Одобрение указа Госсоветом оказывалось, таким образом, предопределённым. Первым его противникам оставалось, по словам Р.Д. Самарина, "считаясь с ним как уже с неизбежным злом, думать о том, нельзя ли каким-нибудь способом, если не совершенно предотвратить, то хотя бы до некоторой степени ослабить вредные последствия означенного закона".
Из Думы в Госсовет законопроект поступил 8 мая 1909 года, однако до конца четвёртой сессии так и не был поставлен на обсуждение. В начале пятой сессии, 17 октября, общее собрание Госсовета единогласно постановило передать его в Особую Комиссию (ОК) из 30 членов. 20 октября эта комиссия была образована. Председателем её был избран лидер "центра" кн. П.Н. Трубецкой. В работе ОК приняли участие представители ведомств и члены Госсовета, выразившие желание участвовать в заседаниях. К обсуждению отдельных вопросов привлекались видные члены Думы, учёные, специалисты. Работа ОК была организована на основе программы занятий, составленной по предложению председателя и единогласно принятой ОК.
Обсуждение первого отдела программы было долгим и напряжённым. И хотя оно завершилось единогласным решением перейти к обсуждению законопроекта, в комиссии обнаружились расхождения принципиального свойства. Противником не только думского законопроекта, но и указа 9 ноября заявил себя Я.Д. Ушаков, который идеализировал общину, видя в ней основу порядка и справедливости. Принцип общины, утверждал он, "миром Господу помолимся". Он не только отказывается связывать с общиной упадок сельскохозяйственной культуры и обнищание крестьянства, как это делали защитники указа, но и утверждал, что "об обнищании России вообще говорить не приходится". Указ 9 ноября, по мнению Ушакова, разрушая общину, потрясает основы народного быта, разоряет народ, утверждает несправедливость, порождает обиду, вражду в семьях, увеличивает число преступлений, ибо идея хутора есть идея обособленности, здесь господствует принцип "человек человеку волк". Считая крестьянское общество юридическим лицом, Ушаков подводил общинную собственность, подобно дворянской, под ст. 420 Х тома Свода законов; поэтому укрепление общинной земли в личную собственность воспринималось им как экспроприация земли у одного собственника в пользу других. Наконец, Ушаков опасался, что возможность залога и отчуждения укреплённых в личную собственность надельных земель поведёт к уменьшению земельного фонда крестьянства и массовому накоплению "безземельного пролетариата".
Другой правый член комиссии, В.А. Бутлеров, сформулировал прямо противоположный взгляд: "Если ставить вопрос об отклонении законопроекта, то лишь с точки зрения его недостаточности для уничтожения общинного строя". Он находил предпринятую реформу целесообразной, но недостаточно последовательной и решительной, а ход ее - медленным: если за три первых года укрепился 1 млн. домохозяев из 9200 тысяч, то "вся реформа осуществится через 27 лет. Где же тут быстрота?". Основная часть правых членов ОК, отвергая законопроект Думы, пыталась "обезвредить" и собственно указ. О главном, что определяло неприятие ими указа, правые умалчивали. Свою позицию они мотивировали интересами государства, большинства крестьянского населения и правительства. Думские дополнения к указу, по их словам, "совершенно недопустимы", так как содержат "элемент законодательной принудительности", предусматривают ломку общины и могут "вызвать пассивное сопротивление", и в то же время не будут "иметь никакого практического значения в смысле приближения к идеалу, к главной цели принимаемых мер - к хуторскому или отрубному владению". Собственно указ 9 ноября не только не отвергался, но было отмечено его "крупное государственное значение", он признавался "своевременной и необходимой" мерой, оправдывалось применение в этом случае ст. 87, и даже высказывалась надежда, что осуществлённый в жизни, он создаст тот тип мелкого собственника, который, "естественно, окажется полезным и дельным сотрудником в общем государственном строительстве".
Вместе с тем правые пытались сузить задачи указа в соответствии со своими интересами. Считая общину переходной стадией, имеющей "известные недостатки", и признавая, что общинное и подворное хозяйство - "плохая среда для развития сельского хозяйства", они тем не менее настойчиво проводили мысль о необходимости "осторожного" отношения к общине, утверждая, что общинный строй соответствует правосознанию значительной части крестьянства и гарантирует "от образования пролетариата и раз вития нищеты". В связи с этим подчёркивалось "достоинство" указа 9 ноября, который "не ставит вопрос ребром, не ломает общины, а, делая попытку согласовать различные формы землевладения, открывает простор личному почину". Было оспорено утверждение о связи общины как с "аграрными беспорядками", так и с общей отсталостью сельского хозяйства империи. Все конкретные поправки с целью "обезвреживания" указа 9 ноября шли в русле общей задачи затормозить процесс ликвидации общины.
