Российское общество не принимало этот новый символ государственной власти: в сознании русских чёрно-жёлтые цвета ассоциировались с Австрией и правящим там домом Габсбургов. В империи параллельно существовало два флага: чёрно-жёлто-белый- национальный «де-юре» и бело-сине-красный - национальный «де-факто», причём первый флаг не получил широкого распространения, а предпочтения населения повсеместно отдавались последнему.
Император Александр III, во время коронации в Москве обратил внимание на контраст: Кремль был украшен и вся процессия одета в чёрно-жёлто-белое, а в городе преобладали бело-сине-красные цвета. Была назначена комиссия из авторитетных лиц под председательством генерал-адъютанта адмирала К.Н. Посьета. Комиссия вынесла следующее решение: «Бело-сине-красный флаг, учреждённый императором Петром Великим, имеет за собой почти 200-летнюю давность. В нём замечаются и геральдические данные: московский герб изображает белого всадника в синем плаще на красном поле. Подтверждением этим цветам служат и флаги в военном флоте: 1-я линия обозначается красным, 2-я - синим и 3-я - белым флагом с Андреевским крестом в крыже. Контр- и вице-адмиральские флаги соответственно имеют красную и синюю полосы, наконец, гюйс составлен из цветов: белого, синего и красного. С другой стороны, бело-жёлто-чёрный цвета ни исторических, ни геральдических основ за собой не имеют». На основании решения комиссии адмирала Посьета национальным флагом был высочайше утверждён бело-сине-красный.
Александром III было издано «Повеление о флагах для украшения зданий в торжественных случаях», предписывавшее использовать исключительно бело-сине-красный флаг. 28 апреля (7 мая) 1883 года это решение было включено в Собрание узаконений Российской империи. Бело-сине-красный флаг высочайше утверждается императором Александром III и «для коммерческих судов». Чёрно-жёлто-белый с этого момента считался династическим флагом царствующего дома Романовых.
Последний российский император Николай II в 1896 году окончательно закрепил за бело-сине-красным флагом статус единственного государственного флага Российской империи.
С началом Первой мировой войны в 1914 году для поднятия патриотизма населения особым циркуляром министерства иностранных дел был введён дополнительный имперский флаг «для употребления в частном быту». Он отличался от государственного флага империи жёлтым квадратом с чёрным двуглавым орлом (композиция, соответствующая дворцовому штандарту императора). Орёл изображался без титульных гербов на крыльях, квадрат перекрывал белую и около четверти синей полосы флага. Однако этот флаг не получил распространения. Новый флаг не вводился как обязательный, его использование лишь «разрешалось». Символика флага подчёркивала единение царя с народом.
После Февральской революции 1917 года император Николай II отрёкся от престола в пользу своего брата, великого князя Михаила Александровича, который, в свою очередь, передал власть Временному правительству. 1(14) сентября 1917 года Россия была провозглашена демократической республикой.
После Октябрьской революции роль государственного флага в первые месяцы советской власти выполняло прямоугольное красное полотнище, не имевшее никаких надписей или эмблем. Однако такой вид государственного флага не был установлен никакими нормативными документами (юридически сохранялось и официальное название, принятое Временным правительством - Российская Республика, и бело-сине-красный флаг).
8 апреля 1918 года вопрос о государственном флаге обсуждался на заседании Совета Народных Комиссаров. В постановлении СНК предлагалось ВЦИКу объявить государственным флагом красное полотнище с буквами «П.В.С.С.» (то есть с аббревиатурой девиза « Пролетарии всех стран соединяйтесь»). Однако это предложение не было принято. Декретом Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета от 13 апреля 1918 года официальным флагом РСФСР было провозглашено красное знамя с надписью: «Российская Социалистическая Федеративная Советская Республика».
10 июля 1918 года V Всероссийский съезд Советов утвердил первую Конституцию РСФСР, которая была опубликована 19 июля того же года. В статье 90 Конституции содержалось описание: «Торговый, морской и военный флаг Р.С.Ф.С.Р. состоит из полотнища красного (алого) цвета, в левом углу которого, у древка, наверху, помещены золотые буквы: Р. С. Ф. С. Р. или надпись: Российская Социалистическая Федеративная Республика». Конституция РСФСР 1937 года также подтвердила использование этого флага в качестве государственного.
30 декабря 1922 года РСФСР объединилась с УССР, БССР и Закавказской федерацией в единое государство- СССР. Поэтому флаг СССР, закреплённый Конституцией СССР 1924 года как красное или алое прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 1:2 «с изображением на его верхнем углу у древка золотых серпа и молота и над ними красной пятиконечной звезды, обрамленной золотой каймой», стал главным официальным флагом страны.
