Важное изменение касалось состава сельского общества, которое должно было включать 300-500 дворов. Если какое-нибудь отдельное селение отвечало этому требованию, в нем утверждалось сельское общество, и тогда, как и до реформы, сельское общество совпадало с общиной и селением. Поскольку число таких селений не превышало 1%, то два или несколько селений меньшей населенности объединялись в одно сельское общество, но таким образом, чтобы расстояние между ними не превышало 16 км. Чтобы выполнить последнее требование, сельские общества утверждались и в селениях, не имевших установленного числа дворов. В результате реформы число составных сельских обществ, объединявших несколько селений, увеличилось, а простых обществ, состоявших из одного селения, уменьшилось, и соответственно многие отдельные селения лишились права юридического лица. Крестьянство было этим недовольно и нашло простой выход - оно сохранило простые общины всюду, где они существовали до реформы, что привело к тому, что наряду с официальным сельским обществом продолжала существовать де-факто деревенская община с прежними функциями и с прежней структурой, действуя по обычаю и традиции. Вследствие этого в составных сельских обществах дуализм общины усилился: в них существовали вполне отчетливо официальная и неофициальная структуры, официальные и неофициальные сходы, начальники и лидеры.
Реформаторы, по-видимому, находились в состоянии административной эйфории, надеясь улучшить положение крестьян с помощью инструкций. Это стремление к всесторонней регламентации заслужило не вполне справедливое нарекание со стороны некоторых современников и историков как попытка поставить живую жизнь в мертвые рамки инструкции, как попытка бюрократизации общины. В данном подходе заключалось и рациональное зерно - желание перейти от устного обычного права к письменному праву, к закону. Поскольку уставы и законы опирались главным образом на обычное право и традиции, то огромная работа по их составлению (Учреждение по управлению государственными имуществами заключало в себе более 4000 статей) явилась в сущности кодификацией обычного права, имевшей целью модернизировать порядок управления, поставить его в рамки писаного закона как для крестьянства, так и для правительства. Беда в том, что вследствие многовековой традиции управлять не по закону, а по совести и правде, ввиду низкой грамотности и слабого контроля со стороны коронной администрации, а также недостатка компетентных и порядочных чиновников быстрый переход государственных крестьян к правомерному общественному строю едва ли был возможен. Кроме того, крестьяне недоверчиво, а часто и враждебно встречали все, что исходило от коронной администрации. Наконец, закрывая дорогу произволу на почве отсутствия писаного закона, многочисленные и многословные уставы открывали путь другому злу - злоупотреблениям на почве плохого знания крестьянами законов, неправильного их толкования, т.е. злоупотреблениям на почве закона. Все перечисленные факторы способствовали тому, что крестьяне в целом негативно отнеслись к реформе, усматривая в ней усиление вмешательства в их жизнь.
Однако на деле реформа не разрушила традиционный общинный строй, как казалось некоторым историкам, хотя до некоторой степени его обюрократила и поставила на более четкие, чем прежде, юридические основания. Коронная администрация была слишком слаба, чтобы совершить радикальную перестройку, о которой она мечтала, а крестьянство не проявляло к такой реформе интереса. Благодаря этому традиционный общинный строй полностью сохранился и вмешательство администрации, как и прежде, касалось в основном административных и податных вопросов. Государственные крестьяне по-прежнему обладали большой оперативной автономией, о чем, например, свидетельствует следующий факт. Чиновники, изучавшие распространение раскола в 1850-е гг., через 10-15 лет после реформы обнаружили, что именно в казенных селениях находились наиболее уважаемые раскольничьи молельни и самые ревностные руководители раскола по той причине, что они живут там, "никем и никогда не тревожимые и не видя стеснений в отправлении своих незаконных действий и обрядов". Второй по численности категорией крестьян были владельческие крестьяне, в 1857 г. их доля среди крестьян составляла 47%, а во всем населении страны - 39%. Закон отдавал управление ими в основном в руки помещиков, оставляя за собой право высшего надзора и суда, а также и право вмешательства в случае необходимости. Закон поддерживал общину, но не регулировал ее прерогативы, поэтому ее роль варьировала от имения к имению. Однако все разнообразие форм общинного устройства у помещичьих крестьян можно свести к трем типам, и оно зависело от того, на барщине или оброке находились крестьяне, и от того, кто непосредственно управлял имением - помещик, приказчик (управляющий) или община.
