Гострий конфлікт між Полуботком і Малоросійською колегією виник з питання про оподаткування населення. «Вже на початку серпня 1722 року Вельямінов зажадав докладної інформації з цього приводу. На більш-менш чітку відповідь Полуботок не спромігся, що, зрештою, і не дивно: фіскальна справа була однією з найгірше впорядкованих галузей державного управління Гетьманщини. Здається, зненацька захопили Полуботка і покликання Вельямінова на "статті" Богдана Хмельницького, що передбачали надходження з України до російської скарбниці. У всякому разі, поки наказний гетьман радився із старшиною і консультувався з старожилами, президент колегії перехопив ініціативу і фактично прибрав до своїх рук фінанси краю. Дещо пізніше Полуботок скаржився, що не може навіть отримати з військового скарбу коштів на утримання артилерії, музик і канцелярії. Офіцери Глухівського гарнізону, яким мусили асистувати представники козацької адміністрації, за вказівкою Вельямінова почали збирати "хлебные и денежные сборы, а также медовую и табачную десятину" з усіх без винятку мешканців Гетьманщини. Опубліковані В. Модзалевським "Ведомости по сотням Полтавского полка о сеющих табак, мельницах, пасеках, винницах й шинках за 1722 г." дозволяють уявити масштаби цих нововведень. Найбільше постраждала від них старшина, чиї маєтки доти звільнялися від будь-яких податків»[22].
Тим часом ситуація все більше виходила з-під гетьманського контролю. Росіяни почали призначати в полки своїх комендантів, які, по суті, усували од влади полковників. Малоросійська колегія самочинно запроваджувала нові податки – на утримання себе та численного російського чиновництва. І це – поверх тих податків, що йшли до царської казни. Побоюючись, що козацькі полки можуть повстати, їх похапцем повиводили у степи, мовляв, з'явилася загроза нападу татар. Хоч загрози на той час і близько не було.
Полуботок разом із старшиною не переставав також добиватися дозволу на обрання нового гетьмана, скаржився на самоуправства і грубе поводження великоросійських чинів і посилався на статті Богдана Хмельницького проти нововведень. Усі спроби Полуботка якось вплинути на Вельямінова та його зграю нічого не давали. Навпаки, обернулися проти самого наказного. Голова колегії сам написав цареві чергового доноса і посилено заходився збирати скарги на гетьмана – праведні й неправедні, які тільки могли виникнути в інших людей. То чи ж варто дивуватися, що незабаром надійшов указ Петра І: наказному гетьманові, а також генеральному писареві та генеральному судді негайно прибути до Петербурга! Ось як подає їхній від'їзд та аудієнцію в царя «Історія русів»: «У червні місяці року 1723-го туди (тобто до Петербурга) од колегії відправлено: полковника Полуботка, суддю генерального Черниша. писаря генерального Семена Савича, Карпика з Переяслава, Гребінку з Гадяча та з ними канцеляристів військових: Володьковського, Ханенка та Романовича. Урядники тії, прибувши до Петербурга і ставши перед государя навколішки, просили його якнайпереконливіше помилувати отчизну їхню, пригноблену вкрай податками і всякого роду утисками… і просили ще поновити права їхні й привілеї, договірними статтями та мировими царськими грамотами потверджені»[23].
Тим трагічніше виглядають подальші спроби Павла Полуботка досягти поставленої мети. Терміново готувалися дві чолобитні — одну мали підписати генеральна старшина і полковники, другу — полкова старшина і сотники. Задля цього Полуботок запросив їх з'їхатись до Глухова, але переважна більшість старшин під різними приводами ухилилися від участі в цій сумнівній справі.
3 серпня, після двотижневої зупинки в Москві, вони дісталися Петербургу, але розминулися з кур'єром, який поспішав до Глухова з царським указом від 23 червня 1723 року. Цей документ фактично зводив нанівець усі наміри й домагання Павла Полуботка: "Как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками, и какое бедствие терпело от того наше государство, особливо Малая Россия, как еще свежая память есть о Мазепе, то и надлежит приискать в гетманы весьма верного и известного человека, о чем и имеем мы непрестанное старанне; а пока оный найдется для пользы вашего края определено правительство, которому велено действовать по данной инструкции; и так до гетманского избрания не будет в делах остановки, почему о сем деле докучать не надлежит"[24].
