Основными являлись министерства: иностранных дел, вооруженных сил
(в 1950-1953 гг. - военное и военно-морское), финансов, внутренних дел, госбезопасности, госконтроля, тяжелого, транспортного и строительного машиностроения, приборостроения, станкостроения, министерства топливной промышленности и энергетики, а также медицинской, лесной, химической, легкой, рыбной, пищевой промышленности, стройматериалов, пять центральных ведомств транспорта и связи, внутренней и внешней торговли и, наконец, пять министерств, руководивших сельским хозяйством страны. Если в 1945 г. существовало 25 промышленных наркоматов, то уже в 1947 г. в этой сфере насчитывалось 34 министерства.
Для послевоенного периода характерны неоднократные реорганизации, слияния, разделения министерств, главным образом промышленных. Это обусловливалось специализацией промышленности, которая вела к разукрупнению министерств и разбуханию их аппарата. В марте 1953 г. была проведена общая реорганизация союзных министерств: вместо 24 осталось II укрупненных ведомства, их штаты были сокращены.
Наряду с министерствами существовали плановые и снабженческие органы: Государственная плановая комиссия (Госплан), Государственный комитет по материально-техническому снабжению народного хозяйства (Госснаб), Государственный комитет по внедрению передовой техники в народное хозяйство (Гостехника) и др.
Укрепление командно-административной системы проявлялось в усилении массовых репрессий. Авторитарный режим нуждался в постоянном нагнетании и поддержании в самом партийно-административном аппарате обстановки взаимного недоверия, поиска внутренних врагов. Для этого существовало несколько причин.
Во-первых, огромную роль играла борьба за власть среди ближайшего окружения Сталина. В этой борьбе использовались любые средства, включая фабрикацию уголовных дел. Так, например, сфабрикованное в 1949 г. «ленинградское дело» связано с именами ближайших соратников И.В. Сталина - Г.М. Маленковым, Л.П. Берией, М.Ф. Шкирятовым, В.С. Абакумовым и др. Оно способствовало устранению части молодых партийных и государственных работников, выдвинувшихся на руководящие посты в годы войны и в первые послевоенные годы. Жертвами «дела» стали сотни людей, в том числе члены Политбюро, Оргбюро и Секретариата ЦК ВКП(б). 1 октября 1950 г. военная коллегия Верховного Суда СССР с ведома и одобрения Сталина приговорила к расстрелу академика Н.А. Вознесенского - члена Политбюро, заместителя председателя СМ СССР, председателя Госплана СССР; А.А. Кузнецова - члена Оргбюро, секретаря ЦК, руководителя (совместно с А.А. Ждановым) обороны Ленинграда в годы войны; М.И. Родионова - члена Оргбюро ЦК ВКП(б), председателя СМ РСФСР; П.С. Попкова - кандидата в члены ЦК ВКП(б), первого секретаря Ленинградского обкома и горкома партии; Я.Ф. Капустина - второго секретаря Ленинградского горкома партии; П.Г. Лазутина - председателя Ленинградского горисполкома. Всем осужденным было предъявлено обвинение в создании антипартийной группы, в подрывной деятельности, направленной на превращение Ленинградской партийной организации в опору для борьбы с партией и ее ЦК.
Во-вторых, за годы войны возросли самостоятельность и ответственность местных руководителей. Переход к мирной жизни сопровождался стремлением центра подавить какую бы то ни было инициативу, установить мелочную опеку. Репрессиям по «ленинградскому делу» подверглись, например, все руководители обкома и горкома партии, районных парторганизаций Ленинграда и области, почти все советские и государственные деятели, выдвинутые после войны из Ленинграда на руководящую работу в центральный партийный и советский аппарат, в другие областные организации ВКП(б). Только в Ленинграде в 1949 - 1952 гг. от работы были освобождены более 2 тыс. коммунистов. После расправы над «центральной группой» в 1950 г. состоялись судебные процессы в различных регионах страны. «Дело» приобретало все больший размах, появились «дело Смольнинского района», «дело Дзержинского района» и др. Обстановку изменила смерть Сталина, и уже 30 апреля 1954 г. Верховный Суд СССР реабилитировал часть осужденных по «ленинградскому делу». По такой же отработанной схеме развивалось и «мингрельское дело», нанесшее в 1951 г. удар по грузинской партийной организации. Оно было построено на версии о существовании в Грузии «мингрело-националистической группы», связанной с парижским центром грузинской эмиграции и ставящей целью ликвидировать советскую власть в Грузии. Были сняты со своих должностей и арестованы многие руководящие партийные и советские работники, подверглись репрессиям тысячи ни в чем не повинных людей.
В-третьих, победа над фашизмом обострила у советских людей чувства национального и личного достоинства, изменила морально-психологическую атмосферу в обществе. Люди больше не хотели быть послушными «винтиками» в огромном механизме. Это противоречило сущности функционирования тоталитарного государства. С помощью репрессий оно пыталось восстановить идеологический контроль над обществом. Борьба за умы советских людей в конце 1940-х гг. развернулась под знаком борьбы с космополитизмом и низкопоклонством перед достижениями культуры Запада. Космополитами были объявлены представители интеллигенции, в деятельности которых можно было заметить «преклонение перед всем западным». Борьба с космополитизмом вылилась в крупномасштабную пропагандистскую кампанию. Особенно она затронула историческую науку. Многие известные советские ученые
(И.И. Минц, И.М. Разгон и др.) были обвинены в искажении истории советского общества, в том, что они принижают роль СССР в мировом историческом процессе. Все это сопровождалось административными мерами и «проработками» известных ученых. Подобные «дискуссии» ЦК партии провел по вопросам философии, политэкономии и языкознания. А.А. Жданов - «главный идеолог партии» - призывал советских ученых «возглавить борьбу против растленной и гнусной буржуазной идеологии». Идеологический нажим на интеллигенцию в конце 1940-х годов по имени его организатора получил название «ждановщины». В 1946-1948 гг. был принят ряд постановлений ЦК по вопросам литературы и искусства. В августе 1946 г. вышло постановление «О журналах «Звезда» и «Ленинград». В нем оскорбительной критике было подвергнуто творчество А.А. Ахматовой и М.М. Зощенко. Поводом для него послужила публикация в журнале «Мурзилка» рассказа М.М. Зощенко «Приключения обезьянки», перепечатанного затем литературным журналом «Звезда». Творчество этих авторов было признано несовместимым с социалистическим мировоззрением, в их адрес звучали политические обвинения. На судьбах многих деятелей культуры тяжело отразились и такие постановления ЦК партии, как «О репертуаре драматических театров», «О кинофильме «Большая жизнь», «Об опере «Великая дружба» В. Мурадели» и др. Административное вмешательство в творческую деятельность представителей культуры, политические оценки художественного творчества способствовали укреплению авторитарного режима.