В фондах музея сохранились алтарные врата от этого иконостаса .
В непосредственной близости от церкви Вознесения расположен другой, не менее загадочный памятник, Георгиевская колокольня. Точное время её строительства мы не знаем. Традиционно памятник датируется серединой XVI века и стилистически действительно принадлежит к этому времени. Строитель колокольни был, безусловно, знаком с итальянским зодчеством. Об этом говорит сама форма круглого здания, вызывающего в памяти «идеальные» архитектурные композиции итальянских зодчих XV—начала XVI века — итальянские кампаниллы. Ближе всего эта постройка к Архангельскому собору Кремля. Декор колокольни говорит о явном стремлении архитектора внести в оформление здания принципы ордерного построения: плоские пилястры, арки, профилированные архивольты и карнизы. Более точную датировку памятника предложил крупнейший исследователь древнерусского искусства М.А. Ильин, который считал, что памятник возведён в честь рождения Юрия, второго сына Василия III (30 октября 1533 года). С этой датой, по мнению М.А.Ильина, связано посвящение церкви Георгию Победоносцу. Можно также предположить, что Георгиевская колокольня была сооружена в начале XVI века, до строительства церкви Вознесения, и первоначально использовалась как кладбищенский храм-капелла «иже под колоколы» для служб и отпевания, вместо разобранной церкви Георгия Победоносца времён Дмитрия Донского, а затем около 120 лет служила колокольней церкви Вознесения. В XVII столетии после пристройки к колокольне деревянной трапезной она была превращена в алтарь церкви и 5 февраля 1678 года торжественно освящена. Оставшиеся в кладке арок следы креплений для подвески колоколов позволили исследователям установить, что колокола подвешивали по католическому способу, когда звук производился ударом колокола о язык, а не наоборот, как в православии. Колокол раскачивался с помощью верёвок и очепа. По свидетельству архитектора П.Д.Сухова (1867—1958), подобная подвеска имеется только в церкви Грузинской Богоматери в Никитниках. В 1843 году по проекту архитектора Е.Д.Тюрина церковь и трапезная были разобраны и вновь построены с использованием элементов декора и пропорций древнего здания. В 1920-е годы в процессе реставрации была разобрана верхняя часть церкви, и колокольне возвращён первоначальный вид.
В документах XVI века ( книгах выдачи ладана за 7093 год (1584—1585 гг.), хранящихся в российском архиве древних актов, упоминается ещё одна церковь Архангела Гавриила, местоположение которой не определено. Возможно, это была деревянная кладбищенская церковь XIV—XVI веков, стоявшая в районе Передних ворот, сгоревшая или разобранная по ветхости в конце XVI столетия. Легенда приписывает церкви название Святого Георгия Победоносца. Другое возможное предположение, что это был временный придел, расположенный в подклете церкви Вознесения Господня.
С XVI века церкви Коломенского, входившие в комплекс великокняжеского, а затем царского дворцов, управлялись Приказом Большой казны, а затем приказом Тайных дел. С XVIII столетия управление осуществлялось Дворцовым ведомством Его Величества дворцовой канцелярии. Центром великокняжеской усадьбы в Коломенском был «Государев двор»,в пределах Вознесенской площади и прилегающей к ней территории. Вероятно, «Государев двор» с южной и северной сторон был обнесён каменной стеной с «быками» (подпорой), фрагментарный вид которых сохранился на рисунке начала XVIII века в описании путешествия камер-юнкера Беркгольца. Эта стена была сломана во второй половине XVIII столетия:«Против Москвы-реки на косогоре близ оных бывших конюшенного и скотного дворов каменную ограду с быками мерою длины 27 сажень, вышины два аршина с половиною ...приказано сломать». Как выглядела ограда с двух других сторон, не известно. Въездом в усадьбу с западной, северной и южной сторон служили ворота, которые, возможно, простояли здесь до конца XVII века. В 1652 году из мастерской оружейной палаты были отправлены в Коломенское «трое часы воротные». В летописных свидетельствах нет чёткого указания на существование здесь дворца. Однако на миниатюрах лицевого свода русских летописей, сопровождающих текст, постоянно изображается многоверхий дворец. В 1552 году Иван Грозный отправляется через Коломенское на завоевание Казани: «И восходит на конь свой и шествует а може Богом наставлен, и поиде Государь к селу своему Коломеньскому ту ему кушати. И вкушаючи Государь всех с ним сущих вельми жаловал» . «Вкушал и жаловал» государь, по-видимому, в старом дворце своего отца. Здесь же он получает известие о завоевании Астрахани: «Того же году, августа 29 день, прислал к царю и великому князю Ивану Васильевичу Всея Русии воевода его княже Юрьи Иванович Проньской Шемякин с товарищи, с сеунчем из Астрахани князя Василиа князя Иванова сына Барбошина; а государь тогда был во своём селе Коломеньском, праздник творяще рождению своему». Вероятно, дворцовые помещения были достаточно удобны и рассчитаны на длительное проживание. В писцовых книгах XVI столетия содержится подробное описание дворцового комплекса, характерного для этой эпохи. Дворец состоял из хором царя, царицы и множества помещений хозяйственного назначения, соединённых крытыми переходами, в том числе и церковью, как это имело место в Коломенском. Во время страшного пожара Москвы 1560 года, когда почти полностью выгорел город, царь Иван именно Коломенское избрал для убежища царицы Анастасии: «А царица и великая княгиня Анастасия в то время бысть болна, и царь и великий князь великую княгиню отпровадил во своё село Коломенское с великою нужею, занеже болезнь её бысть велика зело».