В 20-х гг.XIX в. Государственный совет утратил свою монополию на законотворчество. С 1826 г. эта работа сосредоточилась в Собственной Его Величества канцелярии, специальных комитетах и министерствах. Собственная Его Величества канцелярия стала органом, возглавившим всю систему центральных отраслевых органов государственного управления. Канцелярия состояла из 6 отделений: первые 3 были образованны в1826 г., четвертое – в 1828 г., пятое – в 1836 г., шестое – в 1842 г. Первое отделение контролировало деятельность министров, министерств, готовило законопроекты, ведало назначением и увольнением высших чиновников. Второе отделение осуществляло кодификационные работы, проводило обобщение юридической практики. Третье отделение руководило борьбой с государственными преступлениями. Четвертое отделение занималось благотворительными учреждениями и женскими учебными заведениями. Пятое отделение было специально создано для подготовки проекта реформы по управлению государственными крестьянами. Шестое отделение занималось подготовкой материалов, относящихся к управлению территорией Кавказа.
После создания новых центральных органов управления, с 20-х гг. XVIII в., окончательно определилась роль Сената – он утвердился как высший судебный орган государства. Все департаменты превратились в высшие апелляционные инстанции для судов губерний. Не увенчалась успехом подготовленная Сперанским реформа разделения Сената на Правительствующий и Судебный. Координацию работы сенадепартаментов осуществлял генерал-прокурор Сената, ставший одновременно министром юстиции.
В начале XIX в. число губерний возросло до 50. «Особенное» (поместное и проч.) управление сохранялось на окраинах империи: в Царстве Польском, на Кавказе. Институт генерал-губернаторов был учрежден в Финляндии, Сибири, Прибалтике, Новороссийске и столицах. Генерал-губернаторы управляли несколькими губерниями. Главами местной администрации были губернаторы, подчинявшиеся министру внутренних дел. Наказ губернаторам 1837 г. провозглашал губернатора «хозяином губернии».
Дальнейшая централизация государственного управления потребовала пересмотреть систему отраслевых органов государственного управления. В течение первого десятилетия XIX в. были были проведены либеральные реформы, направленные на приспособление существующего строя к новым буржуазным отношениям, пытающиеся теснее связать центральный аппарат управления с местными органами и учреждениями. В 1802 г. был принят Манифест об учреждении министерств, положивший начало новой форме отраслевых управленческих органов. В отличие от коллегий министерства обладали большей оперативностью в делах управления, в них усиливалась персональная ответственность руководителей и исполнителей, расширялись значения и влияние канцелярий и делопроизводства. В 1802 г. было образовано восемь министерств: военных сухопутных сил, морских сил, иностранных дел, юстиции, внутренних дел, финансов, коммерции, народного просвещения. В 1811 г. издано Общее учреждение министерств – документ, подготовленный М.М.Сперанским. На основании этого акта власть министров определялась как высшая исполнительная, непосредственно подчиненная верховной императорской власти. Министры и товарищи министров назначались императором, высшие чиновники министерств – императором по представлению министра, низшие – министром. Аппарат министерств подразделялся на департаменты и канцелярии, возглавляемые директорами. Число министерств и приравненных к ним учреждений возросло: появились Государственное казначейство, Ревизия государственных счетов, Главное управление путей сообщения, Главное управление духовных дел разных вероисповеданий, Министерство полиции. Для решения межведомственных вопросов могли созываться совещания министров, которые получили законодательное оформление в 1812 г. в лице Комитета министров, в который входили министры, председатели департаментов Государственного совета, государственный секретарь, остальные члены назначались императором. С усилением роли Канцелярии значение Комитета министров в делах государственного управления снижалось.
После декабрьских событий 1825 г. правительство приняло ряд мер, направленных на усиление государственной и политической безопасности. Это коснулось прежде всего сети специальных карательных и политических органов. Еще в1801 г. была упразднена Тайная экспедиция, а в 1802 г. создано Министерство внутренних дел, возглавившее всю систему полицейских органов. В 1810 г. Из него выделилось особое Министерство полиции, наделенное чисто полицейскими полномочиями, но уже вскоре (в 1819 г.) оно вновь было включено в состав Министерства внутренних дел. В 1837 г. реорганизована система полицейских органов: в связи с делением уездов на более мелкие административно-территориальные единицы появилась полицейская должность станового пристава. Таким образом, полицейская сеть распространилась и в сельские районы страны. В первой половине XIX в. создана разветвленная сеть тюремных учреждений. Первым общегосударственным актом, регулировавшим эту сферу, стал Свод учреждений и уставов о содержащихся под стражей и ссыльных, принятый 1832 г. и дополненный в 1842 г. В нем регламентировался порядок содержания под стражей и ссылки лиц, относящихся к разным сословиям, предусматривались определенные льготы и привилегии для некоторых из них. Государственные преступники содержались в политических тюрьмах, совершившие церковные преступления заключались в монастырские тюрьмы, остальные преступники содержались в общеуголовных тюрьмах.
