Одновременно с этими преобразованиями была проведена судебная реформа (1720 г.), в ходе которой сделана попытка отделить суд от администрации. Низшими судами были провинциальные и городовые, которые судили сельское и городское население. Суд второй инстанции – надворный, создавался в губернии. Третьей инстанцией была Юстиц-коллегия, а высшей – Сенат. Но попытка отделения суда оказалась неудачной. В 1722 г. ликвидируются провинциальные, а в 1727 г. – надворные суды.
Усложнение задач административных учреждений в столицах вызвало создание в них самостоятельных органов полиции во главе с генерал- и обер-полицмейстерами, при которых действовали канцелярии полицмейстерских дел. Эти органы отвечали за порядок, спокойствие и безопасность, опираясь в своей деятельности на старост улиц и десятских. В остальных городах полицейские функции выполняли местные администраторы. В 1722-1724 гг. была завершена реформа городского сословного управления. Горожане были разделены на «регулярных» и «нерегулярных». Первые объединялись в гильдии и цеха. Вводились магистраты и ратуши, которые были коллегиальными учреждениями.
Вновь вводимые учреждения слабо справлялись со своими задачами. После окончания Северной войны была осуществлена милитаризация местного управления. Страну разделили на военные округа или полковые дистрикты, в которых размещались полки армии. Во главе них стояли полковые командиры, при которых из офицеров штаба создавался полковой двор. Земские комиссары подчинялись полковым командирам.
Для борьбы с произволом и взяточничеством были созданы особые органы надзора за правительственным аппаратом и чиновниками – фискалы. В 1723 г. они были подчинены Сенату. В задачу фискалов входил тайный контроль и донесение о всех преступлениях, наносящих вред государству. Созданный в 1722 г. прокурорский надзор имел больше прав, но надзирал лишь за Сенатом, коллегиями и частично за губернским аппаратом. Две эти системы дополняли друг друга. В 1722 г. была введена третья система надзора – сенаторские ревизии, но она не получила широкого применения.
Судебные порядки прежнего периода не соответствовали задачам абсолютной монархии. Розыск был заменен следственным процессом, который основывался на теории формальных доказательств. Доказательства делились на «совершенные» и «несовершенные». К «совершенным» относились признание обвиняемого в полиции или суде, письменные доказательства, показания двух и более свидетелей, данные медицинской экспертизы. Их наличие было достаточным основанием для обвинения.
В первой половине XVIII в. была введена система бюрократических учреждений с единообразным организационным устройством и делопроизводством. Господствующим принципом во взаимоотношениях учреждений этой системы стал бюрократический централизм, т. е. чиновники центральных учреждений осуществляли все распорядительные и частично исполнительные мероприятия. Была предпринята попытка придать центральным учреждениям характер ведомств, но этому мешало нечеткое разграничение прав высших и центральных учреждений, недостаток чиновников и централизаторские тенденции в местном управлении (стремление сконцентрировать все управление в одном звене).