Новая аграрная политика стимулировала социальное расслоение в деревне и тем самым создавала почву для острых социальных конфликтов. Общинные традиции оказались весьма живучими. В целом по Европейской России лишь 26,6% выделившихся из общины получили согласие сельского схода, тогда как остальные пошли на укрепление земли в собственность против воли односельчан. Ситуация в отдельных губерниях, однако, могла существенно отличаться от общероссийской. Выход из общины во всяком случае часто сопровождался столкновениями выделяющихся с крестьянами-общинниками, последних с властями, которые столь же интенсивно стремились покончить с общиной, как прежде пытались ее законсервировать. Нередко в роли ревнителей общинных традиций выступали деревенские богачи, использовавшие старые порядки для эксплуатации односельчан. В целом прерванный войной новый курс в аграрном вопросе при всей противоречивости обозначившихся к 1914 г. результатов, при всех, во многом вполне естественных, проблемах, возникавших в процессе его реализации, создавал условия для более органической, естественной капиталистической эволюции страны. Реформа не ликвидировала застарелого и столь громко заявившего о себе впоследствии антагонизма между крестьянами и помещиками, порожденного не только экономическими факторами, но и привилегированным положением дворянства, чуждостью его образа жизни всему деревенскому быту, который, не мог сколько-нибудь ощутимо измениться за сравнительно непродолжительный период проведения новой аграрной политики.
Столыпинский «пакет реформ» не исчерпывался планами модернизации российской деревни. Преобразование аграрного строя, осуществлявшееся в ходе наступления на общину, требовало реорганизации системы местного самоуправления с тем, чтобы дать крестьянам-собственникам больше мест в земствах, где абсолютно доминировало дворянство. Этой цели служил проект земской реформы, подготовленный Министерством внутренних дел и предусматривавший помимо прочего некоторое ослабление жесткого бюрократического контроля над земствами. Проект реформы местного суда восстанавливал институт мировых судей, введенный в 1864 г. и ликвидированный в эпоху контрреформ. Этот акт был призван несколько усовершенствовать систему местной юстиции, носившую архаичный, сословный характер и обрекавшую крестьян на юридическое бесправие. Впрочем, уже в 1906 г., указом 5 октября ликвидировались некоторые правоограничения, существовавшие для сельского, населения (паспортные, в поступлении на гражданскую службу и т.п.). Важное место в своей программе П.А.Столыпин отводил и вероисповедному вопросу. В его «пакет» входил ряд законопроектов, призванных облегчить положение старообрядцев и насильственно обращенных в православие униатов. Отмена дискриминационных ограничений, установленных для инославных церквей (т.е. христианских, но неправославных), разрешение перехода из православия в другие христианские веры, облегчение смешанных браков – все это должно было смягчить остроту религиозной борьбы и – реализуя, в известной мере, принцип свободы совести – придать более правовой, современный характер государственному строю России. Составными частями столыпинской программы являлись также проекты преобразования местной администрации, предусматривавшие укрепление губернского и уездного звеньев бюрократического механизма, проект введения всеобщего начального обучения. Наконец, намечались реформы в области рабочего законодательства (введение страхования рабочих и др.).
Все эти проекты готовились еще до прихода П.А.Столыпина к власти, и он застпл их на разной стадии разработки. Однако собранные в единый «пакет» вместе с актами, реализовавшими новую аграрную политику, они стали составными частями целостной программы, направленной на модерннзацгпо страны, на предотвращение нового революционного взрыва.
Столыпинская программа встретила серьезную оппозицию справа. Главным объектом критики была важнейшая, если не считать аграрной реформы, составная часть «пакета» – проекты преобразования органов местного самоуправления. В ходе капиталистической эволюции страны ослабели экономические позиции поместного дворянства, что заставляло его особенно дорожить своими политическими привилегиями, в частности своим преобладанием в земских учреждениях. Поступаться им в пользу «новых» собственников помещики никоим образом не собирались, опасаясь полной гибели дворянского землевладения. Задуманные правительством реформы, сетовали дворяне, «так велики, так крупны… что пережить их у нас не хватит ни сил, ни средств». Резкое неприятие со стороны дворянства встретил план реформы местной администрации, согласно которому, помимо прочего, предполагалось сосредоточить административную власть в уезде во имя ее укрепления в руках назначенного правительством чиновника, а не уездного предводителя дворянства, как это было раньше. Исходя из сугубо эгоистических, узкоклассовых интересов и, кроме того, опасаясь, что преобразования либерального толка вызовут анархию и революцию, наиболее консервативные круги в правительственном лагере выступали против проведения в жизнь практически всех начинаний П.А.Столыпина, за исключением аграрной реформы. Последнюю, впрочем, они тоже нередко резко критиковали.