В первой половине XIX в. были упразднены верхний земский суд, губернский магистрат и верхняя расправа. Судами второй инстанции в губерниях стали палаты уголовного и гражданского суда. Палата гражданского суда выполняла также функции нотариата. Уездный суд был первой инстанцией по незначительным уголовным и гражданским делам всех сословий уезда, кроме городского (горожане судились в ратушах, магистратах, коммерческих и словесных судах). Прокуратура на местах передавалась в ведение Министерства юстиции, образованное в 1802 г., оно же осуществляло судебное управление. Вся судебная система строилась на сословных началах.
Отход от провозглашенных принципов судебной реформы начался по двум направлениям сразу. Прежде всего, все чаще стали практиковаться изъятия из общего судебного порядка с передачей дел на рассмотрение специальных и чрезвычайных судов. Важную роль сыграло также примечание к ст.1 Устава уголовного судопроизводства, допускавшее ситуации, при которых «административная власть принимает в установленном законом порядке меры для предупреждения и пресечения преступлений и проступков». С нарастанием реакции в стране система административной репрессии стала быстро развиваться за счет сокращения числа дел, рассматривавшихся в общих судебных инстанциях. Так, по известному политическому «делу 193-х» суд оправдал большинство подсудимых, однако, после оправдательного приговора эти люди в административном порядке были подвергнуты ссылке на поселение. Телесные наказания, отмененные указом 1863 г., на практике продолжали применяться в соответствии с решением Комитета министров.
В 1871 г. дознание по государственным преступлениям было официально поручено Корпусу жандармов. Собранные материалы должны были передаваться министру юстиции, который мог направить их в судебные инстанции или принять меры к решению в административном порядке. В 1872 г. наиболее важные дела по государственным преступлениям были переданы на рассмотрение Особого присутствия Сената с участием сословных представителей. В 1874 г. из ведения общих судов изъяты дела о «противозаконных сообществах» и участии в них, в 1878 г. – дела о противодействии или сопротивлении властям и покушении на должностных лиц. Обвиняемые в этих преступлениях предавались военному суду.
После покушения на императора Александра II, совершенного народовольцами, усиливается правительственное наступление на судебную систему, порожденную реформой. В 1881 г. было принято специальное «Положение о мерах к ограждению государственного порядка и общественного спокойствия», возвратившее и закрепившее все ранее сделанные изъятия из общего судебного порядка. Согласно этому Положению министру внутренних дел и генерал-губернатору предоставлялось право передавать ряд дел на рассмотрение военных судов для решения по законам военного времени, причем это право не было ограничено территориальными пределами: достаточно, чтобы в одном месте было введено положение чрезвычайной охраны, и оно могло распространяться на любую часть страны. Военные суды рассматривали дела в кратчайшие сроки с минимальными гарантиями прав обвиняемого, приговаривая к самым суровым наказаниям.
Еще в 1866 г. у суда присяжных были изъяты дела о печати, административные органы понуждали прокуроров возбуждать дела против наиболее смелых публицистов и редакторов. Наступление началось задолго до 1881 г.: в интересах конфиденциальности допрос высших должностных лиц с 1869 г. мог производиться на дому, в 1887 г. суду предоставлялось право закрывать двери заседаний, объявляя слушающееся дело «деликатным», «конфиденциальным» или «секретным».
В 1889 г. вступило в действие Положение о земских участковых начальниках, разрушившее раздельность судебной и административной властей. Этим актом был нанесен серьезный удар по системе мировых судов, их число существенно сократилось, а затем они исчезли вовсе (1913 г.). В уездах вместо мировых судей вводится институт земских начальников, наделенных широкими административно-судебными правами в отношении крестьянского населения. Они осуществляли контроль над сельскими и волостными органами самоуправления, руководили полицией и надзирали за деятельностью волостных судов. Сословный принцип подбора кадров проявился здесь очень явно.