Организационно Военная коллегия состояла из отделов по военным трибуналам армии, флота, войск НКВД, отдела судебного надзора, отделения по суду первой инстанции. Были моменты, когда политическое руководство страны фактически принуждало Военную коллегию прямо участвовать в расправе с неугодными лицами. Так, 8 сентября 1941 г. в соответствии с посланием Государственного комитета обороны СССР Военная коллегия без проведения предварительного разбирательства вынесла приговор о привлечении к высшей мере наказания 161 осужденного, которые отбывали наказание в Орловской тюрьме. С другой стороны, известна позиция Военной коллегии по вопросу неоправданно широкого применения высшей меры наказания, особенно в начале войны. В обзоре судебной практики, письмах на места Военная коллегия предлагала и даже требовала от военных трибуналов пересмотра политики по применению высшей меры наказания. Например, за девять месяцев 1942 г. Военная коллегия отменила заочные приговоры в отношении 65% осужденных с направлением дел на доследование или их прекращением. Кроме того, Военная коллегия проводила последовательную политику по расширению применения статьи 28 Уголовного кодекса РСФСР, предусматривающей замену уголовного наказания направлением на фронт в действующую армию, с последующим снятием судимости с тех осужденных, которые хорошо проявили себя в боях по защите Родины. В годы ВОВ сотрудники Военной коллегии составляли относительно небольшой штат (к началу войны 66 человек, а число судей в целом по стране было около 776 человек), к концу ВОВ - 72 человека и 6 человек по особому штату за счет НКВД), а объем работы при этом был огромен (например, за 1944 г. и первое полугодие 1945 г. Военная коллегия рассмотрела более 43 тысяч дел, из них более 13 тысяч об осужденных к расстрелу). Организационное руководство всей системой трибуналов осуществлялось Наркоматом юстиции СССР.
Особое место в деятельности военных трибуналов в период войны занимали дела о злодеяниях немецко-фашистских захватчиков и их пособников. Дело в том, что в первые три года войны более 70 миллионов человек попали под жестокий гнет немецко-фашистской оккупации. Часть из них пошла в партизаны, некоторые же стали пособниками оккупантов. Более одного миллиона советских граждан работали в качестве переводчиков, старост, бургомистров, обслуживали органы государственного управления Германии на оккупированной территории. Военные трибуналы провели ряд судебных процессов над немецко-фашистскими оккупантами и их пособниками, виновными в зверских насилиях над советскими людьми. Такие судебные процессы состоялись в Киеве, Минске, Риге, Ленинграде, Смоленске, Брянске, Великих Луках, Николаеве и других населенных пунктах. Военные преступники — немецко-фашистские захватчики, чинившие злодеяния, получили заслуженное возмездие за свои тягчайшие преступления.
В 1943 г. в связи с начавшимся освобождением советской земли возникла необходимость в принятии специального законодательного акта для наказания тех, кто в годы оккупации сотрудничал с врагом и, более того, творил злодеяния против советских граждан. 19 апреля 1943 г. был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР "О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для шпионов, изменников Родины из числа советских граждан и для их пособников". В Указе отмечалось, что к немецко-фашистским преступникам и их пособникам прежде применялась не соответствующая их злодеяниям мера наказания. Отныне немецкие, итальянские, румынские, венгерские и финские фашистские злодеи и шпионы и изменники из советских граждан будут караться смертной казнью через повешение, пособники из местного населения - ссылкой на каторжные работы на 15 - 20 лет. Проведение настоящего Указа в жизнь было возложено на военно-полевые суды в дивизиях в составе: председателя военного трибунала дивизии, начальника особого отдела и заместителя командира дивизии. Указывалось, что в исполнение приговор приводится немедленно и публично, а тела повешенных остаются на виселице в течение нескольких дней. Этот документ выходил за рамки обычного советского уголовного законодательства, и его особая жестокость объяснялась чрезвычайными условиями войны.
