В ответ на это в стране созревает идея созыва всенародного ополчения для борьбы с иноземными захватчиками. Созданию такого ополчения во многом способствует и распад Тушинского лагеря, который теперь находится под Калугой. В декабре 1610 года Лжедмитрий II был убит одним из своих же приверженцев. После этого часть казаков и небольшое количество оставшихся в лагере бояр вступают в ополчение. Вождем его стал рязанский воевода Прокопий Ляпунов. К марту 1611 года это ополчение фактически сформировалось. В нем участвовали дворяне и дети боярские под предводительством Ляпунова, тушинские дворяне во главе с князем Дмитрием Трубецким и казаки из Тушина, атаманом которых был Заруцкий и Просовецкий. Силы ополчения подошли к Москве и завязали сражение, в котором приняли участие и восставшие горожане. Освободить Москву не удалось: поляки подожгли город, ополченцам пришлось отступить. Однако повстанцы удерживали территорию Белого города, поляки же занимали только Кремль и Китай-город; его сообщение с остальной страной было почти полностью прервано.
Ополчение приняло решение создать свой высший орган власти- Совет Всея Земли, который возглавлял Ляпунов, Трубецкой и Заруцкий. Ополчение действовало нерешительно, его раздирали внутреннее противоречия – главным образом между казаками и дворянами. По инициативе Ляпунова 30 июня 1611 года был принят «Приговор Всея Земли», который в общих чертах предусматривал будущее устройство России. Этот приговор носил ярко выраженный дворянский, крепостнический характер, направленный против казаков: они не имели права занимать какие-либо государственные должности. Казачьи атаманы, которые до Смуты были уже казаками, могли стать помещиками. Вместе с тем крестьяне и холопы должны были вернуться к своим господам. Этот приговор вызвал недовольства в казачьей среде и выражением его стало убийство Ляпунова. Это оттолкнуло дворян от ополчения, большинство служилых людей покинуло лагерь.
К этому времени сильнее стала угроза независимости страны. В июне 1611 года поляки взяли Смоленск. И Сигизмунд открыто объявил, что теперь он сам станет царем Руси. Тем самым Россия должна была фактически войти в состав Речи Посполитой.
16 июля шведские войска захватили Новгород, осаждали они и Псков. Шведские предводители договорились с новгородской верхушкой о призвании на русский престол шведского принца Карла-Филиппа, сына короля Карла IX. Новгород обещал признать принца, даже если этого не сделает остальная часть страны. В Новгороде установилась власть эмиссаров Швеции.
Положение Московского государства казалось совершенно безнадежным. Поляки занимали Москву и Смоленск, шведы – Великий Новгород; шайки иноземных авантюристов разоряли несчастную страну, убивали и грабили мирное население.
Неудача первого ополчения огорчила, но не обескуражила людей. В провинциальных городах скоро снова началось движение за организацию нового ополчения.
В этой мрачной обстановке стремление к освобождению ярче всех выразил Кузьма Минин. Осенью 1611 года он обратился к посадским людям с призывом создать второе всенародное ополчение. Руководителем его стал отличившийся еще во времена первого ополчения Дмитрий Пожарский.
Второе ополчение снова создает «Совет Всея Земли», который также возглавляет Пожарский и Минин. В ведении Пожарского находилось решение политических и военных вопросов, всеми же делами, связанными материальным обеспечением ополчения, занимался Минин. Прежде чем выступить в поход, руководители ополчения долго работали над сплочением всех сил страны. Поэтому когда ополченцы выступили в марте 1612 года они шли не с боями: их встречали во всех городах и присоединялись к ним.
Из Нижнего Новгорода к Москве они шли не прямым путем, а через Кострому и Ярославль, для того чтобы присоединить к себе служилых людей этих уездов. Именно в Ярославле было окончательно сформировано правительство и созданы приказы.
Тем временем в остатках первого ополчения, державшим осаду Москвы, происходил раскол. Заруцкий был обеспокоен потерей своего влияния. То он вступал в переговоры с главой польских войск Ходкевичем, то пытался подослать убийц к Пожарскому. В конце концов он ушел в Коломну, затем бежал в Астрахань. Вслед за Заруцким ушли Просовецкий и несколько сотен казаков. Основная же часть казаков осталась с Трубецким держать осаду Москвы.
В августе 1612 года ополчение Минина Пожарского вошло в Москву и фактически объединилось с остатками I первого ополчения. 22 августа подступил польский гетман Ходкевич, шедший на помощь польскому гарнизону в Москве, но был отражен и вынужден отступить. После этого падения Кремля и Китай-города было уже вопросом времени. Среди польского гарнизона начался голод. 22 октября ополченцы взяли Китай-город, а 26 октября польский гарнизон в Кремле капитулировал. Москва была освобождена.
Встал вопрос об организации власти: предстояло выбрать нового царя.
