1859 він повертається з заслання до Санкт-Петербурга відомим вченим і обирається професором тамтешнього університету.
З 1862 року М. Костомаров залишає викладання і повністю присвячує себе науковій та організаційно-просвітницькій діяльності. Помер М. Костомаров 19 квітня 1885 року. Микола Костомаров увійшов в українську історію як талановитий вчений та як один з ідейних натхненників Кирило-Мефодіївського товариства. Наукова традиція схильна вважати його автором основних програмних документів Кирило-Мефодіївського товариства, у першу чергу, "Книг буття українського народу".
Цей документ написаний у наближеній до релігійних трактатів формі з метою, як пояснював пізніше сам М. Костомаров, зробити його більш зрозумілим для простого народу. Визначаючи головні ідеї на яких базувалась концепція "Книг буття .", Д. Дорошенко зазначав, що "Цей твір перейнятий глибоким євангельським демократизмом, панславістичною тенденцією і підкресленням ідеї національності, овіяної українським месіанізмом". Євангельський демократизм, звернення до глибинних теоретичних основ ранньо-християнської соціально-політичної доктрини є вихідним пунктом теоретичної побудови М. Костомарова. Він підкреслює, що Бог є один і він один є цар неба і землі. Всі соціально-політичні негаразди, які виявляються в суспільному розвитку є, на думку автора "Книг буття ." наслідком того, що люди відступають від істинної віри та істинного Бога і піддаються впливові лукавого: "Бо єдин єсть Бог істинний і єдин він цар над родом чоловічим, а люде як поробили собі багато богів, тo з тим укупі поробили багато царів, бо як у кожному кутку був свій бог, так у кожному кутку став свій цар, і стали люди битися за своїх царів, і пуще стала земля поливатися кров’ю і усіватися попелом і костями, і умножилось на всім світі горе, біднота і хвороба, і нещастя, і незгода". Крім Бога ж ніхто не може повелівати іншими людьми - ні царі, ні пани, бо зробив Бог всіх людей рівними.
Будуючи власну історіософську концепцію світової історії автор "Книг буття ." розглядає її як процес усвідомлення народами Божої благодаті, квінтесенцією якої є усвідомлення ідеї свободи, братерства та рівності всіх людей, що прийняли Христове вчення. Світова історія - це поле боротьби добра і зла, Бога і диявола, рівності і нерівності, свободи і рабства. Розгортається ж вона через певні етапи, на кожному з яких носієм загально світового начала виступають певні народи. Головна ідея християнства, на думку М. Костомарова, це свобода і рівність, але вони не можуть бути дійсними самі по собі, без справжньої християнської моралі. "Наймолодшими" серед народів Європи, що прийняли християнство після падіння Риму, пише М. Костомаров, були слов’яни. Їх вирізняло те, що на відміну від німців та романців вони, завдяки життєвому подвигу солунських братів Кирила і Мефодія змогли сприймати вчення Христа зрозумілою їх слов’янською мовою, а не латиною, яку слабо розуміли романці і зовсім не розуміли німці. Це забезпечувало їм можливість глибше зрозуміти сутність християнства, його етичну основу.
Історія України є, за задумом М. Костомарова, своєрідним апогеєм світової історії: "Костомаров поставив собі за ціль змалювати філософію історії людства з християнсько-республіканського погляду, а сповідником цієї ідеї в історії зробити український народ". Українці переймають від інших історичних народів місію виконання великого задуму Божого - організувати життя людського суспільства на принципах істинної рівності та свободи, в основі яких лежать християнські чесноти. Такий підхід зближував "Книги буття ." з існуючою тогочасною європейською традицією пошуку історичного призначення тих чи інших націй, вияснення їх історичної місії. Народи поділялись на "історичні", тобто ті, що несли в собі "загальне начало" і неісторичні", призначені, в кращому разі, бути історичним тлом для розгортання місії перших. Автор "Книг буття ." вибудував свою схему розвитку всесвітньої історії - через перші "історичні народи" (євреїв та давніх греків), через романців, німців та слов’ян, до головного суб’єкта історії - українців. Однак ця позиція М. Костомарова була далеко неоднозначно сприйнята учасниками Кирило-Мефодіївського товариства.
