24 января 1701 был восстановлен Монастырский приказ, в ведение которого отошли Патриарший двор, архиерейские дома и монастырские земли и хозяйства. Во главе приказа был поставлен боярин Иван Алексеевич Мусин-Пушкин, да при нём дьяк Ефим Зотов.
Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства в государстве и независимость духовного чина от светской власти. Особой чистке подвергались монастыри. Монахам было приказано оставаться постоянно в тех монастырях, где их застанут особые переписчики, посланные Монастырским приказом. Из монастырей выселили всех непостриженных. Женским монастырям позволили постригать в монахини только женщин после сорокалетнего возраста. Хозяйство монастырей было отдано под надзор и контроль Монастырского приказа. В богадельнях было приказано оставить только действительно больных и немощных. Наконец, указом 30 декабря 1701 года определялось давать монашествующим денежное и хлебное жалование из доходов монастыря, а вотчинами и угодьями монахам впредь не владеть.
Ряд дальнейших мер облегчал жестокость преследования раскольников и разрешал свободное исповедание своей веры иностранцам, как католикам, так и протестантам всех толков. В основу этих мер лёг принцип, высказанный Петром, по обыкновению отчётливо и ярко: «Господь дал царям власть над народами, но над совестью людей властен один Христос». Согласно с этим Пётр предписал архиереям относиться к противникам Церкви с «кротостью и разумом».
Для поднятия в среде православной паствы общего уровня нравственности были изданы указы, «чтобы в городах и уездах всякого чина мужского и женского пола люди у отцов своих духовных исповедовались ежегодно», причём за уклонение от исповеди взимался штраф. Мера эта, кроме целей нравственного характера, имела в виду, главным образом, установить принадлежность данных лиц к древнему благочестию, за что они и облагались двойным налогом. Особыми указами, изданными в 1718 году, предписывалось православным обывателям непременно посещать церкви и в храмах стоять с благоговением и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф, взимаемый тут же в церкви особым приставленным для того «добрым человеком». Сам Пётр очень любил ознаменовывать все торжественные дни своей жизни торжественными церковными служениями. Чтение по городам известия о полтавской победе, например, сопровождалось молебном и пятидневным церковным звоном.
Для поднятия нравственного уровня самого духовенства был издан наказ архиереям, рекомендовавший им кротость в обращении с подчинёнными, осторожность в принятии «невѣдомыхъ гробовъ» за святые мощи и в явлении чудотворных икон. Запрещалось вымышлять чудеса. Предписывалось не допускать юродивых; архиереям указывалось, чтобы они в мирские дела не входили, разве «явная неправда будет», — тогда позволялось писать царю. По росписи 1710 года архиереям было назначено жалование от одной до двух с половиной тысяч рублей в год. Ещё в 1705 году была произведена генеральная чистка духовенства, из состава которого были выключены и отмечены солдаты и оклад: дьячки, монастырские слуги, поповичи, пономари, их дети и свойственники.
Тогда же Пётр принялся за необходимый институт древнерусского благочестия — нищенство. Всех просящих милостыню было приказано перехватать и для разбора и наказания отвести в Монастырский приказ, причём всякого чина людям запрещалось подавать милостыню бродячим нищим. Кого обуревала жажда подаяния милостыни, тому предлагалось подавать в богадельни. Кто не слушался указа и подавал милостыню бродячим нищим, тех хватали и брали с них штраф. По улицам Москвы и других городов ходили подьячие с солдатами и забирали и нищих и благотворителей. Однако в 1718 году Петру пришлось сознаться, что, несмотря на все его меры, число нищих умножилось. Он ответил на это драконовскими указами: нищих, схваченных на улицах, было приказано нещадно бить, и если они окажутся владельческими крестьянами, то отсылать их к владельцам с наказом, чтобы они посадили этого нищего на работу, дабы он даром хлеба не ел, а за то, что помещик допустил своего человека до нищенства, он должен был уплатить пять рублей штрафа. Попавшим в нищенство второй и третий раз было приказано бить на площади кнутом и отсылать мужчин на каторгу, женщин — в шпингауз (прядильню), детей — бить батогами и отсылать на суконный двор и прочим мануфактурам. Несколько раньше, в 1715 году, было приказано хватать нищих и отводить в приказы для розыска. К 1718 году в Москве было устроено более 90 богаделен, и в них жило до 4500 нищих, слабых, получавших корм от казны. Организация благотворительной помощи действительно страждущим была довольно хорошо проведена в Новгороде благодаря самоотверженной деятельности Иова. Иов, по собственному почину, в самом начале Северной войны 1700—1721 годов устроил в Новгороде больницы, воспитательные дома. Царский указ тогда же одобрил все начинания новгородского владыки и рекомендовал сделать то же во всех городах.
