Законодательный совет (парламент) был призван вырабатывать законопроекты, принимать законы и контролировать бюджет . При этом султан мог провести свое решение в форме декрета без одобрения парламента, а также мог не утвердить законопроект, принятый советом. Система формирования этого законодательного органа была такова, что султан всегда мог располагать в нём послушным большинством: из 33 членов совета избирались только 16, остальные назначались султаном или входили в него по должности.
По конституции Бруней делился на 4 округа, которым управлял утверждаемый султаном начальник округа (малаец по национальности), при котором находился окружной совет, наделенный чисто совещательными функциями. Выборы в окружные советы были прямыми и всеобщими, а затем каждый совет выбирал из своего состава четырёх представителей в законодательный совет. Конституция также провозглашала малайский государственным языком Брунея.
В августе 1962 г. в Брунее были проведены первые выборы в законодательный совет и окружные советы. Абсолютную победу на них в соперничестве с либеральными просултанскими Национальной партией Брунея и Объединённой партией Брунея одержала НПБ. Это позволило её лидерам потребовать от колониальной администрации и султанского правительства допуска к непосредственному участию в управлении государством. Однако такое желание шло вразрез как с интересами англичан, так и с политикой султанского правительства. На НПБ посыпались обвинения в излишнем радикализме и даже «в ведении коммунистической пропаганды».
Дополнительный накал ситуации предавала нависшая над Брунеем угроза внешнего поглощения: в 1961 г. правительства Великобритании и Малайи договорились о создании единого государства — Федерации Малайзии, в которую должны были войти континентальная Малайя, Сингапур, Саравак, Сабах и Бруней. В июне 1962 г. правительство Брунея заявило о принципиальном согласии на вхождение в новую федерацию. За это же выступили Национальная и Объединённая партии. Народная партия же рассматривала этот шаг как однозначное предательство национальных интересов, считая, что предполагаемое политическое образование будет носить неоколониальный характер.
В сложившейся ситуации шейх Азахари и другие лидеры НПБ пришли к выводу, что легальная борьба не может принести каких-либо серьёзных практических результатов, и взяли курс на подготовку и последующее развертывание вооруженной борьбы. Конечно, многие члены НПБ были истинными патриотами и готовы были отдать свои жизни за свободу родины, что они и доказали в ходе последующих событий, однако при малочисленности населения Брунея, традиционном авторитете, которым пользовался султан, а главное — отсутствии собственных вооруженных сил и флота, рассчитывать только на свои силы повстанцы не могли. Они установили тесные отношения с индонезийским правительством президента Сукарно, который давно вынашивал экспансионистские планы в отношении Саравака, Сабаха и Брунея, и потому посчитал полезным поддержать НПБ, особенно в условиях острого конфликта Индонезии с Малайзией . Повстанцы рассчитывали и на поддержку Филиппин, особенно мусульманской части населения этой страны. Как показало время, эти надежды во многом были беспочвенными.
В обстановке строгой секретности создавалась Национально-освободительная армия Северного Калимантана (НОАСК). Впрочем, отсутствие средств и реальной международной поддержки не позволило сделать НОАСК действительно боеспособным формированием: на момент начала восстания большинство его участников оказались вооружены «старинными ружьями, луками и бамбуковыми копьями».
8 декабря 1962 г. в Брунее было поднято вооруженное восстание. Оно было хорошо спланировано, Народной партии удалось мобилизовать в НОАСК до 15-20 тыс. бойцов (хотя в активных боевых действиях участвовало всего около 5 тыс.). В первые же часы восстания Азахари провозгласил лозунги о полной независимости единого северокалимантанского государства (Калимантан-Утара) и о борьбе против его включения в Федерацию Малайзии. В результате стремительного натиска, повстанцам за несколько дней удалось овладеть значительной частью территории Брунея и некоторыми районами Саравака. Участие в восстании рабочих-нефтяников позволило быстро захватить стратегически важный район нефтепромыслов Сериа. Столица также почти полностью оказалась в руках НОАСК. Английский верховный комиссар и чиновники султанской администрации были арестованы, создавалось революционное правительство. В его манифесте провозглашалось образование единого государства Северный Калимантан во главе с конституционным монархом — султаном Брунея Омаром Али Сайфуддином III. Исполнительная власть, впрочем, полностью переходила к НПБ, а Азахари был объявлен премьер-министром, министром иностранных дел и министром обороны. В манифесте также подчеркивалось, что в случае отказа колониальных властей от карательных мероприятий, «жизненным интересам» англичан на Северном Калимантане не будет ничего угрожать, однако если британские войска все же нападут на повстанцев, Азахари грозился отдать приказ об уничтожении предприятий компании «Шелл».
