Венцом всего явился арест, следствие и подготовка суда над патриархом Тихоном, смертью которого в 1925 г. и заканчивается этот этап. После смерти патриарха начинается период смуты, "нестроения" в церковной жизни и новые попытки поиска основ взаимоотношения церкви и власти. К важнейшим социально-политическим факторам, определившим "границы" периода, следует отнести, прежде всего "закат" Нэпа, когда закончился непродолжительный период хотя и ограниченного плюрализма, еще сохранявшейся возможности ведения дискуссий и существования оппозиции в партии. В это же время происходит перегруппировка сил в ЦК и Политбюро после смерти В.И.Ленина и начинается новый виток жесточайшей внутрипартийной борьбы, усиливается диктаторский характер власти. Указанные обстоятельства сказались на изменении политики власти в отношении церкви.
В начале 1927 г. по предложению НКВД начинается работа над законопроектом, который бы регулировал деятельность религиозных организаций в РСФСР и стал образцом для других республик. В работе над ним, продолжавшейся до 1929 г., приняли участие Антирелигиозная комиссия ЦК РКП (б), НКВД, НКЮ, ОГПУ.
Проект получил название "Положение о культах и культовом имуществе", включая в себя 33 статьи, определявшие порядок организации "групп верующих" и их права, правила пользования культовыми зданиями и имуществом, проведения религиозных церемоний и многое другое.
Он предусматривал возможность существования религиозных организаций лишь в одной форме - в виде групп верующих, чья деятельность связывалась исключительно с культовым зданием и совершением религиозных обрядов. Вводилось ограничение на отправление культа и произнесение проповедей, которые отныне были свободны, если не нарушали распоряжений властей и не были направлены против основ социалистического общества.
Общая направленность этого документа подразумевала введение множества дополнительных, к ранее существовавшим, ограничений, ужесточение контроля за деятельностью религиозных организаций, расширение зоны запретов и сужение поля самостоятельности в действиях верующих и религиозных общин.
Проект обсуждался в различных центральных ведомствах, и было принято решение не выносить его на утверждение в силу того, что он « не вносит чего-либо нового в основной закон от 23.01.18 г. и не выявляет каких-либо особых положений, требующих своего разрешения в законодательном порядке.»
В феврале 1929 г. за подписью секретаря ЦК ВКП (б) Л. Кагановича в республиканские, краевые, областные, губернские и окружные партийные комитеты рассылается письмо ЦК ВКП (б) "О мерах по усилению антирелигиозной работы" (принято 24.01.29 г.).
В нем была предпринята попытка проанализировать ситуацию, сложившуюся в стране в религиозной сфере, выявить успехи и неудачи антирелигиозной работы; наметить ближние и перспективные цели и задачи в данной области партийных, государственных, хозяйственных и общественных организаций.
В письме констатируется, что в стране активно развивается процесс изживания религиозности, который, однако, "тормозится", во-первых, недостаточным вниманием к этой работе со стороны партийцев, комсомольцев, членов профсоюза и других советских организаций, а во-вторых, оживлением деятельности религиозных организаций, их стремлением приспособиться к новым социальным условиям.
Спущенное на места письмо, по сути, развязало руки местным работникам, санкционируя "силовое" давление на религиозные организации, которые на основе постулата об обострении классовой борьбы в ходе социалистического строительства были зачислены в разряд противников социализма.
Тот факт, что письмо "О мерах по усилению антирелигиозной работы" развязало руки местным работникам, подтверждают данные Архивного управления ФСБ Курской области.
Так, сотрудники полномочного представительства ОГПУ по Центрально-Черноземной области зафиксировали в декабре 1929 года большое число «перегибов» при закрытии храмов. Многие партийные и советские работники, особенно занимавшиеся хлебозаготовками, считали необходимым в свой рабочий план включить и вопрос о закрытии церквей, которое обычно производились в административном порядке, т.е. без широкой массовой и пропагандистской деятельности.
В одном лишь Валуйском районе Острогожского округа из 17 действовавших на тот момент церквей было закрыто 8. Несмотря на имеющиеся указание ВЦИК производить закрытие церквей «на основании соответствующих законоположений», председатель местного РИКа заявлял: «Не лезьте с вашими разъяснениями и не мешайте работать революции - закрывать церкви».
