Негласный Комитет занимался обсуждением различных реформ в течение всего 1801 года, вплоть до мая 1802 года. Потом он не собирался полтора года. Затем члены его собрались несколько раз в 1803 году, а потом Негласный Комитет перестал существовать. Да и необходимость в нем по существу отпала.
Следующие шаги Александра I были связаны с реорганизацией государственного управления и соответствовали сложившейся в этой сфере практике предшествующих царствований. В сентябре 1802 г. серией указов была создана система из восьми министерств: Военного, Военно-морского, Иностранных дел. Внутренних дел. Коммерции, Финансов, Народного просвещения и Юстиции, а также Государственного казначейства на правах министерства. Министры и главноуправляющие на правах министров образовывали Комитет министров, в котором каждый из них обязывался выносить на обсуждение свои всеподданнейшие доклады императору. Первоначально статус Комитета министров был неопределенным, и лишь в 1812 г. появился соответствующий документ.
Одновременно с созданием министерств была осуществлена и сенатская реформа. Указом о правах Сената он определялся как «верховное место империи», чья власть ограничивалась лишь властью императора. Министры должны были подавать в Сенат ежегодные отчеты, которые тот мог опротестовывать перед государем. Именно этот пункт, с восторгом встреченный верхушкой аристократии, уже через несколько месяцев стал причиной конфликта царя с Сенатом, когда была сделана попытка опротестовать доклад военного министра, уже утвержденный императором, причем речь шла об установлении сроков обязательной службы дворян, не выслуживших офицерского чина. Сенат усмотрел в этом нарушение дворянских привилегий. В результате конфликта последовал указ от 21 марта 1803 г., запрещавший Сенату делать представления на вновь изданные законы. Таким образом, Сенат был фактически низведен до прежнего положения. В 1805 г. он был вновь преобразован, на сей раз в чисто судебное учреждение с некоторыми административными функциями. Главным же органом управления стал, по сути, Комитет министров.
Инцидент с Сенатом в значительной мере предопределил дальнейшее развитие событий и планы императора. Превратив Сенат в представительный орган с широкими правами, Александр сделал то, от чего отказался годом раньше. Теперь он убедился, что исключительно дворянское представительство без правовых гарантий другим сословиям становится для него только преградой, добиться чего-либо можно, только сконцентрировав всю власть в своих руках. По сути, Александр пошел по тому пути, на который с самого начала его толкали «молодые друзья» и старый наставник Лагарп. По-видимому, к этому времени, и сам император ощутил вкус власти, ему надоели постоянные поучения и нотации, непрекращающиеся споры его окружения, за которыми легко угадывалась борьба за власть и влияние. Так, в 1803 г. в споре с Г. Р. Державиным, бывшим в это время генерал-прокурором Сената, Александр произнес знаменательные слова, которые едва ли можно было услышать от него раньше: «Ты меня всегда хочешь учить, я самодержавный государь и так хочу» (Державин Г. Р. Указ. соч. С. 465).
Начало 1803 г. ознаменовалось и некоторыми сдвигами в решении крестьянского вопроса. На сей раз, инициатива исходила из лагеря сановной аристократии от графа С. П. Румянцева, пожелавшего отпустить своих крестьян на волю и просившего установить для этого законный порядок. Обращение графа было использовано как предлог для издания 20 февраля 1803 г. Указа о свободных хлебопашцах: «Указ его императорского величества самодержца всероссийского из Правительствующего Сената.
По именному его императорского величества высочайшему указу, данному Правительствующему Сенату минувшего февраля в 20-й день за собственноручным его величества подписанием, в котором изображено:
Действительный тайный советник граф Сергей Румянцев, изъявив желание некоторым из крепостных его крестьян при увольнении их /твердить в собственность продажею или на других добровольных условиях участки из принадлежащих ему земель, испрашивал, чтоб условия таковые, добровольно заключаемые, имели то же законное действие и силу, какое прочим крепостным обязательствам присвоено, и чтоб крестьяне, таким образом уволенные, могли оставаться в состоянии свободных земледельцев, не обязываясь входить в другой род жизни.