Барщинные имения, где в середине XIX в. проживало около 56% владельческих крестьян, управлялись самими помещиками или их приказчиками, в то время как оброчные имения, где сосредоточивалось около 44% крестьян, находились под управлением самой общины. В мелких барщинных имениях с числом крепостных до 100 душ мужского пола (на их долю приходилось 19.1% всех помещичьих крестьян в 1857 г.) помещики обычно управляли самостоятельно, в средних с числом крепостных от 100 до 500 (37.2% крестьян) и больших имениях с числом крепостных более 500 (43.7% крестьян) - с помощью специального аппарата управления. Случалось, что в мелких барщинных имениях господствовал суровый вотчинный режим, а общинное самоуправление замирало. Однако в средних и больших барщинных имениях более обычной была практика разделения сфер влияния между помещиком с его аппаратом и общиной. Когда дело касалось собственно крестьянского хозяйства и быта, там большую роль играла община, вмешательство помещика происходило либо в кризисных ситуациях, либо по апелляции к нему самих крестьян. Когда дело касалось барщины, выполнения тех или иных повинностей, там главенствовали помещик и его аппарат. Но и здесь без общины не обходилось. Она сопротивлялась увеличению повинностей и ужесточению надзора, и помещик был вынужден с этим считаться. Управление с помощью приказчиков практиковалось преимущественно крупными, но также средними и мелкими помещиками, когда они находились на службе. В этом случае помещик сохранял мирское управление как на крестьянской, так и на барской половине имения в качестве противовеса управителю и контролера за его действиями. В подобных имениях община играла более существенную роль по сравнению с имениями, которыми управлял сам помещик. Наконец, в оброчных имениях независимо от их численности, как правило, действовало крестьянское самоуправление в полном своем объеме. Под общим контролем помещиков и их доверенных лиц мир был активно вовлечен в управление вотчиной, и его значение было примерно таким же, как и в казенных селениях. Община распоряжалась надельными землями, выделенными ей помещиком, организовывала производство, регулировала внутридеревенские отношения, вершила суд и т.д.
Итак, управление крестьянами в помещичьей деревне строилось, с одной стороны, на слабой зависимости от коронной администрации, с другой стороны, при значительном участии мира. Благодаря общине крестьяне либо осуществляли самоуправление, либо являлись соучастниками управления вместе с помещиком и его административным аппаратом. В имениях, насчитывавших менее двух десятков дворов, деятельность общины как важнейшего социального института крестьянства почти замирала, и крестьяне попадали под полное управление своего владельца. Хотя таких имений было много - 41% общей их численности, но в них проживало всего 3% крестьян. Кроме того, в таких имениях дистанция между бедным барином и крестьянами существенно сокращалась, и их отношения часто принимали достаточно патриархальный характер. Объяснялось это тем, что благосостояние бедных мелких помещиков находилось в сильнейшей зависимости от каждого крестьянина, в силу этого они вынуждены были считаться с интересами крестьян, не злоупотреблять своей властью, а разделять ее так или иначе с крестьянами. Высоко оценивал способность самоуправления крестьян с помощью общины А. Гакстгаузен.
Почему помещики признавали мирское самоуправление? Что лежало в основе преимущественно мирного сосуществования помещика и общины? Помещики были вынуждены переложить на общину большую часть своих обязанностей по управлению крестьянами, чтобы уменьшить расходы по управлению имениями и тем самым уменьшить издержки производства. Это вынуждало помещиков активно вмешиваться в крестьянские дела лишь в том случае, если задевались их личные интересы, и исполнять роль арбитра в спорах между крестьянами. Многие помещичьи инструкции прямо запрещали крестьянам обращаться к помещикам или в их конторы с "незначительными делами" и обязывали все частные иски, внутрисемейные ссоры и конфликты разбирать на общинных судах и сходах.
Само по себе существование общинного самоуправления служило серьезным препятствием на пути помещичьего произвола, и поэтому крестьяне, сознавая это, твердо защищали общину от покушения на нее помещиков. Сопротивление крестьян было так велико, что даже в тех случаях, когда увеличение надзора за крестьянами за счет сокращения самоуправления сулило значительный рост ренты, помещики, как правило, сохраняли общинное самоуправление из-за страха бунта.