Более решительную позицию - общину не трогать, а хутора и интенсивное хозяйство насаждать на землях, находящихся в распоряжении Крестьянского банка, - занял член правой группы Госсовета граф Д.А. Олсуфьев, принимавший участие в работе ОК в качестве приглашённого. Его пугал "быстрый темп, которым пошло земельное дело" в то время, когда "понятия крестьян спутаны" (среди них "господствует настроение, совершенно устраняющее заботу о завтрашнем дне"). Законопроект, по мнению графа, вводил "земельный ажиотаж".
На отношении к законопроекту левой группы не могло не сказаться то, что позитивная работа над ним в духе партийной программы была не возможна из-за незначительного удельного её веса в Госсовете. Несомненно и то, что приоритетной для левых была так называемая "реформа общегражданского характера"; аграрная же реформа Столыпина лишь отодвигала её, делая всё более проблематичной. Поэтому реакция левых членов ОК была негативной.
Думское дополнение они отвергали, не видя "органической связи" его с указом и не принимая "принудительного порядка перехода" к личному землевладению. Что касается собственно указа 9 ноября, то левые, не возражая против "желательности и даже необходимости урегулировать вопрос о выходе из общины отдельных её членов группами или даже в одиночку", подвергли его резкой критике. Главный недостаток указа в том, что он не выдерживает начала беспристрастного отношения: перетягивая "весы в пользу подворного владения", он тем самым ведёт к разложению общинного землевладения, между тем как "крестьянским обществам должен быть обеспечен свободный переход к тому или иному виду землевладения". Указ представлялся левым не справедливым: "интересы населения, владеющего землёй на общинном праве, приносят в жертву выгодам переходящих к личному владению". Отсюда опасения, что указ "грозит не только не устранить" неустойчивость земельных отношений, но "даже усилить её ко вреду земледелия". Левые не разделяли надежд на указ, в его последствиях они усматривали немало сомнительного и опасного: выделившиеся далеко не всегда консерваторы и друзья собственности; слабые оказываются брошенными на произвол судьбы; растёт пролетариат "при слабом у нас развитии промышленности".
Признавая, что община не представляет собой совершенную форму землевладения и, "несомненно, со временем уступит место другим формам", они категорически были против её "ломки". "Нужно действовать осторожно, - говорил А.А. Мануйлов, - на почве реформ и не отрывать народ от исторических реформ. Правительство имеет земельный фонд и может устроить внутреннюю колонизацию, не толкая общину в пропасть". Нельзя связывать, утверждал М.М. Ковалевский, с общиной "все неурядицы, происходившие на русской земле", причины нашей отсталости "не в общине".
Успешное претворение указа 9 ноября, так подчеркиваемое его защитниками, левые ставили под сомнение: "Настроение выделившихся крестьян далеко не всюду восторженное. К выделу обыкновенно побуждают не соображения неудобства общинного землевладения, а иные, как то: неприятности с миром, мысль заняться промышленностью, а главное, какая-то неразумная идея, что если не выделиться, то землю отнимут". Ссылаясь на "печальный опыт англичан в Индии", на законодательную практику и науку Запада, левые члены ОК призывали "соблюдать в данном деле большую осторожность".
Таким образом, в стремлении не допустить ускоренного разрушения общины в ОК сложилась внушительная коалиция из 9 правых её членов, 3 левых и 1 из "центра". Они сошлись на том, что содержание обсуждаемого законопроекта "надлежало бы ограничить лишь правилами, определяющими условия и порядок выхода отдельных крестьян из общины, по их о том заявлениям, и юридические представления такого выхода".
Большинство ОК (14 членов "центра" и правые В.И. Карпов и С.С. Стромилов) признало "правильным допустить переход от общинного землевладения к личной собственности на трёх главных основаниях, какие указаны в законопроекте, одобренном Государственной думой". Важнейшую свою задачу сторонники реформы видели в обосновании собственно указа 9 ноября. Прежде всего подчёркивалась его предопределенность реформой 1861 года: хотя сохраняла сложившиеся в дореформенный период порядки землепользования у крестьян, "однако уже и тогда предусматривалась возможность выхода отдельных крестьян из общины и выдела в частную собственность причитающихся им участков". Теперь, после отмены выкупных платежей "не может быть отказано в осуществлении того права, которое было предоставлено" крестьянам ещё в 1861 г. Однако определить долю участия каждого в выкупе земли оказалось практически невозможно из-за несовершенного счетоводства по внесенным платежам, неисправного содержания волостных архивов, частных пределов. Возникла необходимость определить законные способы осуществления этого права, что и было сделано указом 9 ноября.