В той час, коли стара провідна верства українського суспільства, магнати й шляхта, помалу сходить зі сцени через масову дезерцію своїх членів до польсько-латинського табору, а у міщанства вже не вистачало сил самим виносити тягар боротьби за церкву й народність, виступає нова суспільна сила, нова верства, що вийшла з лону українського народу, – козаччина – і переймає на себе завдання бути головною опорою православної церкви і української народності.
Сагайдачний робить козацьку справу не становою, а загальнонародною: з часу його гетьманування козаки виступають захисниками усіє української землі і водночас беруть під свою оборону православну віру, яку католицтво та унія силкувалися стерти з лиця землі. Сагайдачний добився того, що в Україні 1619 року з¢явився власний митрополит та 6 єпископів.
Слід відмітити, що саме в той час Сагайдачний не був гетьманом: він не мав широкої популярності в масі козацтва. Особливо ж були настроєні проти нього так звані випищики, яких він на основі угоди з правительством викреслив з реєстру. Використавши момент, коли Сагайдачний пішов з частиною війська в похід під Перекоп (1620) козаки скинули його з гетьманства й вибрали на його місце Якова Бородавку. Одначе Сагайдачний залишився полковником і, як особа впливова й авторитетна, за порозумінням з київським Богоявленським братством, допоміг перевести відновлення ієрархії.
У червні 1619 року повертався з Москви Єрусалимський Патриарх Феофан, який 23 числа висвятив там Филарета Микитовича в Патриархи Всеросійські. З Москви Феофан тримав шлях у міста України. Коли він з Путивля доїхав до Густинського монастиря, поблизу м. Прилук, то там його зустрів гетьман Сагайдачний і супроводив до Києва
Для зустрічі високого гостя до Києва з’їхалося багато люду й духовенства. Здавалося, сама Руська земля співчувала такій події своїм землетрусом, що саме тоді стався на Україні.
Як тільки патріарх приїхав до Києва, відбулася нарада представників з усіх частин України й Білорусії. Тут було намічено кандидатів на митрополичу й на єпископські кафедри. Сагайдачний брав участь в цій нараді, яка мала характер свого роду національного конгресу.
Сагайдачний звернувся до патріарха Феофана з проханням висвятити митрополита для міста Києва.
Проте патріарх Феофан, остерігаючись польського короля та єзуїтів, а також не маючи на те дозволу Константинопольського патріарха, котрому здавна була підпорядкована Київська митрополія, довго вагався.
Одначе тодішні події в Польщі допомогли Сагайдачному схилити на свій бік патріарха і здійснити свої наміри.
Для гетьмана Сагайдачного це був надзвичайно сприятливий момент, і він їм повністю скористався. 6 жовтня патріарх Феофан зі своїми супровідниками Митрополитом Неофітом і стагангським Єпископом Авраамієм висвятив ігумена Михайлівського монастиря Іова Борецького Київським Митрополитом, ігумена Межигірського монастиря Ісайю Копинського – єпископом перемишльським, грека Авраамія – єпископом туровським і пінським, архімандрита Трахтемирівського монастиря Ієзекіїля Курцевича – єпископом Володимирським, архімандрита братського Свято-Духовського Віленського монастиря Лилетія Смотрицького – архієпископом полоцьким, ігумена чернецького Ісакія Борисковича – єпископом Луцьким і Острозьким.
При висвяченні митрополита та єпископів їм було повернено багато православних церков, монастирів та земель, одібраних раніше у православних уніатами і католиками.
У той час, коли на Україні сталася така важлива, видатна й надзвичайна за своїми наслідками подія, турки, розгромивши поляків під Цецорою, на цьому не зупинилися: вони зібрали нові, ще грізніші сили, щоб удруге рушити на Польщу. У свою чергу, і польський уряд вирішив підготуватися до відсічі, для чого зібрав раду у Варшаві, куди було запрошено також «великого і доброго справою Сагайдачного», як називає його польський літописець Йоахим Єрлич.
Але Сагайдачний не одразу погодився їхати до Варшави. Він побачив усю вигоду свого становища і спершу ухилився від будь-якої допомоги полякам. Тоді вони почали діяти на нього через патріарха Феофана, котрий ще й досі перебував в Києві. Патріарх Феофан «широкими словами» мовив і переконував Сагайдачного, аби він з усіх своїх сил «чинив кривавий наступ на ворога Божого і християнського». Тільки після цього Сагайдачний зголосився допомогти полякам, та й то за умови, якщо патріарх Феофан і королівський посол Бартоломей Обілковський гарантуватимуть, що король підтримуватиме нововисвячених православних митрополита і єпископів. І тільки коли король погодився задовольнити вимогу Сагайдачного, тоді й він із свого боку погодився їхати до Варшави. Це свідчить про мудрість і далекоглядність гетьмана Сагайдачного і як політика, і як «хранителя православія» в Україні.