В феврале 1947 года Президиум Верховного Совета СССР принял постановление, рекомендующее союзным республикам принять новые государственные флаги, основанные на флаге СССР. В 1954 году был установлен новый вид флага РСФСР: красное прямоугольное полотнище со светло-синей полосой у древка во всю ширину флага, которая составляет одну восьмую длины флага. В левом верхнем углу красного полотнища изображались золотые серп и молот и над ними красная пятиконечная звезда, обрамлённая золотой каймой. Отношение ширины флага к его длине - 1:2. После введения этого флага указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 9 января 1954 года, другим указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 23 декабря 1955 года было утверждено «Положение о Государственном флаге РСФСР».
Весной 1989 года Историко-патриотическое объединение «Русское знамя» выступило с инициативой отмены красного со светло-синей полосой флага РСФСР и замены его национальным бело-сине-красным флагом, начав широкую просветительскую кампанию в этом направлении и организовав в 1989-1990 годах сбор подписей под соответствующим обращением в Верховный совет РСФСР.
Во время « Августовского путча» бело-сине-красный триколор широко использовался силами, противостоящими ГКЧП. После поражения ГКЧП, постановлением Верховного Совета РСФСР от 22 августа 1991 года, бело-сине-красный исторический флаг России был признан официальным национальным флагом РСФСР. Позднее, 1 ноября 1991 года он был законодательно принят в качестве государственного флага РСФСР.
Флаг СССР и старый флаг РСФСР образца 1954 года, с серпом и молотом продолжали использоваться на уличных манифестациях и митингах представителями российских коммунистических движений и после августовского путча 1991 года. Члены коммунистической партии Российской Федерации (КПРФ) предлагали сделать флаг РСФСР государственным флагом Российской Федерации.
25 декабря 1991 года название государства «РСФСР» было заменено на «Российская Федерация». Накануне принятия новой Конституции 12 декабря 1993 года, установившей современное государственное устройство Российской Федерации, 11 декабря 1993 года Президент Российской Федерации Б. Н. Ельцин подписал Указ № 2126 «О Государственном флаге Российской Федерации», которым было утверждено Положение о Государственном флаге Российской Федерации и признано утратившим силу Положение о Государственном флаге РСФСР, утверждённое Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 23 декабря 1955 года.
Указом Президента Российской Федерации Б.Н. Ельцина от 15 февраля 1994 года № 319 «О штандарте (флаге) Президента Российской Федерации» был введён специальный флаг - штандарт Президента Российской Федерации. Его цвета повторяют расцветку государственного флага России; отличие заключается в отношении ширины флага к его длине - 1:1- и в расположенном по центру штандарта изображении Государственного герба Российской Федерации без геральдического щита. Оригинал штандарта является одним из официальных символов Президента России. Его полотнище окаймлено золотой бахромой, а на древке крепится серебряная скоба с выгравированными фамилией, именем и отчеством Президента Российской Федерации и датами его пребывания на этом посту. Само древко штандарта увенчано металлическим навершием в виде копья.
Флаг Верховного Главнокомандующего Вооружёнными Силами Российской Федерации, эскиз которого одобрен Министром обороны 21 сентября 1995 года, также почти полностью повторяет рисунок Штандарта Президента, но имеет пропорции как у флага России - 2:3.
1 января 1999 года введён ГОСТ Р 51130-98 «Флаг Государственный Российской Федерации. Общие технические условия». Описание государственного флага Российской Федерации, содержавшееся в Положении 1993 года, было без изменений повторено в первой статье Федерального конституционного закона от 25 декабря 2000 года № 1-ФКЗ «О Государственном флаге Российской Федерации», который вступил в силу 27 декабря 2000 года.
После принятия Федерального конституционного закона «О Государственном флаге Российской Федерации», в соответствии с первоначальными редакциями, использование флага России было жёстко регламентировано. Его могли использовать только:
· Органы государственной власти Российской Федерации;
· Дипломатические и прочие официальные представительства России за рубежом;
· Суда, включённые в один из реестров судов России, а также военные корабли и суда.
Осенью 2008 года Государственная дума поддержала законопроект, разрешающий любое уважительное использование Государственного флага Российской Федерации негосударственным организациям и частным лицам. В закон «О Государственном флаге Российской Федерации» было включено положение о том, что: «Допускается использование Государственного флага Российской Федерации, в том числе его изображения, гражданами, общественными объединениями, предприятиями, учреждениями и организациями в иных случаях, если такое использование не является надругательством над Государственным флагом Российской Федерации.