Шоқан әдебиет, оның теориясы мәселелері жөнінде сол кездің өзінде-ақ, көптеген тың пікірлер, тұжырымдар жасап, өз халқының тіршілігі мен мәдени дамуының жағдайларына лайық дамытады. Сондай-ақ, әр халықтың әдебиетін оның қоғамдық, әлеуметтік өмірімен тығыз байланыста қарастырады.
Қазақ поэзиясының халықтық сипаттары жайлы тың ой-пікір білдіреді. Халықтың рухани серігі болған поэзия туралы ол: "Бұл халықтың ертеден өзіне тән тұрмысында есте қалдырмаған бірде-бір маңызды оқиғасы, бірде-бір тамаша адамы жоқ деуге болады. Олардың бірін суырыпсалма ақындар не жыршылар жыр етсе, екінші біреулерінің атын кейінгі ұрпақ естерінде ұмтылмастай етіп белгілі бір сыбызғышы не қобызшы музыканттар тастап кеткен", – деп жазады.
Қазақ өлеңдерінің халықтығы жайлы құнды пікірлер білдіруде, Шоқан халық әдебиетінің бағалы нұсқаларын жасаған және ауыз әдебиетінің таңдаулы үлгілерін жырлаған. Орынбай, Шөже, Жанақ, Арыстанбай, Құрымбай сияқты ақындардың еңбектеріне жүгінеді, мысалдар келтіреді. Сонымен бірге қазақ поэзиясының жанр, түр, өлең құрылысын зерттей келе, мұны орыс ғалымдарына таныстыруды мақсат тұтқан.
Ол қазақ, өлеңдерін: жыр, жоқтау, қара өлең, қайым өлең, өлең деп беске бөледі. Өлең құрылысын жыршылардың қобыз не домбыраға қосып айтуына қарап жүйелеген. Өлеңге, әсіресе, суырып салма өлеңге бейімділік барлық көшпелі елдердің өзіне тән ерекшелігі екенін анықтаған.
Қазақ халқының ауыз әдебиеті мұраларын жинап, зерттей келе Шоқан олардың славян халықтарының, әсіресе, орыстардың ауыз әдебиетімен байланысын ашып дәлелді мысалдар келтіреді. "Жоңғария очерктерінде" "Көп уақыттан бері қазақтың ертегілерін, мифтерін, этникалық жырлары мен аңыздарын жинаумен шұғылдана жүріп, мен олардың Еуропа халықтарының, әсіресе, славяндардың осы тектес шығармаларымен бір сарындастығына қайран қалдым", – деп көрсетеді. Орыс-қазақ ертегілерін, мақал-мәтелдерін салыстыра отырып нақты дәлелдейді. Мысалы: өмір шындығының сәйкестігі әдебиетте де тақырып, сюжет ұқсастығын туғызатынын Шоқан қазақ пен араб поэзиясын салыстыра отырып, дала өмірін жырлаған екі елдің поэзиясының бір-біріне ұқсастығын, көшпелі ел тұрмысы сұлу табиғат, рулық тартыс, қайшылықтарды суреттеуінен анық көрінетінін айтады. Әсіресе, бұл халықтарда өлеңді суырып салып айту өнерінің ерекшелігіне назар аударған. Қазақтың шешен билері жайында құнды пікір білдіреді.
Ш.Уәлихановтың тарих, география, әдебиет саласындағы зерттеу еңбектері Петербург ғалымдарының назарына ілігіп, құнды ықылас-ілтипаттарына ие болады. П.П.Семенов-Тянь-Шанский өзінің Жетісу бойындағы зерттеулерін жүргізген кезде Шоқан пікіріне үнемі ден қойып, ақылдасып отырған. Ыстықкөл сапарында біраз жерлерді бірге аралаған. Семенов-Тянь-Шанскийдің ұсынуымен 1857 жылы 27 ақпанда Шоқан Орыс География қоғамының толық мүшелігіне сайланады. Бұл орыс қоғамы зиялыларының, орыс ғылымының жас ғалым еңбектерін зор бағалағандығы, ғылым мен мәдениетке қосқан үлесін мойындағандығы екенінің дәлелі.
1858-1859 жылдары Шоқанның "Жарық жұлдыз", "Қашқария сапары" оны ғылыми-зерттеушілік, ағартушылық саласында жаңа биікке көтерді. Ол кезде Қашқария Ресей тарапынан зерттелмеген өлке болатын. Еуропа ғылымы үшін белгісіз, құпиясы мол ел болатын. Себебі, XII ғасырдың соңғы ширегінде Марко Поло, 1603 жылы саяхатшы Голе Қашқария жерінде болғаннан кейін, бұл өлкеге ешкім аяқ баспаған Шоқаннан бір жыл бұрын Қашқарияға Үндістан арқылы барған немістің белгілі географы Адольф Шлагинвейтті жергілікті билеушілер басын кестіріп өлтірткен. Адольфтің бұл қайғылы тағдыры жөнінде алғаш мәліметті жеткізген Шоқан болды.
