С 1943 г. клерикальный режим в Словакии находился в состоянии кризиса. К этому времени здесь в горах активно действовали партизанские отряды, в том числе организованные при помощи советских и словацких командиров, подготовленных при Украинском штабе партизанского движения. По мере нарастания кризиса режима Й.Тисо усиливались антифашистские настроения в словацкой армии. Со второй половины 1943 г. компартия Словакии взяла курс на создание широкого антифашистского фронта. К концу года по ее инициативе был образован Словацкий национальный совет (СНС) как единый центр движения Сопротивления. Это стало результатом переговоров антифашистских сил и заключения ими 25 декабря 1943 г. так называемого Рождественского соглашения. В СНС вошли также различные группировки некоммунистической ориентации.
СНС выступал за обновление республики на новых принципах, за равноправие чехов и словаков. Вне рамок СНС действовала ориентировавшаяся на Бенеша группировка во главе с В.Шробаром. Словацкие коммунисты нацелились на подготовку вооруженного восстания при опоре на армию, антифашистски настроенных офицеров, занимавших скорее пролондонскую позицию, во главе с генералом Голианом. Весной 1944 г. было заключено соглашение СНС с военными, признавшими условия Рождественского соглашения. Однако на практике ведущей силой движения Сопротивления в Словакии была не КПС, а военные-антифашисты, прекрасно осознававшие все возможные негативные последствия сохранения верности фашистской Германии.
Предпосылки восстания созрели к лету 1944 г. В это время резко возросла активность партизан, они даже захватили ряд городов. Режим оказался не в силах справиться с партизанами, и Й.Тисо обратился к немцам с просьбой о помощи. 29 августа немецкие войска перешли словацкую границу, что послужило сигналом к началу вооруженного восстания. Центром восстания стала Банска Быстрица, город в средней Словакии. Заработала повстанческая радиостанция. Здесь легализовал свою деятельность СНС. 1 сентября 1944 г. он опубликовал "Декларацию словацкого народа" от имени всех групп Сопротивления. На свободной территории в треугольнике Зволен - Банска Быстрица - Брезно было заявлено о свержении правящего режима Тисо и провозглашена народно-демократическая республика.
Восстание стало началом национально-демократической революции в Чехословакии. Было создано новое словацкое правительство - Корпус уполномоченных, развернувшее широкие социально-экономические преобразования. Лондонский центр пытался оказать влияние на ход событий в Словакии. По целому ряду вопросов шла борьба повстанцев и сторонников Бенеша: о власти на освобожденной территории (в противовес СНС лондонская эмиграция претендовала на ведущие позиции); о полномочиях эмиссара Бенеша в Словакии; о признании словаков самобытной нацией. В результате правительство в эмиграции признало СНС верховным органом власти в Словакии. Значительная помощь повстанцам была оказана советской стороной. На освобожденную территорию были переброшены видные деятели КПЧ Я.Шверма, Р.Сланский, организатор партизанского движения А.Н.Асмолов и др., парашютная бригада, большое количество оружия и боеприпасов. По некоторым данным, повстанцев насчитывалось около 80 тыс. (не считая тех, кто помогал в тылу). Был создан Главный штаб партизанского движения во главе со Шмидке и Асмоловым.
8 сентября 1944 г. в поддержку повстанцев Советской Армией была начата Карпато-Дукельская операция. Ее командование рассчитывало на соединение с повстанцами, но операция из-за упорного сопротивления немцев затянулась. Не удалось задействовать две дивизии военных-антифашистов в Восточной Словакии, которые должны были открыть Дукельский перевал для прохода регулярных частей. Желаемой координации действий не произошло, обе словацкие дивизии были разоружены нацистами. Не удалось также на должном уровне согласовать действия СНС, Военного центра и партизанских сил. Против повстанцев было брошено 8 немецких дивизий. Во второй половине октября были переброшены также немецкие войска из Венгрии.
27 октября 1944 г. пал центр восстания - г.Банска Быстрица. Повстанческая армия фактически была расформирована. Ее частям рекомендовались партизанские методы борьбы, но организовать их не удалось. Большинство солдат и офицеров попали в плен, остальные отступили в горы. Зимой 1944-1945 г. там продолжали действовать 15 тыс. партизан. После подавления восстания начался нацистский террор. Восстание в Словакии занимает заметное место в освободительной антифашистской борьбе. Повстанцы держались в течение двух месяцев на территории с населением 1,7 млн. человек. Безусловно, Словацкое национальное восстание повлияло на решение вопроса о статусе Словакии в послевоенной Чехословакии.
Вместе с 38-й Советской Армией и войсками 4 Украиского фронта чехи и словаки принимали участие в зимних боях на северо-востоке Словакии. После освобождения ряда населенных пунктов чехословацкихй корпус получил новое пополнение. 4 апреля 1945 г. была освобождена Братислава, а к концу апреля - почти вся Словакия.
В марте 1945 г. в Москве состоялись переговоры представителей лондонской эмиграции, московского центра (КПЧ) и делегации СНС о составе чехословацкого правительства и программе действий. Основой переговоров стала платформа, выработанная КПЧ. В обсуждении принимало участие шесть политических партий; это были силы, составившие вскоре Национальный фронт чехов и словаков. Бенеш был вынужден смириться с результатами московской встречи и принятой на ней правительственной программой. Свое название она получила от словацкого города Кошице, где была обнародована 5 апреля 1945 г. Переехавшее в Кошице правительство было сформировано на паритетных началах (от каждой партии по 4 человека). Премьер-министром стал социал-демократ З.Фирлингер, бывший во время войны чехословацким послом в СССР. Кошицкая программа в национальном вопросе признавала самобытность словацкой нации и ее равноправие с чехами. Чехословакия провозглашалась государством двух равноправных народов. В созданном едином Национальном фронте чехов и словаков объединились разные по своему характеру силы, в том числе и представители буржуазных группировок.
Непосредственному окончанию войны предшествовало усиление движения Сопротивления в чешских землях. 5 мая началось восстание в Праге. В его подготовке принимали участие представители различных политических сил от буржуазных группировок до коммунистов, а также военные. Восстание началось стихийно, но очень быстро руководство им взял в свои руки сформированный в апреле 1945 г. Национальный комитет. Появились баррикады, повстанцы захватили радиостанцию и передали призыв о помощи. Они рассчитывали на поддержку англо-американских войск, которые к этому времени вышли к демаркационной линии в западной Чехии, однако командование последних, опасаясь конфликта с Советским Союзом, не отдало соответствующего приказа. На помощь восставшей Праге были направлены советские части под командованием генерала Д.Д.Лелюшенко.
Повстанцам (а их насчитывалось до 30 тыс.) приходилось нелегко, силы были неравны. В сложной ситуации на сторону чешских патриотов перешли власовцы. Но не они решили исход восстания, хотя вошли 6 мая вечером в Прагу и действовали против немцев в ряде районов города. На сотрудничество с власовцами пошли некоторые чешские военные, хотя коммунисты были против этого. Поскольку советская помощь задерживалась, повстанцы вынуждены были подписать 8 мая соглашение о перемирии, по которому немцы получали право беспрепятственно отступить в зону американцев, предварительно сдав все тяжелое вооружение. Однако отступавшие немецкие отряды нарушали достигнутюе договоренности, жгли предместья Праги, уничтожали беззащитное население. Так что советская помощь, подоспевшая утром 9 мая 1945 г. была как нельзя кстати. За одну ночь танки прошли более сотни километров. Оставшиеся в Праге очаги сопротивления нацистов были ликвидированы. Исторические архитектурные шедевры были спасены.