Иногда в Коломенское во время летнего отдыха Алексей Михайлович приглашал гостей. Так, 25 июля 1653 года «на именины государыни царевны и великой княгини Анны Михайловны, ел у государя и великого князя Алексея Михайлови ча всея Русии Святейший Никон, патриарх Московский и всея Русии, стол был в передней избе». По-видимому, великий патриарх бывал в Коломенском и ранее. На шитом из атласа, богато убранном саккосе патриарха Никона, хранящемся в коллекции Оружейной палаты, жемчугом по красному бархату вышита надпись о том, что саккос поднесён патриарху царём Алексеем Михайловичем в мае 1653 года в селе Коломенском. Часто, в свои именины, к государю приезжали бояре, подносившие калачи царице и царевичам, а их жены и дочери царевнам. Бояре получали от царского стола «поденную подачу» в честь именин, которую очень ценили. Вороватым рассыльным, укравшим «подачу», доставались батоги и тюрьма. К сожалению, многие визиты в Коломенское гостей или не отмечались в документах, или такие источники утрачены.
К началу 70-х годов XVII века Коломенское из места, где царь тешился соколиной охотой на «арлакоф и уток», превращается в летнюю царскую резиденцию. Здесь принимают иностранных послов, гостей, вершатся судьбы русского государства. К этому же времени окончательно складывается Коломенская дворцовая волость, административным центром которого являлось село Коломенское. Кроме него, в волость'входило четыре присёлка, в каждом из которых находилась церковь: в Дьякове — каменная церковь Усекновения Честные Главы Иоанна Предтечи, в остальных были деревянные храмы: в Сабурове — церковь Николая Чудотворца, в Братееве — церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи, в Борисово — церковь Николая Чудотворца. В волость входило также восемь деревень, административно подчинённых центру (от семи до 22 крестьянских дворов). В 1675—1677 годах здесь жили 789 крестьян, причем женщины не учитывались, было 256 дворов.. Отдельные деревни имели два названия. Деревня Батюнино располагалась на восточном берегу Москвы-реки; юго-западнее Коломенского, на речке Чертановке,находилось Чертаново(Новое Заборье);ниже Бесомыкино (Беляево);западнее Котел(Нижние Котлы);севернее Нагатино;около 3 км,рядом с Батюниным, было Павлово (Курьяново);северо-западнее Коломенского-Новинки. Южнее Курьянова располагалось Максимово (Марьино). Самая дальняя деревня волости, Шипилово, находилась южнее Беляева. Причт церковников в сёлах волости жалования не получал, священнослужители имели пахотные земли и сенокосные угодья и работали на земле сами, за исключением богатых приходов. Священник села Борисова отец Максим имел пять зависимых людей, которые обрабатывали 12 десятин пашни. Не получали жалованье и рыбаки, земельные наделы которых ничем не отличались от крестьянских. Они платили оброк рыбой, водившейся в изобилии в Батюнинском озере.В ряде сохранившихся документов говорится о солеваренном заводе на территории Коломенского, поставлявшем соль для нужд царского двора, но местоположение этого завода до сих пор неизвестно. Около присёлка Борисова также находился «государев пруд, плотина каменная, а в пруду рыба: лещи, щуки, плотицы, караси. Рыбу ловят на государев обиход приезжая с Москвы подключники, да ниже плотины мельница» . По свидетельству источников, рыба осетровых пород водилась в Москве-реке и в XIX столетии. Немаловажной статьей дохода были фруктовые сады, которые очень любил царь Алексей Михайлович. Из восьми садов волости шесть располагались в Коломенском и Дьякове. В садах росли тысячи яблонь, сотни груш и дулей, кусты смородины, крыжовника, малины, белой и красной вишни. В Казанском и Старом Большом садах росли восемь кедров, два дерева грецкого ореха и, как украшение, две пихты.Дорога из Коломенского в Дьяково была обсажена красной вишней. Двор управителя с XVII века постоянно находился на Нижней улице. В доме имелись «жилые покои», архив и колодничьи сени. Во дворе в трёх избах — кухня, баня, конюшня, погреб, амбар, хлев.
С 1650 года и до конца царствования Алексея Михайловича управляющим Коломенского был Пётр Жадовский, к которому и адресуется большинство царских грамот по разным вопросам. С изменением функций села от потешного к царской резиденции менялся и придворный чин управителя. С 1667 года Пётр Жадовский именуется уже чарочником , а с 1672 года — клюшником или «путным клюшником» . Именно во время его управления Коломенское превращается в богатейшую и наиболее посещаемую государем резиденцию. В одно из посещений царя 25 июля 1662 года, когда он был в церкви у обедни и праздновал день рождения своей дочери, в Коломенском разыгрались события знаменитого Медного бунта — восстания, вызванного государственной денежной реформой. В ночь на 25 июля 1662 года в Москве ко многим воротам были приклеены «воровские листы» с обвинением царской администрации, связанной с денежной реформой. Огромная толпа собралась на Красной площади, ударили в набат.