Однак месіанська ідея української нації була прийнята кирило - мефодіївцями. Цьому сприяло те, що М. Костомаров вміло вплів її у загальнослов’янський контекст і обґрунтовував не якимось прагненням до панування над іншими, а тим, що українці щиро прагнуть втілити в реальне життя моральні засади християнства.
M. Костомаров підкреслює, що Україна постійно прагла до рівноправного союзу з іншими слов’янськими народами не для панування над іншими, а для створення умов, що дадуть можливість всім вільно і рівно розвиватись, не поступаючись власною національною ідентичністю. "Бо вона любила і поляків, і москалів як братів своїх і не хотіла з ними розбрататися, вона хотіла, щоб всі жили вкупі, поєднавшись як один народ слов’янський c другим народом слов’янським, а ті два c третім, і було б три Речі Посполиті в однім союзі не розділимо і несмісимо по образу Трійці Божої нероздільною і несмісимой, як колись поєднаються між собою усі народи слов’янські" [114, с. 257]. Україна, на думку М. Костомарова не може відбутись як традиційна Держава - "панство", оскільки не має політичної еліти. Саме тому автор "Книг буття ." як політичний ідеал розвитку України і людства в майбутньому пропонує "народоправство", як протилежність традиційній державі. Цей ідеал є духовно близький слов’янству в цілому і, в особливості, Україні. Вона покликана реалізувати його і, борючись за власну свободу, звільнити всі слов’янські народи від тиранії та різних форм пригнічення. У цьому полягає її історична місія.
Аналізуючи "Книги буття ." один з найвідоміших дослідників діяльності Кирило-Мефодіївського товариства, М. Возняк писав:" . на гармонійну цілість твору Костомарова злилася його велика релігійність, якою він відзначався через усе життя, щирий демократизм і гаряча любов до українських народних мас із ворожим становищем до кріпацтва, український національний романтизм з ідеалізацією козацьких засад свободи, рівності та братерства, національна свідомість з ненавистю до історичних гнобителів України - Польщі та Московщини, нарешті слов’янофільство з романтичною ідеалізацією старого патріархального слов’янського побуту та з проповіддю слов’янської федерації з месіаністичною ролею Українців серед Слав’ян". Арешт і суворий присуд не зламали М. Костомарова. У засланні та після повернення з нього він продовжував займатись дослідженнями з історії, зокрема української. Своїми дослідженнями він виступив проти ідей сучасних йому представників державницької школи російських істориків, які абсолютизували принцип державності, перетворюючи державу на єдину істинно діючу історичну силу, вважаючи, що змістом історії є народ, його розвиток, а державність є тільки формою, що живиться діяльністю народу.