У Петербурзі Полуботок зі старшиною подали цареві прохання про повернення Україні старих прав, посилаючись на те, що за статтями Богдана Хмельницького ніхто не може втручатися в козацький суд, а тепер великоросійська колегія втручається в судові справи, приймає скарги на рішення і таке інше. Одночасно з цим козацьке військо, яке стояло на південному кордоні над рікою Коломаком, відправило цареві свої донесення, в яких скаржилось на різні несправедливості з боку великоруських правителів, на незаконні побори, на тяжкі постої московських військ, які розоряють населення, і просило знову дозволу обрати гетьмана за давніми порядками.
Тим не менше, гра тривала, і під час зустрічі з Полуботком, Савичем та Чарнишем 6 серпня 1723 року цар вів себе цілком коректно. Це підбадьорило наказного гетьмана, і 13 вересня він наважився подати урядові чергові чолобитні, причому на власний розсуд і ризик додав до заздалегідь підготовленого тексту прохання "вместо Малороссийской коллегии учинить генеральний суд в седьми персонах". Однак, майже водночас до столиці прибули козаки Стародубського полку Сухота і Ломака, а також давній недоброзичливець Павла Полуботка священик Гаврило з Любеча, які від імені мешканців краю просили захисту від старшинської сваволі (Полуботок стверджував, що їх навмисно підіслала Малоросійська колегія). Саме ці обставини й послужили приводом для допиту Полуботка, Савича та Чарниша, що відбувся у вересні 1723 року в Таємній канцелярії. Як засвідчив опублікований Миколою Костомаровим протокол допиту, вони загалом гідно витримали це випробування. Деякі дослідники вважають, що вони стали першими політичними в'янями жахливих Петропавловських казематів.
Разом з тим, аби краще зорієнтуватися у становищі на Україні й настроях місцевого населення, Петро І вирішив відрядити туди із спеціальною місією свою довірену особу О. Рум'янцева. Але обкладені зусібіч "пани малоросійські" не дрімали, таки дізналися про це від щедро винагороджених сенатських піддячих і встигли попередити та належним чином проінструктувати старшину.
Чотири місяці тривали допити під жорстокими тортурами. Але все було марно, Полуботок своєї вини не визнавав. Від катувань наказний гетьман важко захворів. Тоді Петро вирішив змінити тактику: «одного дня він прийшов до камери і запропонував Полуботкові помиритись. Але той відповів: «Ні, царю... Скоро вже Петро з Павлом стануть на суд перед Богом. Він розсудить їхні діла». Слова ці виявились віщими»[25]. Справу було передано на розгляд Вишнього суду. Однак до судового процесу не дійшло: головний обвинувачений Павло Полуботок помер о третій годині дня 18 грудня 1724 року в казематах Петропавлівської фортеці. Поховали наказного гетьмана 29 грудня на цвинтарі церкви святого Сампсонія Странноприїмця за Малою Невою. А через місяць пішов із життя і той, що «розпинав Україну» - Петро I.
Решту старшини від неминучої розправи врятувала нагла смерть Петра І. 17 лютого 1725 року до Глухова повернулися служники наказного гетьмана, які принесли жалібну звістку про його смерть у казематі. Через кілька днів, 29 лютого, в одній із глухівських церков було відправлено панахиду по Павлу Полуботку.
Крапку в цій сумній історії був покликаний поставити Маніфест від 8 лютого 1725 року. Офіційна версія мала суто тенденційний характер — ніби Павло Полуботок та інші українські урядовці зверталися до царя з вимогами поліпшити їм власне становище, домагалися винагород та маєтностей, а простий народ усіляко визискували, а царський уряд змальовувався як рятівник знедолених; будь-які згадки про політичні, визвольні змагання Павла Полуботка в цьому документі відсутні. Разом з тим, старшина була звільнена з-під варти, а дещо пізніше одержала дозвіл повернутися до своїх маєтків на Україні, де вже одноосібне порядкувала Малоросійська колегія...