Опытный политик и администратор, Муравьев понимал, что одними репрессивными мерами спокойствия в крае не достигнешь. И он, с одной стороны, становится на путь подавления польско-католического влияния, с другой - принимает меры по укреплению православной церкви, не без основания видя в ней мощнейшее средство русификации местного населения. В начале 1864 г. он издает циркуляр, в котором разъяснялось, что в соответствии с законом без предварительного разрешения начальника края не разрешается строить новые костелы, алтари и каплицы и восстанавливать старые. Было решено закрыть те костелы, духовенство которых принимало участие в восстании или существование которых было вызвано не потребностями местного католического населения, а целями пропаганды католичества.
Именно при Муравьеве православие в реальности получило в крае статус государственной религии. Он был уверен, что укрепление православия на белорусских землях является одной из самых необходимых мер "ибо православие соединено с понятием о русской народности, как напротив того католик и поляк составляют одно". Православная церковь, ее священнослужители должны были убедить белорусов в том, что их родная земля - извечно русский край, а сами они ополяченные русские, которых необходимо возвратить в православную церковь и русскую народность.
Активно начал воплощать распоряжения Муравьева Семашко: он организовывает церковные советы, приходские попечительства, участвует в обновлении нескольких православных братств, приказывает конфисковывать и уничтожать католические молитвенники, которые были распространены среди народа.
Одной из важнейших забот Муравьева стало улучшение материального состояния западнорусского православного духовенства. Муравьев считал: "При настоящем положении (духовенства северо-западного края) все усилия Правительства утвердить в этом крае на прочных основаниях народную жизнь никогда не приведут к желательным результатам, пока не приняты будут меры посредством улучшения быта нашего духовенства к укреплению, поддержанию и расширению в стране православия, которое одно здесь может служить прочною основою владычества России и развития в русском духе".
Жалование православных священников возросло почти вдвое, на протяжении 1864 г. во всех белорусских губерниях были созданы губернские особые присутствия по улучшению быта православного духовенства, которые занимались наделением священнослужителей земельными угодьями и обеспечением их дровами. Финансовое положение православного духовенства улучшалось за счет контрибуции с ксендзов, шляхты, помещиков, которых считали поляками. Муравьев писал:". храмы православные всюду воздвигаются в крае на. контрибуционные и штрафные, изысканные с владельцев и римско-католического духовенства за их крамольные побуждения и манифестации".
Духовенству начали возвращать отобранные помещиками и ксендзами в предшествующие годы церковные земли. Для возвращения их церквям и монастырям в Вильно в 1864 г. Муравьевым была учреждена особая комиссия, которая, основываясь на собранных документах, отобрала от разных лиц незаконно, по ее мнению, присвоенные земельные участки, поступившие теперь во владение Виленского православного духовенства. В августе 1864 г. по предложению Муравьева Государственный Совет разрешил отдать в ведение некоторым церквям прилежащие к ним фермы и фольварки для устройства в них школ, в результате чего в пользование духовенству отошло большое количество земель из конфискованных имений польских помещиков и ксендзов. Все эти административные распоряжения создали вполне достаточное для своего времени обеспечение духовенства, положили конец их зависимости от прихожан и помещиков.
Еще одной вехой в деятельности Муравьева на благо западнорусскому делу и православной церкви было церковно-строительное дело. По всем западным епархиям ежегодно приводилось в порядок и освящалось несколько десятков церквей. За счет контрибуционных сборов Муравьев принимал меры по строительству новых и реконструкции старых православных церквей. Всего за время его правления было построено 98 церквей, 63 часовни, возобновлено и отремонтировано 126 церквей и церковных строений, из католических костелов было переделано 16 церквей. Муравьев требовал, чтобы вновь строящиеся церкви были похожи на великорусские не только по внешнему виду, но и по внутреннему устройству, например, чтобы иконы на иконостасах, характер живописи и фона соответствовали древнецерковным обычаям православных храмов. Этот процесс продолжался и после его отставки. Например, в Гродненской губернии за десять лет (с 1864 по 1874 г.) казна построила 59 новых приходских церквей, перестроила в православные храмы 10 костелов и произвела капитальный ремонт 29 церквей. К 1914 г. в Белоруссии были 3552 православные церкви, 470 часовни.