Патриарший Местоблюститель был всецело во власти государя и не имел никакого авторитета. Во всех важных случаях он должен был советоваться с другими епископами, которых ему предлагалось попеременно вызывать в Москву. Результаты всех совещаний местоблюститель патриаршего престола (первым был митрополит Стефан Яворский) должен был представлять на утверждение государя. Это собрание очередных епископов из епархий называлось, как и прежде, Освященным собором. Этот Освященный собор в духовных делах, а боярин Мусин-Пушкин с его Монастырским приказом — в других, значительно ограничивали власть местоблюстителя патриаршего престола в управлении церковью. Мусин-Пушкин в качестве начальника Монастырского приказа всюду продвигается Петром, как какой-то помощник, товарищ, иногда чуть не начальник местоблюстителя патриаршего престола. Если в обязательном Освященном соборе из ежегодно созываемых по очереди архиереев при местоблюстителе можно видеть прообраз Святейшего Синода, то начальник Монастырского приказа выступает как предок синодского обер-прокурора.
Положение главы русского духовенства стало ещё тяжелее, когда с 1711 года вместо старой Боярской думы стал действовать Правительствующий Сенат. По указу об учреждении Сената все управления, как духовные, так и мирские, должны были повиноваться указам Сената как царским указам. Сенат сразу овладел и верховенство в духовном управлении. С 1711 года блюститель патриаршего престола не может без Сената поставить архиерея. Сенат самостоятельно строит церкви в завоеванных землях и сам приказывает псковскому владыке поставить туда священников. Сенат определяет игуменов и игумений в монастыри, в Сенат направляют свои просьбы о позволении поселиться в монастырь инвалиды-солдаты.
В 1714 году в Москве возникло дело о лекаре Тверитинове, обвинявшемся в приверженности к лютеранству. Дело пошло в Сенат, и Сенат оправдал лекаря. Митрополит Стефан рассмотрел тогда сочинения Тверитинова и нашёл его мнения безусловно еретическими. Снова поднялось дело и снова дошло до Сената. На разборе дела в Сенате присутствовал сначала и местоблюститель. Но Сенат снова высказался о невинности Тверитинова. Прения между сенаторами с местоблюстителем были очень упорны.
С 1715 года все центральные учреждения начали сосредотачиваться в Петербурге и разделяться на устроенные коллегиально ведомства. Конечно, Петру приходит мысль включить на тех же основаниях в механизм государственного управления и управление церковью. В 1718 году местоблюститель патриаршего престола, временно пребывавший в Петербурге, получает указ его величества — «жить ему в Петербурге постоянно и архиереям приезжать поочерёдно в Петербург же, против того, как в Москву приезжали». Это вызвало недовольство митрополита, на что Пётр ответил резко и сурово и впервые высказал мысль о создании Духовной коллегии.
Ключевой фигурой в деле организации Духовной коллегии был малороссийский богослов, ректор Киево-Могилянской Академии Феофан Прокопович, которого Пётр встретил в 1706 году, когда он при закладке Печерской крепости в Киеве говорил встречную государю речь. В 1711 году Феофан был при Петре в Прутском походе. 1 июня 1718 года он был наречён в псковские епископы, а на следующий день он был посвящён в архиерейский сан в присутствии государя. Вскоре Прокоповичу было поручено составление проекта создания Духовной коллегии.
25 января 1721 года Пётр подписал манифест об учреждении Духовной Коллегии, получившей вскоре новое наименование Святейшего правительствующего Синода. Заблаговременно созванные члены Синода принесли 27 января присягу, и 14 февраля произошло торжественное открытие нового управления церковью.
В тогда же опубликованном при особом указе Регламенте Духовной Коллегии объяснялись, по обыкновению Петра, «важныя вины», которые заставили его предпочесть соборное или коллегиальное и синодальное управление церковью единоличному патриаршеству:
«Велико и сіе, что отъ соборнаго правленія можно не опасатися отечеству мятежей и смущенія, яковые происходятъ отъ единаго собственнаго правителя духовнаго. Ибо простой народъ не вѣдаетъ, какъ разнствуетъ власть духовная отъ самодержавной, но великою высочайшаго пастыря честію и славою удивляемый, помышляетъ, что таковый Правитель есть то вторый Государь, равносильный Самодержцу, или и больше его, и что духовный чинъ есть другое и лучшее государство, и се самъ собою народъ такъ умствовати обыклъ. Что же егда еще плевельные властолюбивыхъ духовныхъ разговоры приложатся и сухому хврастію огнь подложатъ? И когда услышится нѣкая между ними распря, вси духовному паче, нежели мірскому правителю, аще и слѣпо и пребезумно, согласуютъ и льстятъ себѣ, что они по Самомъ Богѣ поборствуют.»