На цьому ж соборі було висунуто пропозицію відібрати в монастирів та церков земельні угіддя. Спочатку Олексій Михайлович не лише прийняв пропозицію, але й розпорядився підготувати усі необхідні документи. Але опір вищого духовенства був занадто великим, тому справа завершилась тим, що були підтверджені закони Івана Грозного, якими церкві заборонялось розширяти свої вотчинні землеволодіння.
Не останню роль в державних стравах при царю Олексію відігравав патріарх Никон. Його і обрав своїм наставником слабохарактерний цар. Никон заробив в народу беззаперечний авторитет. Коли в Новгороді та Пскові спалахнули повстання, Никон не злякався. Ледве почалась смута, він наклав анафему (церковне прокляття) на заколотників, назвавши поіменно головних бунтарів. В відповідь на це повстанці увірвалися в двір митрополита та почали лаяти його. Никон не злякався і продовжував повчати бунтівників. Така поведінка Никона закріпила довіру до нього Олексія.
Новий патріарх присвятив багато часу проведенню церковної реформи, але церковними справами він не обмежився. В 1654 р. Олексій відправився в військовий похід на Польщу, залишивши в Москві свого однорічного сина та «дядька» (вихователя) при ньому. Ним став князь Пронський, який в тому ж році і помер. Державні справи перейшли в руки «великого государя» Никона. Саме не нього Олексій поклав відповідальність за мобілізацію населення та утримання армії.
Загалом, опіка бояр добряче обридла Олексію Михайловичу. В листі до Никона він писав, що відправив у відставку старого палацового управителя і додавав: «… а слово мое тепер в Дворце добре страшно и делается все без замедления». Патріарх Никон в усьому допомагав монарху для того, щоб закріпити в країні сильну самодержавну владу. Отримавши титул «великого государя», Никон фактично почав виконувати функції правителя держави, що було неприпустимо для глави церкви. Але після повернення царя з походу його стосунки з Никоном зіпсувалися. Никон продовжував одноосібно розпоряджатися державними справами, незважаючи на присутність царя. Теократичні прагнення патріарха стали дратувати Олексія. Остаточний розрив між монархом та думою з одного боку та Никоном з іншого був викликаний не простим непорозумінням, а суперечкою про титул. Через бояр Олексій Михайлович а 1658 р. оголосив Никону, що забирає в нього титул «великого государя». В відповідь владика покинув патріарший двір в Кремлі та відправився в монастир. Будучи в монастирі, Никон виступив з обґрунтуванням ідеї переважання духовної влади над миром. Владу патріарха він порівнював з денним світилом – Сонцем, царську владу – з Місяцем, який світить уночі. «Не от царей начальство священства приемлется, но от священства на царство помазуются», - проголошував владика і закінчував свою думку словами, що «священство царства преболе (вище – авт.) есть». Таким чином, Никон рішуче порвав з візантійською ідеєю «премудрої двійці», яка означала фактично повне підпорядкування церкві імператорської влади. Також Никон багато читав, вивчав старі книги. Там він знайшов зміни та розбіжності з грецьким текстом та почав потистояти російським іконописцям, які відступали від грецького канону в написанні ікон. Він увів київський спів замість давнього московського, увів небувалий звичай говорити проповіді на службі «від себе». Коли Олексій Михайлович був з військом в поході, патріарх наказав провести в Москві обшук по хатах і забрати ікони нового зразка. В відібраних ікон випалювали очі і в такому вигляді носили їх по місту, проголошуючи указ, який загрожував важким покаранням тим, хто буде писати такі образи. Після цього невдовзі в Москві розпочалася морова виразка. Москвичі дуже захвилювалися. Потім сталось затемнення сонця. Після цього в народі почали казати: «Мор и затмение – кара Божия за нечестия Никона».Лише в 1666 р. царю вдалось скликати в Москві Вселенський собор. З обвинуваченням на адресу Никона виступив Олексій Романов. З Никона зняли зняли сан священника та відправили на Білоозеро.
«Тишайшаго» царя Олексія Михайловича сучасники вважали світлою особистістю.Він, за словами іноземця Лізека, «…покорилъ себе сердца своихъ подданыхъ, которые столько же любятъ его, сколько благовеютъ перед нимъ». Його правилом було «разсуждать людей в правду, всемъ равно» та «безпомощнымъ помогать». У своєму улюбленому селі Коломенському Олексій Михайлович усе життя будував розкішний палац, вів зразкове господарство, тішив себе соколиним полюванням, а вечорами розважався байками про минувшину та шахами. При Олексію Михайловичу Росія вступила в дипломатичні відносини з країнами Західної Європи: Англією, Голландією, Віднем, Венецією, Швецією та Данією. Коли померла перша жінка царя, Олексій Михайлович вступив в шлюб з Наталею Кирилівною Наришкіною. В 1672 р. 30 травня Наталя Кирилівна подарувала чоловікові сина Петра – майбутнього імператора Петра І.
Олексій Михайлович помер на 47 році життя. Після нього залишилось від Милославської 6 дочок та двоє синів – Федір та Іван, а від Наришкіної чотирирічний син Петро та 2 дочки.
