Розквіт Колегії-Академії в Києві збігся в часі з козацькою епохою, періодом, за якого Україна мала певну автономію, насамперед культурну. Згодом, починаючи від 1648 р., існувала козацька держава, але від 1667 р. Москва все більше втручається в Українські справи.
Коли Петра Могилу було обрано 9 вересня 1627 р. архімандритом Києво-Печерської Лаври - бастіону православ'я й культурного життя Києва, від одразу спрямував свої зусилля на виправлення слабкої ланки православної Церкви - браку ефективних шкіл і освічених людей, щоб протистояти прозелітизмові інших конфесій, які притягали до своїх шкіл молодь, що прагнула освіти і була втрачена для справи православ'я і українського народу. Від самого початку своєї релігійної діяльності Петро Могила твердо вирішив організувати школи, які б дорівнювали польським та західноєвропейським, щоб їхні учні не відчували себе нижчими від вихованців закордонних шкіл. Бажаючи піднести рівень викладання, від дбав також про користь освіти для щоденного життя. Навчання мало піднести рівень життя православних, допомогти їм виконувати різноманітні функції у громадському житті. Отже, освіта мала б бути не лише релігійна, а також світська. Оскільки латина практично була другою мовою у Польщі, Могила та його співробітники не завагалися піти проти майже загальної думки й запровадили латину як мову викладання. Щоб здійснити свій план, митрополит Могила просив дозволу в Константинопільського патріарха організувати викладання латинською мовою. Перед тим він відібрав здібних кандидатів і вислав їх на навчання до Центральної Європи для встановлення контактів із зовнішнім світом та одержання відомостей про освіту за кордоном.
Після річного функціонування у монастирі Печерської Лаври Колегія злилася в 1632 р. з Братською школою. Це сталося на вимогу Братства, яке об'єднувало міщан і шляхтичів, духовенство різних рівнів і козаків. У новому закладі тривала реформа освіти, із запевненням гармонії національних інтересів. Це була велика перемога Петра Могили і справи освіти в Україні.
За п'ятнадцять років, від 1632 до 1647, Могилі вдалося надати Колегії тієї форми, яку він задумав на початку своєї священицької діяльності Колегія, що пізніше дістала його ім'я, була плодом застосування його шкільної реформи. Чітко визначивши систему та методи навчання, здійснивши організацію Колегії, діставши від держави її офіційне визнання, забезпечивши її існування з погляду матеріального, а до того ж утворивши групу співробітників, здатних керувати цим першим закладом вищої освіти у Східній Європі, Петро Могила зробив істотний внесок у розвиток української
культури. Найважливішими його працями вважаються "Православне сповідання віри" (Катехизіс, 1629, 1639), а також "Требник" ("Евхологіон албо Молитвослов", 1646), які принесли Могилі, а також його співавторам, зокрема Ісайї Трофимовичу-Козловському, Ігнатію Оксеновичу-Старушичу та Йосифу Кононовичу-Горбацькому світове визнання богословів Православної церкви й докторські мантії. "Православне сповідання віри" було схвалене на Київському (1640) й міжнародному Помісному православному соборі в Яссах (1642). Цей твір, затверджений 1643 р. вселенськими патріархами Партенієм Константинопольським, Йоаникієм Александрійським, Макарієм Антиохійським, Паїсієм Єрусалимським, став основою віровчення для всього православного світу. "Требник" або "Великий требник" Петра Могили, що має 1760 сторінок і прикрашений ілюстраціями знаменитого київського гравера Іллі, став своєрідною церковною енциклопедією. У ньому викладені молитви й обряди, даються літургійні й канонічні пояснення. Обидві праці поширювалися у всіх християнських країнах: твір "Православне сповідання віри" було видано і перевидано протягом XVII-XVIII ст. церковнослов'янською, польською, грецькою, румунською, латинською мовами у Києві, Москві, Голландії, Польщі, Румунії та інших країнах 25 разів. Це було світове визнання української богословської школи
За вісім днів до кончини преосвященний Петро Могила склав заповіт "Оскільки нічого певнішого над смерть людині немає, а година в Божих таємницях самого Бога перебуває... учиняю короткий волі моєї... останній заповіт". Митрополит підсумував справи свого земного життя й дав настанови на майбутні часи. Не обійшов увагою церкви й монастирі - Печерський, Софійський, Богоявленський, Видубицький, Феодосіївський, а також Мгарський, Крехівський. Але найбільшу увагу й любов виявив до свого Колегіуму, якому заповів більшу частину свого рухомого й нерухомого майна: села Вишеньки, Гнідин, Проців, Ревне, хутори Непилоги й Позняківщину з інвентарем, худобою; маєтності Мухоїди й Спачинці. Окрім того, у спадок Колегіуму переходили деякі його будинки й дворові місця, 65 тис злотих готівкою й під закладом; а ще - четверта частина родинного срібного посуду, митрополичий одяг й митра, прикрашена перлами й коштовним камінням, отриманим у спадок від батьків, срібний і позолочений хрести із Животворящого дерева, навіть шпалери з адамашки й камки на одяг студентам і найбільша його цінність - бібліотека (2131 книга). Митрополит "слізно благав" берегти Колегіум як "єдине надбання (jacj unicum pisgnus meum) життя свого дляхвали Божої і виховання дітей православних".