У Варшаві Сагайдачному виявили велику шану і прислухалися до великих порад. Сам король звернувся до гетьмана зі словами: «Я посилаю сина до Хотин і доручаю його тобі».
Проте Сагайдачний не задовольнявся лише одним люб’язним прийомом короля і висунув перед поляками умови, які просив розглянути тут же у столиці, в його присутності. Ці умови були такі:
1) скасування посади козацького старшого, призначуваного козаками польським урядом;
2) офіційне визнання влади українського гетьмана над Україною;
3) скасування обтяжливих розпоряджень щодо козацтва;
4) надання населенню України свободи віросповідання.
Ось і видолана можливість для Сагайдачного нарешті здійснити свої давні мрії про долю України та її народу.
Коли всі ці умови були прийняті й затверджені, лише тоді Сагайдачний поспішив до Києва і відпустив звідти в Єрусалим патріарха Феофана.
Урочистим було прощання народу з патріархом, з великим смутком і плачем проводжало його населення Києва. Після проводів у Києві остаточне прощання з патріархом відбулося на кордоні руської землі, в Буші.
Відомий український вчений XIX ст. М.М. Максимович зазначав, що якби Сагайдачний здійснив лише дві справи – підтримав Київську школу й відновив православну митрополію, – то й цього було б досить, аби обезсмертити своє ім’я. Звісно, це була найважливіша справа в житті великого гетьмана, та не остання.
Навіть дуже хворий, гетьман Сагайдачний, як людина високих моральних якостей, не міг не піклуватися про подальшу долю рідного краю та рідного народу. Останні 5 місяців життя він присвятив внутрішнім справам України.
З усім козацьким військом Сагайдачний вступив у Київське богоявленське братство, взявши його таким чином під свою опіку. У своєму заповіті він виділив на нього кілька тисяч злотих, а також кілька тисяч на оновлення Богоявленського монастиря та утримання його школи.
У той же час гетьман оновив ще деякі церкви, спорудив нову в Києві при Фролівському монастиреві, послав 15 000 золотих червонців братській школі у Львові, залишив грошові вклади іншим монастирям, церквам, школам на Україні. Традицію, закладену Петром Сагайдачним, – дбати при Київську братську школу, продовжували й інші гетьмани Війська Запорозького та України.
Після цих благодійних справ Сагайдачний уладив особисті справи і призначив опікунами свого майна та «душе-прикажчиками» митрополита Іова і наступника в гетьманстві Оліфера Остаповича Голуба.
Про час кончини Сагайдачного є різні свідчення. Наприклад, Червоноруський літопис повідомляв, що гетьмана застрілили турки у 1620 році під Хотином, а тіло його поховали в Києві. А Митрополит Євгеній у своєму творі «Короткі відомості про початок Київської духовної академії» подає свідоцтва, ніби Сагайдачний помер у 1629 р.
Але насправді це сталося 10–20 квітня 1622 р. від ран, отриманих у Хотинській битві 1621 р. На провідному тижні 1622 року цілий Київ з великою урочистістю ховав козацького героя в братській церкві на Подолі. Над його могилою студенти Богоявленської братської школи промовляли жалібні вірші, складені ректором Касіяном Саковичем, в яких прославляли заслуги покійного перед рідним краєм і перед православною. Похований гетьман в Києво-Братському монастирі.
Життя людини, а тим більш такої, що залишила після себе помітний і дуже вагомий слід в історії, є, безперечно, цікавим і повним ще нерозкритих таємниць як для сучасників її, так і для нащадків.
Час, коли Сагайдачний виступив на політичну арену, був дуже складним для України: то був час важких випробувань і боротьби українського народу за визволення з-під гніту Речі Посполитої і утворення власної держави. То був час загострення класової боротьби в Україні у зв’язку з посиленням польського кріпосницького, національного і релігійного гніту; то був час чисельних козацько-селянських повстань, як наслідок протиставлення польської влади і українців. То був час, коли один одного безперестанно змінювали козацькі ватажки, не залишаючись довго на цій посаді. Тому, коли Сагайдачний посів високу посаду гетьмана, перед ним став цілий ряд дуже відповідальних завдань: він узяв в свої руки не лише гетьманську булаву – від нього залежала у той час доля усієї України.