3.3 Практические аспекты сегрегационного анализа
3.3.1 Минимальный размер родословных
Для того чтобы сегрегационный анализ полос в отпечатках ДНК сибсов был информативным, необходимо изучить не менее 10 мейозов. Такое количество сибсов далеко не всегда доступно для изучения, и поэтому приходится проводить сегрегационный анализ по большой родословной.
Для фрагментов короче 3 т. п.н. частота встречаемости одного и того же фрагмента у индивидов, не находящихся в родстве, очень мала. Таким образом, необязательно иметь для ист следований образцы ДНК обоих родителей близнецов; при наличии отпечатков ДНК одного из родителей отпечатки второго можно восстановить с высокой степенью достоверности. Если есть ДНК обоих родителей, то образцы следует разгонять на форезе в соседних дорожках геля. В этом случае фрагменты в геномных отпечатках потомков можно с легкостью отнести к тому или иному родителю.
3.3.2 Пример с сегрегационного анализа, проводимого с помощью метода геномных отпечатков
Ниже приводится пример анализа наследования полос в геномных отпечатках отдельной широкой сибсовой ветви.
Из-за несовершенства агарозного геля при электрофорезе лучше ие использовать для считывания данных отпечатков компьютерную технику, а «прочитать» их «вручную». Это легко проделать, если отдельно исследовать каждого из сибсов, параллельно проводя сегрегационный анализ полос в отпечатках каждого из родителей. Удобно присваивать полосам одного родителя цифры, а полосам другого – буквы.
После регистрации и отсчета полос для каждого из сибсов можно проанализировать полученные результаты на наличие сцепления. Если рассматривается гипотеза сцепления локуса, ответственного за изучаемый наследственный дефект, с какой-либо из полос в отпечатках ДНК больного родителя, то можно сосчитать число рекомбинантных и нерекомбинантных индивидов, численно оценить долю рекомбинантов и рассчитать вероятность. Эта процедура проделывается для каждой из полос в отпечатках ДНК больного родителя.