Около 5000 человек направились в Коломенское уговаривать царя отменить медные деньги и наказать виновных бояр. Узнав от придворных, зачем явились восставшие, царь приказал спрятать бояр, выдачи которых требовала толпа, на половине царицы. «А царица в то время, и царевичи и царевны, запершись, сидели в хоромах в великом страху и боязни» . Прервав обедню, царь уговаривал восставших «тихим обычаем», чтобы они вернулись в Москву, а он после службы «будет к Москве, и в том деле учинит сыск и указ, и те люди говорили царю и держали его за платье, за пуговицы». Посадский человек Лука Житкой передал царю письмо с именами изменников-бояр, снятое на Лубянке. «И царь обещался им Богом и дал им на своём слове руку, и один человек из тех людей с царём бил по рукам и пошли к Москве все». Однако из Москвы в Коломенское на усмирение восставших были вызваны два стрелецких полка и все иноземцы из Немецкой слободы. По дороге толпа встретила усмирённых царём восставших, которые возвращались в Москву, повернула их, и все возвратились в Коломенское. В это время царь садился на коня, собираясь в Москву, чтобы помочь князю Ивану Андреевичу Хованскому, посланному на усмирение восставших. Окружив царя, народ опять требовал выдачи бояр «будет он Добром им тех бояр не отдаст, и они у него учнут имать сами по своему обычаю». Однако подошедшие через Спасские ворота в Коломенское стрелецкие полки Артамона Матвеева и Семёна Полтева неожиданно напали на толпу. Восстание было жестоко разгромлено. Безоружную толпу оттеснили к Москве-реке, в которой, по словам царского придворного Г. Котошихина, утонуло более 100 человек. В этот же день было порублено и переловлено более 7000 человек, у Коломенского повесили 150 человек, остальных били кнутом, отсекали руки и ноги, пытали и жгли. На правой стороне лица каждому выжигали клеймо с буквой «буки» — бунтовщик, «чтобы был до веку признатен». Всего «иманы на царя больше 15 000 человек».
В 1667 году после Андрусовского перемирия с Речью Посполитой, несмотря на напряжённое экономическое положение в стране, начали строительство нового, грандиозного по замыслу дворца. Старый дворец отца уже больше не удовлетворял царя, поскольку был тесен и не пригоден для приёмов иноземных послов.Подготовка к строительству началась в 1666 году, когда по царскому указу приступили к заготовке древесины в «лесах Брынских, по Оке, на реке Угре и Жиздре» . Зимой материалы доставлялись в Коломенское. Уже 2 мая 1667 года «в четверток, после столового кушания, за два часа до вечера государь пошёл с Москвы в Коломенское для складывания своих государевых хором», а 3 мая состоялась его торжественная закладка. Прослушав заутреню и литургию, царь уехал в Москву. Строительство дворца собрало в Коломенском первоклассных мастеров, носителей лучших традиций русской культуры. Мы знаем имена некоторых из них. Среди руководителей были стрелецкий голова Иван Михайлов, плотничий староста Семён Петров. Все работы выполнялись по специально созданным «знаменщиком» чертежам основных зданий комплекса. Художественные работы выполняли лучшие иконописцы, в том числе Иван Филатов, Фёдор Евстигнеев, во главе с первым царским изографом Симоном Ушаковым. В работе принимали участие поляки Иван Мировский, Станислав Лопуцкий, Познанский, армянин Богдан Салтанов, поднесенный царю Алексею Михайловичу в «дар» иранским посланником. Тот же посланник шаха «будучи на государевом дворе, смотря того, государского дворцового и хоромного строения, говорил, лутчи де того строения быть невозможно и удивился тому, что такое строение зделано токмо топорами, кроме иных снастей, как строят такие строения в иных государствах».
В 1668 году царь Алексей Михайлович совершил поход в Коломенское и Остров, чтобы проводить из Москвы Антиохийского Патриарха Макария. В Коломенском воспитывались 16 детей Алексея Михайловича, среди них замечательный музыкант и поэт, будущий царь Фёдор Алексеевич, регентша государства женщина-правительница царевна Софья, великий преобразователь русской земли Пётр I. Движение между усадьбой и Москвой было столь интенсивное, что царь Алексей Михайлович впервые на Руси распорядился поставить верстовые столбы на определенном расстоянии один от другого. Наследник Алексея Михайловича царь Фёдор Алексеевич (1661 — 1682) продолжает его дело.