Эта инициатива излагалась в письме Председателя Совета Министров РСФСР М. Родионова от 27 сентября 1947 года, адресованному Сталину. Учреждение такого специального органа мотивировалось необходимостью предварительного рассмотрения вопросов Российской Федерации, вносимых в союзные инстанции, привлечением большего внимания к использованию местных возможностей для выполнения пятилетнего плана, а также решения различных вопросов хозяйственного и культурного строительства. Не составляет труда понять насколько удачно этот эпизод развивал тему противопоставления Ленинграда центру. В конечном счете, данный мотив, активно разыгрываемый противниками ленинградской группы, стал не последним аргументом, приведшим ее к поражению.
Усилия союза Берии-Маленкова по дискредитации ленинградской группы получили серьезную отдачу летом 1948 года, когда удалось эффективно использовать конфликт между главным "агрономом" страны ТЛысенко и сыном Жданова - Юрием Ждановым, возглавлявшим с декабря 1947 г. отдел науки Управления пропаганды и агитации ЦК. Молодой и энергичный руководитель отдела атаковал "научное творчество" Лысенко на семинаре лекторов обкомов партии 10 апреля 1948 года, где выступил с докладом "Спорные вопросы современного дарвинизма". Вот некоторые выдержки из выступления Ю. Жданова: "Т.Д. Лысенко напрасно берет на себя роль монополиста мичуринского учения, единственного продолжателя дела Мичурина", "Лысенко - представитель лишь одной ветви в биологической науке, лишь одного направления в школе великого Мичурина. Попытка подавить другие направления, опорочить ученых, работающих другими методами, ничего общего с новаторством не имеет", "Мы скажем нашим биологам, которые воюют сейчас с Трофимом Денисовичем - смелее в практику, смелее в жизнь"*. Прямой вызов сталинскому фавориту в науке не мог остаться без внимания такого опытного аппаратчика, каковым являлся Маленков. Он начал проработку этого перспективного для него вопроса: доклад Ю. Жданова, полученный им, был изучен самым внимательным образом, о чем свидетельствуют многочисленные пометки, сделанные рукой Маленкова. В мае 1948 года уже сам Лысенко передал Маленкову собственные замечания по докладу начальника отдела науки аппарата ЦК, которые представляли собой 24 выписки с комментариями и разъяснениями.
Подготовленность Маленкова, сумевшего в своих интересах представить этот конфликт, как известно, оказала влияние на Сталина, и стало той критической точкой, за которой последовало охлаждение его отношений со Ждановым-старшим. Подробности данного эпизода, в конечном счете, приведшие к смерти А. Жданова, сегодня подробно описаны в литературе. Больше всего удивляет стремительность разрешения конфликта Жданова-Маленкова, стремительность, проявленная Сталиным в удалении первого и возвышении второго, 1 июля 1948 г, Маленков опросом членов ЦК ВКП (б) вновь избирается секретарем ЦК и возвращается в секретариат (вместе с Пономаренко), а 6 июля политбюро принимает решение об отпуске Жданова на два месяца. В журнале приема Сталиным фамилия Жданова значится 12 июля, причем она обведена рамкой красным карандашом, потому что упомянута последний раз. Как известно, А. Жданов не вышел из этого вынужденного отпуска, скончавшись на Валдае 30 августа 1948 года. Его смерть оставила немало неясностей, породила много слухов и догадок.
Вернув позиции, утраченные двумя годами ранее, взяв в руки рычаги управления Центральным Комитетом ВКП (б), Маленков сразу же приступил к реорганизации аппарата. Через десять дней после его утверждения в должности секретаря ЦК, на политбюро уже был вынесен вопрос о реорганизации. Ее суть состояла в упразднении громоздких Управлений ЦК и замене их отделами, основанными на отраслевом принципе. Были образованы:
1) отдел пропаганды и агитации (300 штатных единиц),
2)отдел партийных, профсоюзных и комсомольских органов (300 щт. ед),
3) отдел внешних сношений (150 шт ед),
4) отдел тяжелой промышленности (80 шт. ед),
5) отдел легкой промышленности (60 шт. ед),
6) отдел машиностроения (17 шт. ед,),
7) отдел транспорта (50 шт. ед,),
8) отдел сельского хозяйства (80 шт. ед),
9) планово-финансовый отдел (43 шт. ед),
10) отдел административных органов. Основной задачей отделов определялся подбор кадров по соответствующим отраслям и проверка исполнения решений ЦК и Правительства Управление кадров ЦК, которое планировалось укреплять при Жданове, расформировывалось. Этим же решением политбюро утверждалось и новое распределение обязанностей между секретарями ЦК по руководству отделами: Жданов - отдел пропаганды и агитации, Маленков - отделы партийных, профсоюзных и комсомольских организаций и сельского хозяйства, Суслов - внешних сношений, Кузнецов - машиностроения и административных органов, Пономаренко - транспортный и планово-финансовый отделы.
