северобайкальской магистрали будут настолько трудны, что правительство не решится на прокладку в ближайшие годы этого пути. В своем отчете изыскатели ссылались на суровый климат, на наличие болот, сменяющихся каменными завалами, огромные нагромождения валунов и островерхие скалы, полное бездорожье, необходимость возведения огромного количества мостов и сооружения в скалах тоннелей огромной стоимости.
4 ноября 1887 г. Посьет передал в Комитет министров новое представление о начале строительства в будущем году всех трех линий - Средне-Сибирской, Забайкальской и Уссурийской. Предполагалось приступить к заготовке всех необходимых лесных и каменных материалов, рельсов, скреплений и подвижного состава, т.е. не дожидаясь окончания изысканий, министр путей сообщения просил выделить 4 млн. руб. для подготовительных работ. Управляющий Министерством финансов Вышнеградский отказался удовлетворить требуемую сумму.