У ніч з 31.12.1646 на 1.01.1647 р. (11.01.1647 за н. ст.) Петро Могила полишив земне життя.
Академія, успадкувавши ім'я Петра Могили, свого засновника, благодійника й покровителя, освітнього й духовного провідника, увійшла в історію під назвою Києво-Могилянської. Хто й коли присвоїв Академії це ім'я - невідомо. Так розпорядився час, історія, нащадки: зберегти пам'ять про людину, яка зробила все можливе і, здавалося, неможливе, щоб виплекати вітчизняну вищу освіту в інтересах народу в надзвичайно складних історичних обставинах. Академія гідно несла це ім'я, зберігаючи звання вищого навчального закладу й духовного центру України і всього православного світу. її високоосвічена, конфесійно толерантна молодь захищала інтереси власної Вітчизни й Церкви - і на рівні міждержавних угод, і в ідеологічних змаганнях, і зі зброєю в руках. Закономірно, що були в історії Києво-Могилянської академії і яскраві сторінки, і спади, викликані воєнними лихоліттями, різними політичними обставинами. Але духовна енергія Києво-Могилянської академії не згасала Києво-Могилянська академія, як зазначав М С Грушевський, а за нею все громадянство, в ній виховане, жило спадщиною Могили, його духом. Звідси величезне його значення в історії України і незвичайний пієтизм його пам'яті й імені
Скарбниця мудрості і знань Петра Могили залишається невичерпною. До неї звертаються ті, хто прагне пізнати добу високого національного злету українців, їх пориву до незалежності, хто турбується про сьогодення й майбутнє України. Щорічно 31 грудня, у день смерті Могили, в Богоявленській церкві Братського монастиря відбувалася літургія й панахида. Збиралися професори й студенти Академії, все духівництво Києва й кияни, вірні пам'яті людини, ім'ям якої було названо цілу добу - добу визначних досягнень української духовності в галузі освіти, науки, культури, релігійного життя.
Минуло вже понад 400 років, як не стало Петра Могили. А нащадки зберігають пам'ять про великого митрополита, віддають йому шану. Ця традиція продовжується й сьогодні.12 грудня 1996 р. Українською православною церквою Київського патріархату Петро Могила прилучений до лику святих, його ім'я включено до диптихів усіх 15 автокефальних Православних церков для вшанування.
У XVII ст. Києво-Могилянська академія існувала за рахунок прибутків під маєтків Київського Братського Богоявленського монастиря. Маєтності надавалися гетьманськими універсалами, дарувалися козацькою старшиною, православною шляхтою, церковнослужителями, міщанами, козаками й іншими благодійниками. Усі даровані маєтності записувалися на Братський монастир, який утримував Академію, а грошова підтримка, здебільшого ціленаправлено, - на бурсу, бібліотеку, будівництво, тощо
Значну матеріальну підтримку надали Братській школі при її заснуванні Галшка Гулевичівна, гетьман Війська Запорозького Петро Конашевич-Сагайдачний. Фактично утримував на свій кошт Колегіум його протектор митрополит Петро Могила, На прохання Петра Могили король Владислав IV надав два привілеї в травні 1638 р. і в червні 1640 р., за якими до Братського Богояченського монастиря приєднувалися дві київські церкви, відібрані свого часу уніатами - Воздвиженська (Андріївська) й Трьохсвятительська з усіма маєтностями, островом Влуків й сіножатями біля Вишгорода. Дбав про освітній і духовний потенціал київського Колегіуму гетьман України Богдан Хмельницький.1651 р. його універсалом володіння ліквідованого в Київ: домініканського монастиря були передані Києво-Братському училищному монастирю "... на поправи і виживлення... особливо - село Мостища над річкою Ірпінем й над річкою Котором зі всіма приналежними ґрунтами, полями, сіножатями, борами, лісами і всіма млинами... в спокойноє управленіє".1654 р. Богдан Хмельницький звернувся до царя Олексія Михайловича з проханням підтримати Братський монастир, "де нині училище... з якого багато вийшло чесних, розумних і тобі, великому государеві нашому, твоїй царській величності, на службі придатних".
1656 р. Богдан Хмельницький надає універсал Братському монастиреві на села, що належали раніше єзуїтам: Ксавери, Мухоїди, Плесецьке, Чорногородка, Сарновичі, Обиходи і Базар. Крім того, неодноразово дозволяв ситити і продавати на свята мед (що було відчутною статтею прибутків Братського монастиря) на користь Академії.
Підтримували Академію матеріально також гетьмани України: Юрій Хмельницький, Іван Виговський, Іван Самойлович, Іван Мазепа, Іван Скоропадський, Данило Апостол.
Серед гетьманів найбільшим благодійником Києво-Могилянської академії був Іван Мазепа (20.03.1639-22.09.1709).