Уточнялись функции оргбюро и секретариата Центрального Комитета ВКП (б). Главной задачей оргбюро, как директивного органа ЦК, определялась проверка работы партийных организаций, заслушивание отчетов обкомов, крайкомов, ЦК компартий союзных республик и принятие необходимых мер по улучшению деятельности местных парторганов. Оргбюро рассматривало и утверждало руководящие указания по вопросам организационной и воспитательной работы. Заседания оргбюро созывались не реже одного раза в неделю. Секретариат ЦК определялся в качестве постоянно действующего рабочего органа ЦК. Его основная функция - подготовка вопросов к рассмотрению на оргбюро и проверка исполнения решений.
Следует заметить, что значение оргбюро и секретариата ЦК в этот период было особенно важно, так как не собирались пленумы ЦК, практически не функционировало политбюро. В этих условиях реальная жизнь аппарата сосредотачивалась в этих структурах, а тот, кто занимал в них главенствующую позицию, по существу контролировал всю многоплановую деятельность Центрального Комитета.
Поэтому не случайно, что именно с реорганизации аппарата Маленков возобновил свою деятельность в качестве секретаря ЦК. Изменение структуры, перетасовка кадров, перераспределение полномочий - все это можно квалифицировать как подготовку к тотальному выдавливанию из руководства страной ленинградской группы, оставшейся без покровительства Жданова. Начало наступления можно отнести к заседанию оргбюро ЦК от 20 ноября 1948 года, где теперь председательствовал Маленков, На нем был обсужден вопрос "Об улучшении преподавания биологических наук в школах и педагогических учебных заведениях". Уничтожительной критике подвергалось Министерство просвещения РСФСР, которое возглавлял родной брат Н. Вознесенского - А. Вознесенский Министерство обвинили в неудовлетворительном преподавании биояогическихнаук, отрыву от передовой мичуринской материалистической биологии, в отсутствии учебных книг о Мичурине и Лысенко. А. Вознесенскому поручили устранить отмеченные недостатки, но возможности, а главное времени ему предоставлено на это не было.
Наступал 1949 год. С самого его начала стало ясно, что судьба ленинградской группы предрешена. Секретарь ЦК Кузнецов 24 января последний раз присутствовал на заседании оргбюро, а спустя четыре дня был лишен своего поста в связи с назначением руководителем Дальневосточного бюро ЦК ВКП (б), где пробыл непродолжительное до ареста время.7 марта Вознесенский был освобожден от обязанностей заместителя председателя Совета Министров и председателя Бюро СМ по металлургии и химии, выведен из состава политбюро и отправлен в отпуск для лечения. Находясь в отпуске, отстраненный от всех дел, он использовал последние месяцы своей жизни для подготовки капитального теоретического исследования "Политическая экономия коммунизма" объемом свыше 800 страниц, так и не вышедший в свет.
Претензии, адресованные Вознесенскому, касались пропажи документов в вверенном ему Госплане СССР. Как установила проверка, за 1944-1948 гг. исчезло более 200 секретных документов, в том числе 9 из личного секретариата председателя. В числе их: записка о мерах по развитию нефтяной и угольной промышленности в 1947 г., материалы о восстановлении черной металлургии Юга, записка об основных показателях плана производства цветных металлов в СССР, мероприятия об организации производства радиолокационных станций и т.д. Были и другие более серьезные обвинения. В решении политбюро ЦК говорилось, что Госплан допускал необъективный и нечестный подход к вопросам планирования и оценки выполнения планов, занимался подгонкой цифр с целью замазать действительное положение вещей, указывалось на смыкание Госплана с отдельными министерствами и ведомствами для занижения хозяйственных планов.