Федір Олексійович
Федір Олексійович народився 30 травня 1661 р. Вихованець Симона Полоцького, царевич Федір складав вірші, був любителем наук, особливо математичних. В день нового 1675 р. Олексій Михайлович оголосив царевича Федора своїм наступником. Через рік після смерті Олексія Михайловича 18 червня Федір Олексійович вступив на царство.
Перша жінка царя Федора Агаф’я Семенівна, дочка дворянина Семена Федоровича Грушецького, через рік після взяття шлюбу, через три дні після народження сина віддала Богу душу. А через 10 днів, 21 червня, помер і новонароджений царевич Ілля.
15 лютого 1682 р. Федір Олексійович вдруге одружився з дочкою стольника Матвія Васильовича Апраксіна – Марфою Матвіївною. В царській сім’ї велась боротьба між царицею Наталією Кирилівною Наришкіною, мачухою Федора, та сестрами і тітками царя.
Бояри прийшли до висновку, що місництво лише загальмовує розвиток держави, тому вирішили подати царю «челобитье объ уничтожении местничества». 12 січня 1682 р. цар скликав святковий збір духовенства, думи і виборних придворних чинів для обговорення «челобития» і сам почав говорити про недоліки місництва. Усі присутні одноголосно оголосили: «…да погибнетъ въогне оное богоненавистное, враждотворное, братоненавистное и любовь отгоняющее местничество». Ті, хто були звинувачені в поновлені місництва, підлягали позбавлення чина та конфіскації майна.
Вперше в Московській державі була виражена думка про повне відокремлення громадянської влади від військової. Цей проект пропонував створення «вечныхъ наместничествъ съ великороднымъ бояриномъ во главе». Крім цього, цар Федір хотіл розмежувати в усій державі землі для припинення «тяжебъ и споровъ», але несподівана смерть завадила йому привести в виконання це важливе розпорядження.
Проти посилення розкоші Федір Олексійович встановив для кожного соціального прошарку не лише одяг, але й кількість коней для виїзду. Заборонено було носити дороге, особливо татарське вбрання; замість старовинних охабнем чоловіки повинні були носити каптани, а жінки – шуби, тілогрійки та триухи, але не шапки. Боярам та думним людям надавалось право їздити літом в каретах, а взимку – саньми, які запрягалися парою коней. В святкові дні бояри могли їздити в каретах та санях, запряжених четвериком, а на змовини та весілля – шестериком. Стольникам, стряпчим і дворянина потрібно було їздити зимою в санях на одному коневі, а влітку – верхи. За свідченнями іноземців, за царювання Федора Олексійовича в Росії виникли кінські заводи.
За Федора Олексійовича Кремль дуже прикрасили: на узвозі були посаджені гарні набережні сади, які огороджувала кам’яна стіна. В цих садах згодом було влаштовано по 6 оранжерейних палат, які опалювались печами. В останні дні царювання Федора Олексійовича було складено проект вищого училища або Греко-Латинської академії. Ціллю цього закладу була підтримка православ’я. В цій академії мали викладати діалектику та філософію «природничу» і «праву».
Від природи цар не відрізнявся міцним здоров’ям та помер на 22 році життя. Був похований в Архангельському соборі.
Іоанн Олексійович
Іван Олексійович народився в Москві з 26 на 27 серпня 1666 р. він був п’ятим сином Олексія Михайловича. Цар Федір Олексійович, який так несподівано помер, не залишив заповіту, де було б сказано, хто стає правителем після нього. Патріарх Іоаким перед наближеними до царської родини сказав: «Царъ Федоръ Алексеевич отошелъ въ вечное блаженство. Чадъ по нему не осталось, но остались братья его – царевичи Иванъ и Петръ Алексеевичи. Царевичъ Иванъ шестнадцатилетенъ, но одержимъ скорбъю и слабъ здоровъемъ, царевичъ же Петръ десятирлетенъ. Изъ нихъ, двухъ братьев, кто будет наследникомъ российского престола, единый или оба будуть царствовать? Спрашиваю и требую, чтобы сказали истину по совести, какъ передъ престолом Божыимъ, кто же изречеть по страсти, да будеть тому жребий изменника иуды!». Ті бояри, які знаходились в палаті, запропонували: «Это дело такое, которое должно быть решено всехъ чиновъ людьми».
На загальнонародних зборах люди підтримали кандидатуру Петра, проте царівна Софія запротестувала і, зіславшись на малолітство Петра, висунула кандидатуру Івана.
15 травня столицею поповзли чутки, що царевича Івана задушили. Стрілецькі полки, яких заохочувала Софія, в бойовому порядку увійшли в Кремль. В палаці було вирішено показати обох царевичів народу, що цариця Наталя і зробила. Стрільці хотіли було мирно розійтись, проте їх образила поведінка Михайла Юрійовича Долгорукого. Роздратовані стрільці вбили і Долгорукого, і інших бояр. Їх пошматовані тіла стрільці волочили по вулицям Кремля.