4. Місце Т.Г. Шевченка в Кирило-Мефодіївському товаристві
Своєрідним ідейним антиподом поміркованій автономістично-культурницькій позиції М. Костомарова у Кирилю - Мефодіївському товаристві були погляди Тараса Шевченка, якого дослідники традиційно, разом з М. Гулаком та В. Андрузьким, відносять до так званого "радикального крила" організації. Вплив поета і художника, вчорашнього кріпака, на членів Кирило-Мефодіївського товариства, на всю тогочасну прогресивну українську інтелігенцію та на майбутні покоління був, без перебільшення, величезним. Він вніс в коло вчених та дрібних службовців, що більше опікувались збереженням минулого ніж створенням нового, животворний струмінь споконвічного народного прагнення до свободи та протесту проти всіх форм гноблення. Говорячи про той вплив, який мали на учасників Кирило-Мефодіївського товариства виражені в талановитій поетичній формі ідеї Т. Шевченка, один з перших систематичних дослідників історії політичної думки України Ю. Охримович робить цілком слушний висновок про те, що національно-політична ідеологія Шевченка сформувалася ще до його знайомства з Костомаровим, і в національних справах, як і взагалі в політичному і національному радикалізмі, Шевченко мав більший вплив на Костомарова, ніж навпаки. "Шевченкова муза раніше від Кирило - методіївського Братства сформувала його національно-політичний ідеал, ідеал політичної незалежності України, - в далеко яснішій і радикальнішій формі. Самостійницька думка переходить червоною ниткою через його творчість, починаючи молодечими романтичними творами і кінчаючи передсмертною філософічною лірикою". Т.Шевченка без особливого перебільшення можна вважати "батьком" української національної ідеї сформованої в традиційній для цивілізованої Європи формі. Його поезія змогла не лише забезпечити "зв’язок часів", але й поклала початок перетворення української етнографічної маси, що фактично втратила свою власну політичну еліту і, здавалося б, була приречена на повну асиміляцію, в європейську націю, давши їх розуміння минулого і дороговказ у майбутнє, надію і сподівання. "Початок тут було покладено ідейною програмою Кирило-Мефодіївського товариства, яка, за слушним спостереженням Д. Чижевського, синтезувала християнство й романтичний націоналізм і в якій Україна в потоці історії, в єдності минулого, теперішнього і майбутнього ("і мертвих, і живих, і ненароджених") уперше постає як самостійна філософська проблема. Оцей синтетичний погляд на свою національну (етнічну) спільноту як на єдиний, розгорнутий в соціальному часі й "соціалізованому" просторі континуум і водночас як на суб’єкта всезагального історичного процесу ми називаємо в дусі традиційної філософсько-класичної термінології національною ідеєю". Оцінка політичних поглядів Т. Шевченка в різних наукових школах досить часто є відмінною і, навіть, суперечливою. Багатогранність його творчості та роль яку вона відіграла в становленні сучасної української нації змовили прагнення прихильників різних політичних доктрин "прихилити" його авторитет "на свій бік". В суспільній думці поет часто перетворювався в "міф", який було зручно використовувати для маніпуляції масовою свідомістю та виправдання тих чи інших дій. Для представників радикально-націоналістичного напрямку української політичної думки Т. Шевченко був "Пророком", "батьком нації", "затятим ворогом Росії та москалів". Для різного роду соціалістів, "без державників" - у першу чергу "Кобзар", "захисник прав кріпаків", "борець за соціальне визволення та дружбу народів". В аналізі еволюції творчості Т. Шевченка існує традиція, початок якій одним з перших поклав І. Франко. У роботі, написаній в рік 100-річчя народження Т. Шевченка він писав: "Поетичну діяльність Шевченкову можна поділити на чотири періоди, досить нерівномірні один до одного. Перший від 1838 до 1843, або від його звільнення з кріпацтва до першого повороту на Україну. В цім періоді бачимо поета ще під романтичним впливом. Він пише балади і сентиментальні думи та історичні оповідання різної великості, які кульмінуються в поемі "Гайдамаки", початій 1838 і друкованій 1841. З цього ж часу походить чудова поема "Катерина" і друга поема все ще не надрукована в цілості - "Черниця Мар’яна". В другім періоді, що тягнеться до його арешту весною 1847 р., знаходимо тільки політичні поеми, як "Чигирин", "Суботів", "Іржавець" і ін. Далі від національного українського становища поет переходить до соціальних питань і підіймає свій могутній голос в оборону кріпаків ("На панщині пшеницю жала", "Сестра", "Марині", "Сон", "Посланіє до мертвих, і живих, і ненароджених земляків моїх"). Так він став пророком цього народу, розриваючи немилосердно завісу політичного і національного насильства. Та несподівана катастрофа спинила його працю і навіть сховала багато його віршів від громадянства на декілька десятиліть".