1870 жылдары Петербургте Шоқанның "Жонғария очерктері". "Алты шаһардың немесе Қытайдың Хан-Лу провинциясының шығыстағы алты қаласынын жағдайы туралы", "Адольф Шлагинтвейттің өлімін әкелген жағдайлар туралы мәліметтер" туралы еңбектері жарияланды.
Қашқарда болған кезінде Шоқан ұйғыр тілін жақсы меңгереді. Оның архивінде Қашқардағы ұйғыр тілінде жазған жазбалары да сақталған.
Кіші Бұқарада жаңа ұйғыр тіліндегі әдебиеттің едәуір бай аударма әдебиеті бар. Кіші Бұқараның әдебиеті аудармаға неғұрлым бай болғанымен, өзіндік қолтума шығармаларға соғұрлым кедей. Олардың өз іштерінен шыққан бір де бір ақыны және белгілі бір жазушысы болған емес деп көрсетеді. Қытай тарихында Хой-ху, Хой-хор, Қой-ғой деген атпен белгілі болған халқының Хой-хор әулетін берген және кейіннен осы күнгі Шығыс Түркістанға келіп қоныс тепкен жат жерлік халық елге мәлім. Шығыс мәліметтерінде бұл халық ұйғыр деп аталады. Бүгінгі жеті шаһар тұрғындарын қытайлар чапту деп атайды. Чапту түрік тілінің ұйғыр деп Клапрот (осы тілдің сөздігін құраған адам) атаған диалектісінде сөйлейді. Ұйғыр тілінде моңғол сөздері көп кездеседі.
Ұйғырлар сонау Шыңғыс хан заманының өзінде-ақ, мұсылман дініндегі сол кезде өзінің жазу өнері бар халық болған. Оларды моңғолдар сауатты халық болғандықтан хатшы есебінде іс жүргізушінің қызметтеріне пайдаланған. Сондай-ақ, Шоқан Ұйғыр деген атымен белгілі болған ертедегі монғол жазуының үлгілерін қанша іздегенмен таба алмағанын қынжыла жазады. Бұл аймақтың өткені мен сол кездің қалпын жақсы білетін адамдарымен, ғалымдарымен, ақындарымен де кездесіп мағлұматтар жинаған, шығыс қолжазбаларының бірсыпырасын қолға түсірген. Тау жыныстарының коллекциясы, гербарий жасаған. Солардың бірінде Мирджай тауы мен Қарақаш өзені аңғарынан шығатын нефрит асыл тасының текшелері болған мүлде бейтаныс елді жан-жақты сипаттайтын, әскери, саяси, экономикалық, сауда-саттық жағынан үкіметке де, ғылымға да пайдалы бай материал мен сирек деректерді жинап, қиыншылықтар мен қауіп-қатерді көп көріп, Шоқан керуенмен 1859 жылы сәуір айында елге оралған. Қашқария сапарының нәтижелі жемісі – Ш.Уәлихановтың "Алты шаһардың, яғни Қытайдың Нан-Лу провинциясының шығыстағы алты қаланың жайы" атты еңбектерінде жан-жақты мәлімделді. Қашқария сапарының ғылыми нәтижелері туралы Орыс География қоғамында мәлімдеме жасағаннан кейін-ақ, оның материалын Германияда неміс тілінде басып шығарды. 1865 жылы Лондонда ағылшын тілінде жарияланды. Демек, Қашқария сапарындағы айқындалған мәліметтер Шоқан Уәлихановтың дүниежүзілік география ғылымына қосқан маңызы зор жаңалығы болып есептеледі. Қашқария экспедициясы үкімет тарапынан да ресми түрде аталып өтті.
1860 жылғы 8 сәуірдегі Үкімет указы бойынша поручик сұлтан Шоқан Уәлихановқа штабс ротмистр әскери атағы, 4-дәрежелі ізгі Владимир ордені, 500 сом күміс ақша берілген. Шоқанның ұсынысы бойынша, осы экспедицияның жұмысына қатысы бар 22 адам қоса наградталған, оның ішінде керуен басы Мұсабай, Семей көпесі Бұқаш, К.К. Гутковский т.б болды. Ш.Уәлиханов (1859-61) Петербургте болған жылдары оның ғылыми-шығармашылық қызметінің аса елеулі кезеңі болды. Мәселен, Бас штабының әскери-ғылыми комитетінің тапсыруы бойынша, ол Орта Азия мен Қазақстанның карталарын жасайды. "Балқаш көлі мен Алатау жотасы аралығының картасы", "Құлжа қаласының жобасы", "Ыстықкөл экспедициясының қорытындысына қосымша карта", "Қытай империясы батыс өлкесінің картасы" т.б. дайындалады. Мұның өзі Ш.Уәлихановтың география, картография салаларына қосқан үлесі зор екенін көрсетеді. Сондай-ақ, Шоқан География құрамында белгілі неміс ғалымы Карл Риттердің еңбектерін баспаға әзірлеседі, сыртқы істер министрлігін Азия департаменті жанындағы Жоғары мектепте, География қоғамында ІПығыс Түркістан, Қырғызстан туралы лекция оқиды, университеттің тарих-философия факультетінде лекцияларға қатысып отырады. Мұның өзі Шоқан бойындағы ғылымға деген ерекше ынта-ықыласты, қажымас қайратты танытады.