Находя, с одной стороны, что по силе существующих законов, как то: по манифесту 1775 и указу 12 декабря 1801 годов, увольнение крестьян и владение уволенным землею в собственность дозволено, а с другой, что утверждение таковое земель в собственность может во многих случаях представить помещикам разные выгоды и иметь полезное действие на ободрение земледелия и других частей государственного хозяйства, мы считаем справедливым и полезным как ему, графу Румянцеву, так и всем, кто из помещиков последовать примеру его пожелает, распоряжение таковое дозволить; а дабы имело оно законную свою силу, находим нужным постановить следующее:
1) Если кто из помещиков пожелает отпустить благоприобретенных или родовых крестьян своих поодиночке или и целым селением на волю и вместе с тем утвердить им участок земли или целую дачу, то сделав с ними условия, какие по обоюдному согласию признаются лучшими, имеет представить их при прошении своем через губернского дворянского предводителя к министру внутренних дел для рассмотрения и представления нам; и если последует от нас решение, желанию его согласное, тогда предъявятся сии условия в Гражданской палате и запишутся у крепостных дел со взносом узаконенных пошлин.
2) Таковые условия, сделанные помещиком с его крестьянами и у крепостных дел записанные, сохраняются как крепостные обязательства свято и нерушимо. По смерти помещика законный его наследник, или наследники, вступает во все обязанности и права, в сих условиях означенные. <...>
4) Крестьяне и селения, от помещиков по таковым условиям с землею отпускаемые, если не пожелают войти в другие состояния, могут оставаться на собственных их землях земледельцами и сами по себе составляют особенное состояние свободных хлебопашцев.
5) Дворовые люди и крестьяне, кои доселе отпущаемы были лично на волю с обязательством избрать род жизни, могут в положенный законами срок вступить в сие состояние свободных земледельцев, если приобретут себе земли в собственность. Сие распространяется и на тех из них, кои находятся уже в других состояниях и перейти в земледельческое пожелают, приемля на себя и все обязанности оного». (Цит. по: Российское законодательство Х—ХХ вв. М., 1988. Т. 6. С. 32—33.)
Начальная часть указа намеренно построена так, чтобы показать, что инициатива издания исходит от дворянства, отвечает его интересам и не противоречит уже существующему законодательству. Действительно, получивший вольную крестьянин и прежде мог записаться в мещанство и после этого стать владельцем земли, но тогда он переставал быть земледельцем. Указом же 1803 г. фактически создавалась новая социальная категория свободных хлебопашцев, владеющих землей по праву частной собственности (этим они отличались от государственных крестьян). Условия, на которых должно было происходить освобождение, определялись взаимным договором крестьян с помещиком — оно могло быть как бесплатным, так и за выкуп. Отмечая полезность начинания Румянцева, царь пытался поощрить к этому и других помещиков.
Указ о свободных хлебопашцах имел важное идеологическое значение: в нем впервые утверждалась возможность освобождения крестьян с землей за выкуп. Это положение легло затем в основу реформы 1861 г.
Правительство выражало и свое отношение к крестьянской проблеме в целом. По всей видимости, Александр возлагал на указ большие надежды: ежегодно в его канцелярию подавались ведомости о числе крестьян, переведенных в эту категорию. Практическое применение указа должно было показать, насколько в действительности дворянство готово расстаться со своими привилегиями. Результаты обескураживали: по новейшим данным, за все время действия указа было освобождено 111 829 душ мужского пола, т. е. примерно 2% всех крепостных.
Спустя год правительство сделало еще один шаг: 20 февраля 1804 г. появилось «Положение о лифляндских крестьянах». Ситуация с крестьянским вопросом в Прибалтике была несколько иной, чем в России, поскольку продажа крестьян без земли там была запрещена. Новое положение закрепляло статус «дворохозяев» как пожизненных и наследственных арендаторов земли и предоставляло им право выкупить свой участок в собственность. Согласно положению «дворохозяева» освобождались от рекрутской повинности, а телесному наказанию могли быть подвергнуты лишь по приговору суда. Вскоре основные положения нового закона были распространены и на Эстляндию. Таким образом, в прибалтийской деревне создавался слой зажиточного крестьянства.
В октябре 1804 г. здесь было введено указом еще одно новшество: выходцам из купечества, дослужившимся до чина 8 класса, разрешалось покупать населенные земли и владеть ими на основе договора с крестьянами. Иначе говоря, купленные таким образом крестьяне переставали быть крепостными и становились вольными. Это был как бы усеченный вариант первоначальной программы ликвидации крепостного права. Однако такими полумерами конечная цель не могла быть достигнута. Говоря о попытках решения крестьянского вопроса в первые годы царствования Александра I, следует упомянуть и о том, что в это время прекратилась практика пожалования государственных крестьян помещикам. Правда, около 350 тыс. казенных крестьян были переданы во временную аренду.