Важнейшим оплотом оппозиции столыпинскому курсу справа стала общероссийская дворянская организация – Совет объединенного дворянства. Возникшая в 1906 г. и ревностно защищавшая интересы помещиков, эта организация обладала огромным политическим весом и оказывала сильное влияние на ход государственного управления, поскольку располагала обширными связями в придворно-бюрократическом мире и имела возможность ипформировать о своих пожеланиях самого императора. Противодействие планам П.А.Столыпина оказывал и Государственный совет, где тон задавали представители крайней реакции. Проектами вероисповедных реформ было недовольно высшее духовенство.
Раздраженно правых вызвала и политика П.А.Столыпина в отношении Государственной думы. В консервативных кругах были сильны настроения в пользу ее ликвидации или превращения в законосовещательный орган, лишенный возможности (хоть в какой-то мере) ограничивать власть царя. Этим мыслям сочувствовал и Николай II. Опасавшиеся укоренения в России парламентских традиций консервативные круги были недовольны даже вполне лояльной III Думой и мечтали о более кардинальном, чем третьеиюньский, государственном перевороте. Между тем П.А.Столыпин считал необходимым сохранение Думы в качестве законодательного органа.
В 1907-1911 гг. шла острая борьба в верхах вокруг вопроса об ориентации правительственного курса, о судьбе столыпинской программы реформ, борьба, которая велась как открыто (в Думе, Государственном совете и пр.), так и закулисно (в придворных сферах). Своей кульминации эти конфликты достигали в 1909 и 1911 гг., во время так называемых первого и второго «министерских» кризисов, когда П.А.Столыпин дважды оказывался на грани отставки. Под давлением своих могущественных оппонентов П.А.Столыпин, который не мог опереться на достаточно влиятельные политические силы, вынужден был маневрировать, отказываясь от существенных частей собственной программы. Некоторые законопроекты (по вопросам местного самоуправления, о снятии ряда вероисповедных ограничений и др.), уже одобренные Государственной думой, были провалены в Государственном совете. Под давлением справа и в какой-то степени по собственному побуждению П.А.Столыпин свернул первоначальную, весьма широкую, правительственную программу по рабочему вопросу, выдержанную в либерально-реформистском духе. Дело ограничилось изданием лишь нескольких страховых законов, принятых после долгих проволочек уже в 1912 г. В конфликтах П.А.Столыпина с правыми Николай II в итоге поддержал противников главы правительства. Их взгляды были более близки царю, который, в частности, подозревал П.А.Столыпина в стремлении, опираясь на Думу, оттеснить монарха от руководства государственными делами. 1 сентября 1911 г. П.А.Столыпин, чьи позиции носле второго «министерского» кризиса оказались существенно подорванными, был смертельно ранен в Киеве агентом охранки Д.Г.Богровым при обстоятельствах, не исключающих причастности к этому покушению высших чинов полиции.
Свертывание правительственной программы преобразований имело своим следствием прогрессировавшее нарастание противоречий внутри третьеиюньской политической системы. В «обществе», часть которого в лице октябристов, связывая свои надежды на реформы с П.А.Столыпиным, оказывала последнему всемерную поддержку, начали нарастать оппозиционные настроения (об этом свидетельствовала как деятельность Государственной думы, так и резкая критика правительственного курса буржуазными кругами).
Противостояние власти и «общества» таило в себе в конечном счете угрозу всему существующему строю, поскольку сочеталось с обозначившимся еще на рубеже 1910/1911 гг. оживлением массового движения в стране. Уже в 1911 г. увеличилось число стачек. В обстановке растущего рабочего движения активизировали свою деятельность революционные организации. Большевики, размежевавшиеся на Пражской партийной конференции в 1913 г. с меньшевиками (ликвидаторами), вели борьбу с менее радикальными течениями российской социал-демократии за влияние в пролетарской среде.