На протяжении второй половины XIX - начала XX в. наблюдается увеличение числа православных священников. Из центральных губерний России в Белоруссию переводили священников (а после восстания 1863 г. этот перевод принял массовый характер, к последней четверти XIX в. здесь не осталось ни одного архиерея из местных). Готовили священников духовные семинарии в Могилеве (основана в 1758 г.), Минске (1793 г.), Витебске (1806 г.). Давали начальное церковное образование и готовили к поступлению в семинарии Минское, Могилевское, Гомельское, Полоцкое духовные училища.
В 60-е гг. прошла реформа духовных учебных заведений. Поступить в семинарию могли выходцы со всех сословий православного вероисповедания. Серия законов 1867-1869 гг., из которых важнейшие - законы 16 апреля (О составе приходов и причтов) и 26 мая 1869 г. (Об устройстве детей лиц православного духовенства), вывела из состава духовного сословия всех домочадцев белого духовенства, одновременно открыла доступ в духовные учебные заведения, а, следовательно, и в причты, всем желающим. К концу XIX в. практически все священники в белорусско-литовских епархиях имели семинарскую подготовку.
Для обучения детей православного духовенства создавались епархиальные училища, в том числе и женские. Воспитанию в них дочерей православных священников уделялось большое внимание. На этот счет митрополит Семашко считал, что для окончательной русификации необходимо, чтобы и женский пол духовного сословия был воспитан в духе православия и русской народности, а не учился в пансионах для светских женщин другой веры.
Верными помощниками православной церкви были братства. При Екатерине II они прекратили свою деятельность. Во второй половине XIX в. с целью распространения православия было решено вновь вернуться к ним. Начало возрождению братств как альтернативы церковно-приходским советам, появившимся в разных областях империи по инициативе светской администрации и часто даже без согласования с церковью, положил киевский митрополит Арсений. Членом братства мог стать любой православный, руководство им осуществлялось священником. Братство занималось содержанием и украшением храма, поддержанием школы и госпиталя, "водворением добрых нравов и жития христианского", оказывало помощь обедневшим братчикам. Эти организации правительство пыталось использовать для русификации края, специальные правила о братствах (21 апреля 1864 г.) были выработаны Главным присутствием совместно с МВД и Вторым отделением. В 1880 г. в России существовало 63 православных братства, до конца века возникло еще 76. Часть их находилось на территории Беларуси (в Полоцке, Витебске, Могилеве), однако активной деятельности среди верующих братства не вели по причине своей бедности и слабости.
В целях усиления влияния православия на не православное население в белорусских губерниях были созданы миссионерские товарищества, главным в своей деятельности они считали проведение работы среди староверов с целью перевода в православие. Утверждению православных позиций служили и православные монастыри - к 1914 г. в Белоруссии действовали 21 мужской и 14 женских монастырей.
Таким образом, в 60-е гг. XIX - начале XX в. позиции православной церкви в белорусских губерниях значительно укрепились. Увеличилось количество православных храмов и прихожан, священников и монахов. Возросла материальная поддержка церкви со стороны царских властей, которые рассматривали ее как свою надежную опору. Православная церковь стала важнейшей пружиной в механизме осуществления целенаправленной политики русификации Белоруссии. Ярко это проявилось в системе образования.
О важности народного образования как средства укрепления "русских начал" Муравьев заявил в первый месяц своего правления. Наиболее революционные гимназии, например, такая, как Свислочская, сразу же прекратили свою работу. Летом 1863 г. попечитель Виленской учебной округи И.П. Корнилов ходатайствовал перед министром о закрытии ряда гимназий по причине их отдаленности от административного надсмотра: "Они стоят власти дорого, а создают только врагов народа". Муравьев одобрил инициативу, и Новогрудская, Молодечненская, Белостокская и некоторые другие гимназии были закрыты.
В 1864 г. была закрыта единственная в Беларуси высшая школа в Горках. И в последующем царские власти до конца своего существования отвергали все попытки основания в белорусско-литовских губерниях высшего учебного заведения. Понятно, что отсутствие подобного рода учреждений отрицательно сказалось на формировании национальной интеллигенции, на развитии общественно-культурного и политического движения.