В сложившейся ситуации решительный перевес повстанцам могла бы дать поддержка их действий султаном Омаром, однако он, предвидя кровопролитное противостояние с англичанами, а также опасаясь потерять большую часть своих прав и привилегий, после непродолжительного колебания выступил против восставших. Уже 10 декабря последовало запрещение НПБ, 20-21 декабря было приостановлено действие конституции и введено чрезвычайное положение. Султан запросил военной помощи у Великобритании и она была тут же оказана. Англичане перебросили на остров дополнительные силы, включая несколько эскадрилий реактивных самолетов, воспользовались поддержкой подразделений австралийской и новозеландской армий, специальный полицейский отряд прислала Малайя. Руководить подавлением восстания прибыл командующий английскими войсками на Дальнем Востоке Найджэл Поэтт . Британские войска совместно с верными султану силами (а таковых также было не мало, поскольку далеко не всем брунейцам импонировал радикализм НПБ) достаточно быстро разгромили слабо вооруженных повстанцев, и к началу 1963 г. на всей территории Северного Калимантана был восстановлен полный контроль колониальных властей. Часть лидеров НПБ была арестована, остальным удалось бежать в Индонезию и Малайзию, а Азахари получил в Индонезии политическое убежище. Уцелевшие остатки НОАСК укрылись в джунглях на индонезийской границе.
Поражению восстания во многом способствовала позиция невмешательства, которую заняли страны, первоначально игравшие большую роль в планах НПБ. Азахари неоднократно подчеркивал, что будет рад военной помощи со стороны Филиппин и Индонезии. В этих странах были созданы Комитеты поддержки северокалимантанского восстания, большинство индонезийских партий и мусульманские партии Филиппин готовили отряды добровольцев для отправки в Бруней, президенты Индонезии Сукарно и Филиппин Макапагал также высказались в поддержку правительства Азахари, однако никакой иной помощи, кроме моральной, повстанцы от своих соседей так и не дождались . Более того, правительства обеих стран подчеркивали свою непричастность к событиям на Северном Калимантане, а когда стал очевиден провал мятежа, порекомендовали своим гражданам и общественным организациям не вмешиваться в конфликт. 19 декабря Макапагал официально отверг ноту Азахари о признании Филиппинами революционного правительства Северного Калимантана .
Вооруженное восстание 1962 г., несомненно, является яркой и героической страницей истории Брунея. Фактически изначально обреченное на поражение вследствие слабости сил повстанцев, оно продемонстрировало стремление маленького народа этой страны любой ценой добиться возможности свободно развиваться и самостоятельно строить свое будущее. Позиция султана, основывающаяся на возможности достижения своих целей ненасильственными методами, в конкретных брунейских условиях оказалась более верной. НПБ не удалось придать восстанию истинную массовость ещё и потому, что партией не была сформулирована конкретная программа социальных преобразований, а энтузиазм восставшего народа держался на нескольких популярных лозунгах . Поражение НПБ в 1962 г. означало неудачу радикального пути борьбы за независимость.
С 1962 г. инициатива освободительной борьбы перешла в руки султана и поддерживающих его либеральных сил. Эту перемену смягчал верноподданнический менталитет брунейцев, складывавшийся на протяжении столетий, а также относительное экономическое благополучие, в котором пребывал султанат в послевоенное время.
Омар Али Сайфуддин III прекрасно понимал, что нужно «ковать железо, пока оно горячо», пока колонизаторы напуганы недавним вооруженным выступлением. Уже в сентябре 1963 г. султан официально заявил об отказе войти в Федерацию Малайзии. Во многом это объяснялось обнаружением новых месторождений нефти у побережья Брунея и нежеланием султана делиться с Федерацией доходами от её продажи. В этом же году Омар Али Сайфуддин отказал в дальнейшем пребывании в своей стране чиновникам малазийского правительства, состоявшим на его службе. В ходе продолжавшихся два года сложных дипломатических игр, султану все же удалось избежать поглощения своей страны, однако взамен этого в 1965 г. Бруней полностью отказался от притязаний на Саравак и Сабах, ставшие провинциями Малайзии.