Обширность дворца отчасти подтверждается теми же миниатюрами лицевого свода. Даже при условном изобразительном характере миниатюр можно видеть несколько зданий различного назначения, причём здания были значительные по своим размерам, так как на великокняжеском пиру присутствовали десятки, если не сотни людей. Большой интерес представляет миниатюра стана Едигея в 1408 году, события, отстоявшего от времени создания лицевого свода почти на 150 лет. Художник XVI века изобразил дворец таким, каким он видел его сам. На миниатюре изображён великокняжеский двор, обнесённый высокими стенами с башнями. Вероятно, именно таким он и был в середине и во второй половине XVI столетия. Сейчас уже невозможно точно сказать, имели ли стены и башни Коломенского оборонительное назначение. Коломенское чаще всего служило перевалочным пунктом для русских войск во время походов. Основное назначение усадьбы — летняя резиденция для отдыха, причём, хорошо укреплённая. По словам немца-опричника Генриха Штадена, служившего Ивану Грозному, для того, чтобы взять увеселительный дворец великого князя, потребовалось бы не менее 1500 человек. С мая по сентябрь царь отдыхал в Коломенской усадьбе, руководя политической и хозяйственной деятельностью огромного русского государства. Исключение составляет зима 1564 года, явившаяся началом опричнины: «Тоя же зимы, декабря в 3 день в неделю, царь и великий князь Иван Васильевич всеа Руссии с своею царицею и великой княгинею Марьею и своими детьми... поехал с Москвы в село Коломенское. Подъём же его не тако был, яко же преже того езживал по монастырем молитися, или на которые свои потехи и объезды ездил... и платье и деньги и всю свою казну повелел взяти с собою. Которым же боярам и дворяном ближним и приказным людем повеле с собою ехати, и дворянам и детем боярским... велел тем всем ехати с собою, с людми и конми, со всем служебным нарядом. А жил в сем Коломенском две недели, для непогодия и беспуты... И как реки стали, и царь и государь ис Коломенского поехал в село Танинское декабря в 17 день, а ис Тонинского к Троице».
В 1570 году готовясь к войне с крымским ханом, отсюда, из Коломенского, царь Иван назначал воевод в пограничные города для укрепления границ государства. «7078 — того же году, майя в 22 день царь и великий князь отпустил перед собою на берег бояр своих и воевод князя Петра Семёновича Серебрянова, да Петра Васильевича Морозова, а ис Коломенского отпустил на Коломну боярина и воеводу Ивана Хирона Петровича Яковля». Принятые оборонительные меры не помогли, и летом «7079 (1571) приходил к Москве крымской царь Дивлет Кирей и майя в 24 день на Вознесеньев день Татарове посад зажгли. И Божиим гневом, грех ради наших, Москва сгорела вся: город и в городе государев двор и все дворы, и посады все и за Москвою... А царь крымской в те поры отошёл в Коломенское да, смотря гнева Господня, дивился и пошол в Крым».
А вот как об этих событиях пишет Генрих Штаден: «О этой игре (разделении на опричнину и земщину ) узнал крымский царь (Девлет Гирей) и пошёл к Москве с Темрюком из Черкасской земли — свойственником великого князя. А великий князь вместе с волынскими людьми — опричниками убежал в незащищённый город Ростов. Поначалу татарский хан приказал подпалить увеселительный двор великого князя — Коломенское — в 1 миле от города». На другой день татары подожгли Москву. В огне пожаров погибли десятки москвичей. Попытки хана взять Москву окончились неудачей. Девлет Гирей отошёл в Крым.
Следующее упоминание о Коломенском появляется только через 20 лет: «7099 (1591) июля в 4 день, в неделю с утра пришёл к Москве крымский хан Казы Гирей со многим собранием и стал против Коломенского и приехал к обозу от Коломенскова, от Воробьёва царевичей со многими людьми крымскими». Состоялась неудачная осада Москвы. Против крымцев выступили русские полки. «Того же числа (9 июня) и пришли и стали против Коломенскова. А бояре и воеводы, которые были у государя, князь Фёдор Иванович Мстиславский с товарищи, с Москвы пришли по своим полком во 2 день». Не дожидаясь битвы, крымский хан бежал... В тексте летописи нет упоминаний о дворцовых постройках на территории усадьбы. Интересно, что свои войска Казы Гирей расположил не в селе, а напротив Коломенского, так и не восстановленного после пожара 1571 года. Исследователь А. Корсаков пишет о том, что в 1592 году царь Фёдор Иоаннович приказал поставить перед дворцом ворота из самых толстых дубовых деревьев, с выпуклою на каждой верее резьбой отличного качества. Место, где были построены ворота, не известно. Возможно, именно эти ворота видели почти через сто лет польские послы Ян Гнинский и Киприан Бжостовский, посетившие Коломенское в 1671 году. Сразу возникает вопрос, перед каким дворцом построены ворота. Перед новым существующим или перед руинами сгоревшего в 1571 году, а, может быть, перед группой хозяйственных построек, и имеется в виду не дворец как комплекс хором, а хозяйственный дворец для обслуживания усадьбы, сохранившейся со времён царя Ивана IV. Легенда, бытовавшая в XIX веке, упорно приписывала существование терема Ивана Грозного в Вознесенском саду в составе деревянного дворца XVII века.. Так или иначе, но новый дворец не был построен. Царь Фёдор Иоаннович — «образ постничества нося, смирением обложен о мирских же ни о чём понятия имеем, токмо о душевном спасении» — был слишком занят богоугодными делами, не оставляющими времени для потех и развлечений.