Вполне естественно, что такой подход со стороны местных органов власти, как справедливо отмечали чекисты, вызывал в ряде районов ЦЧО массовые волнения крестьян.
Только в декабре 1929 года сотрудники ОГПУ было зафиксировано одиннадцать массовых выступлений крестьян: 10 - на религиозной основе и лишь одно на почве коллективизации. Основанием для выступлений, как правило, являлись «ненормальности в отдельных звеньях низового аппарата в части закрытия церквей».
Так, 1 декабря 1929 года партийная ячейка и сельский совет слободы Филипенково Бутурлинского района Россошанского округа вынесли постановление о закрытии местной церкви. Для реализации этого решения в сельский совет четырежды вызывался священник прихода, где его просили отказаться от сана, обещая взамен работу в комитете по ликвидации неграмотности.
Лишь на пятый раз батюшка согласился выступить на собрании граждан и объявить о снятии сана. В назначенный час деревенская изба-читальня не смогла вместить всех, около 650, желающих. И это не считая большого количества пришедших вместе с родителями детей. Предложение организаторов встречи провести заседание непосредственно в помещении церкви вызвало по понятным причинам протест собравшихся. Тогда президиум предполагаемого сбора, объявив о переносе собрания на другое время, пошел на уловку, а фактически на обман сельчан. Чуть позже, но в тот, же день, было проведено заседание с участием еще не успевших разойтись граждан, поддержавших заранее подготовленное постановление райисполкома о закрытии церкви.
Наутро толпа, численностью до 400 человек, собралась на площади перед церковью, требуя отмены решения состоявшегося накануне собрания. Одновременно около двадцати женщин ворвались в здание сельсовета и избили его председателя Петренко. Лишь к обеду, где уговорами, а где угрозами, местные власти смогли развести людей по домам.
В декабре 1929 года органами ОГПУ в Центрально-Черноземной области было «изъято» 1672 человека по обвинению в проведении «антисоветской агитации» и участии в «террористической деятельности». По социальному положению «изъятый антисоветский элемент» состоял из «кулаков - 881, зажиточных - 88, середняков - 133, бедняков - 9, бывших помещиков - 103, ПОПОВ - 176, торговцев - 180, служащих - 35, кустарей-8, рабочих - 2, прочих - 57.»
Архивные документы позволяют познакомиться и с настроениями духовенства, монашествующих и просто верующих людей в связи с политикой государства в отношении церкви, их готовность, как, например, монах Василий Белобров, умереть «за веру православную». Они не скрывали своего отношения к существующему строю, гонениям на церковь. Находящийся на покое епископ Николай Могилевский, обвиняемый в «организации контрреволюционного элемента вокруг церквей Орловской епархии», откровенно признавал себя сторонником такого государственного образа правления, который «сохранил бы религию и единство православной церкви, то есть строя монархического.
Мое недовольство Советской властью возникло в период закрытия монастырей, применения репрессий к духовенству, церковного раскола (появление обновленцев, автокефалистов и т.п.). В дроблении православной церкви я вижу вину Советской власти… Окружающее меня духовенство знало мои убеждения».
Рассекреченные архивные материалы позволяют сделать вывод о сопротивлении, как правило, пассивном значительной части крестьянства мероприятиям партийных и советских органов, проводимых в деревне. Одним из видов духовного (идеологического) протеста можно считать и народное творчество, находившее свое воплощение в стихотворениях, частушках, обращениях, прокламациях, листовках.
Крестьянство, в силу своих социокультурных особенностей и православных традиций, как могло, противилось антирелигиозной политике руководителей государства, осознававших, что в условиях проведения насильственной коллективизации именно церковь может стать опорной базой сопротивления режима. И это несмотря на то, что высшие церковные иерархи проявили лояльность по отношению к советской власти. Подчеркивая, что всякая власть есть власть от Бога, они призвали верующих признать Советский Союз своей гражданской родиной, «радости и успехи которой - наши радости и успехи, а неудачи - наши неудачи».