Перед страной встал сложный вопрос избрания нового монарха, чью кандидатуру поддержали бы все основные политические силы и простое население страны. Для этого необходим был созыв Земского собора с самым широким представительством. И в январе 1613 года в Москве был созван Земский собор. В нем участвовали выборные дворяне, представители духовенства и, возможно, черносошные крестьяне. Собор принял решение отвергнуть кандидатуры иноземных правителей. Победители – казацко –дворянского ополчение- долго не могли сойтись во мнениях: все кандидатуры отметались. Наиболее приемлемой для всех оказалась кандидатура 16-летнего Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета. Миша Романов был еще очень молод и неопытен, потому устраивал большую часть правящей верхушки, стремящейся сосредоточить всю полноту власти в своих руках. Однако вряд ли только эти качества обеспечили Михаилу его избрание, тем более, что молодость и незрелость со временем должны были исчезнуть, а за его спиной стоял властный и талантливый отец. Правда, пока Филарет находился в польском плену, но его возвращение было неизбежно. Дело было в том, что страна в таких условиях нуждалась в правительстве своеобразного общественного примирения, правительство которое сумело бы обеспечить сотрудничество людей из разных политических лагерей (сторонники Годунова, Шуйского, Владислава, тушины и т.п.), но и классовый компромисс. Крестьянская война не столько потерпела поражение, сколько как бы увяла. Отряды восставших постепенно перерождаются в грабительство. Это и происходило со многими отрядами казаков.
Кандидатура представителя семьи Романовых устраивала все слои общества. Для бояр Романовы были свои – выходцы из одного из самых знатных боярских родов. Своими их считали и тех, кто был близок к опричному двору: на престол Романовы имели право только через свойство с Иваном Грозным, а одним из инициаторов опричнины называли Василия Михайловича Юрьева, приходившегося двоюродным дедом молодому царю. Но и пострадавшие от опричнины не чувствовали себя чуждыми этому семейству: среди его членов встречались казненные и опальные в годы опричнины, а сам Филарет оказался в ссылке при бывшем опричнике Борисе Годунове. Наконец, Романовы пользовались большой популярностью у казачества, с ними связывались многие крестьянские иллюзии, а длительное пребывание Филарета в Тушине в качестве «нареченного патриарха» заставляло и бывших тушинцев не беспокоиться за свою судьбу при новом правительстве. Поскольку Филарет возглавил в свое время делегацию, которая приглашала на русский трон Владислава, то и сторонники польского королевича могли не беспокоиться за свое будущее при Романовых.
При вступлении на престол в феврале 1613 года Михаил Романов дал обязательство не править без Земского собора и Боярской думы.
Внутренние и внешнее положение государства в начале царствования Михаила было исключительно тяжелым. Разоренная, опустевшая и обедневшая страна медленно и с трудом восстанавливала внутренний порядок и спокойствие.
Окончательная ликвидация последствий интервенции была еще впереди. Опасность представляли шайки Заруцкого, который занял Астрахань и попытался создать свое государство под покровительством иранского шаха. Но Астраханцы, возмущенные этим, взяли в осаду самого Заруцкого в астраханском кремле. Тем временем к Астрахани подошли московские войска, которое население встречало с восторгом и ликованием. Заруцкий был казнен.
Но шайки интервентов и разбойничьи казацкие отряды продолжали рыскать по стране. Они встречали народное сопротивление, порой перераставшее в партизанскую войну.
Швеция не оставила попыток захватить Новгород и Псков. В 1615 году они долго осаждали Псков, потерпев неудачу, были вынуждены заключить мир. Столбовский мирный договор (1617г) обеспечил возврат России Новгорода. Однако последняя утратила все побережье Финского залива и выход к Балтийскому морю. Речь Посполитая тоже не смирилась с изгнанием ее войск. Война с Польшей продолжалась. Польский король Сигизмунд, начавший ее, к этому времени уже умер, и поляки выбрали на престол его сына – Владислава. Большинство польских магнатов и шляхтичей считали, что война с Москвой им не нужна, и отказались давать королю людей и деньги. На средства короны Владислав смог набрать небольшое количество немецких рейтар, с ними двинулся на Москву и потерпел поражение. В деревне Деулино его авантюра закончилась заключением мирного договора. Россия потеряла Смоленск и северские города. Королевич Владислав не отказался от претензий на русский престол и царский титул, но, тем не менее, вынужден был признать власть Михаила Романова.
В 1619 г. из польского плена возвратился отец царя, митрополит Филарет, и в том же году он стал «великим государем» патриархом Московским «и Всея Руси». Филарет не только назывался «государем», но и в «действительности принимал ближайшее участие в управлении государством до самой своей смерти, так что в Москве образовалось своеобразное двоевластие, все важнейшие вопросы решались обоими государями.