В качестве основных выводов относительно деятельности военных трибуналов во время Великой Отечественной войны следует отметить: во-первых: во время ВОВ никаких особых норм материального права, регламентировавших организацию военно-судебных органов, не предусматривалось; во-вторых: трибуналы действовали до 1943 г. в составе 3 постоянных членов, затем в них стали участвовать заседатели; в-третьих: Положение о военных трибуналах предоставляло право данным судебным органам рассматривать дела по истечении 24 часов после вручения обвинительного заключения; в-четвертых: приговоры военного трибунала кассационному обжалованию не подлежали и могли быть отменены или изменены лишь в порядке надзора; в-пятых: большинство дел рассматривались трибуналами в закрытых заседаниях, так как были связаны с охраной государственной тайны; в-шестых: члены военных трибуналов назначались совместными приказами НКЮ СССР и Наркома обороны; в-седьмых: особенностью деятельности военных трибуналов в период ВОВ являлась широкая подсудность, к которой в основном относились дела о контрреволюционных и военных преступлениях; в-восьмых: система военных трибуналов во время ВОВ была достаточно сложной по сравнению с существующей в настоящее время. Великая Отечественная война не упразднила существовавшую судебную систему, да и не внесла коренных изменений в правовые основы ее организации и деятельности. Продолжали свою работу народные, областные, краевые суды, верховные суды территориальных образований, Верховный Суд СССР, соответствующие органы прокуратуры. Действовали установленные законом принципы судопроизводства: защита по уголовным делам, гласность, устность, ведение дела на национальном языке; сохранялся порядок пересмотра приговоров и др. Наиболее серьезные изменения, которые внесла война в судебную систему, заключались в расширении сферы деятельности военно-судебных органов.
Итак, основу советской судебной системы в годы Великой Отечественной войны составили военные трибуналы. Их условно можно подразделить на: 1) военные трибуналы Красной (Советской) армии; 2) военные трибуналы Военно-Морского флота; 3) военные трибуналы войск НКВД; 4) военные трибуналы железнодорожного и водного транспорта; 5) военные трибуналы прифронтовых районов. Вся система военных трибуналов возглавлялась в те годы Верховным Судом СССР. Военная коллегия Верховного Суда СССР действовала как: а) суд первой инстанции по наиболее важным уголовным делам; б) кассационная инстанция для военных трибуналов, где в качестве меры наказания выносился смертный приговор; в) надзорная инстанция по делам всех военных трибуналов, кроме военных трибуналов железнодорожных и водных путей сообщения. Развитие судебного права в годы войны.
1.2 Общие суды
В военные годы, как и в мирное время, правосудие осуществлялось на началах единого и равного для всех граждан суда, независимо от их социального, имущественного и служебного положения, национальности и расовой принадлежности. При менялось единое и обязательное для всех судебных органов законодательство СССР, в том числе и законы военного времени.
Решения судебных органов могли быть обжалованы осужденными, их защитниками и другими заинтересованными лицами и опротестованы органами прокурорского надзора в вышестоящих судебных инстанциях.
Верховный суд и Прокуратура СССР осуществляли в условиях войны высший контроль за соблюдением законности и правопорядка и в случае необходимости могли истребовать любое деле из любого суда и обеспечить его пересмотр в установленном законом порядке.
Общегражданская судебная и административная власть государства осуществляла свои полномочия по этим вопросам лишь в местностях, не объявленных на военном положении, да и то с исключением из ее ведения сферы военного хозяйства. Таким образом, общие суды рассматривали дела не отнесенные к компетенции военных трибуналов.
Деятельность гражданской юстиции также была подчинена задачам военного времени. Судебная практика всех судов, в том числе и военных трибуналов, направлялась Верховным судом СССР.
Во время Великой Отечественной войны в правовую основу деятельности существовавшей системы судов не были внесены коренные изменения – верховные, областные, народные суды продолжали свою деятельность. В связи с военной обстановкой изменения в судебную систему, сводились к расширению сферы деятельности военно-судебных органов. К их подсудности был отнесен широкий круг преступных деяний и лиц, их совершивших.
В местностях, объявленных на военном положении, продолжали функционировать и территориальные суды и прокуратуры, хотя объем их деятельности в связи с расширением компетенции органов военной юстиции сократился. В городах и районах, объявленных на осадном положении, территориальные судебно-прокурорские органы преобразовывались в военные.
В годы войны большую роль в борьбе с преступностью продолжали играть народные суды. Война оказала свое влияние на состояние и динамику преступности. Впервые же месяцы военных действий сократилось число поступавших в народные суды дел о хулиганстве, кражах и некоторых других преступлениях. Вместе с тем появились и некоторые другие виды преступлений, не предусмотренные УК РСФСР 1926 г.: нарушение светомаскировки, продажа эвакуированного скота, кража из квартир эвакуированных и другие. В местностях, не объявленных находящимися на военном положении, в народные суды поступали главным образом дела о спекуляции, хищении социалистической собственности, растратах, самовольном уходе с предприятия, уклонении от мобилизации в армию или на трудовые работы. Но вместе с тем необходимо отметить, что в условиях военного времени основная масса уголовных дел проходила через военные трибуналы.