25 мая начался подготовленный и спровоцированный Антантой мятеж Чехословацкого корпуса, эшелоны которого находились между Пензой и Владивостоком ввиду предстоящей эвакуации в Европу (см. Чехословацкого корпуса мятеж 1918).Мятеж вызвал резкое оживление недобитой буржуазно-помещичьей и казачьей контрреволюции и усиление мелкобуржуазной контрреволюции, которая теперь пыталась играть ведущую роль. В мае — июне белочехи и возникшие под их прикрытием контрреволюционные отряды овладели Сызранью, Самарой, Златоустом, Челябинском, Омском, Новониколаевском и Владивостоком, разгромив партийно-советский аппарат и уничтожив многих партийных и советских работников, коммунистов и беспартийных революционных рабочих и крестьян. 4 июня Антанта объявила корпус частью своих войск, заявив, что будет рассматривать его разоружение как недружелюбный акт по отношению союзных стран. При поддержке белочехов и Антанты возникли контрреволюционные "правительства": 8 июня в Самаре эсеро-меньшевистское правительство Поволжья — Комитет членов Учредительного собрания (Комуч), 23 июня в Омске — Временное сибирское правительство, которые начали формирование своих войск на добровольческих началах, а затем путём массовых мобилизаций.
Советское правительство двинуло в Поволжье и на Урал на борьбу с белочехами, белогвардейцами и мелкобуржуазной контрреволюцией значительные силы Красной Армии из внутренних районов страны. 13 июня 1918 был создан Восточный фронт под командованием левого эсера М. А. Муравьева. Для борьбы с кулацким саботажем в деревню были направлены продовольственные отряды (продотряды), 11 июня были созданы комитеты бедноты (комбеды), явившиеся опорными пунктами диктатуры пролетариата в деревне. В целях борьбы с разрухой и укрепления обороноспособности 28 июня была национализирована вся крупная промышленность и все виды транспорта, имевшего государственное значение. Усиление контрреволюции и развёртывание Гражданской войны потребовали быстрого создания массовой регулярной Красной Армии. 10 июля 1918 5-й Всероссийский съезд Советов законодательно оформил декрет ВЦИК от 29 мая, объявив военную службу обязательной для всех трудящихся в возрасте от 18 до 40 лет; нетрудовые элементы зачислялись в тыловое ополчение; принудительному призыву в армию подлежали все офицеры и военные чиновники старой армии. Для руководства политическим воспитанием армии и контроля за военными специалистами съезд законодательно оформил создание во всех воинских частях и военных учреждениях института военных комиссаров.
В июле 1918 обстановка стала ещё более трудной. 6 июля Антанта объявила Владивосток международной зоной и приступила к высадке крупных десантов, основную массу которых составили японские (70—75 тыс. чел.) и американские (10—12тыс.) войска; были усилены войска интервентов на Севере, состоявшие из английских, американских, французских и итальянских частей. В июле произошли подготовленные при поддержке Антанты правоэсеровский Ярославский мятеж 1918 (6—21 июля) и более мелкие мятежи в Муроме, Рыбинске, Коврове и др. В Москве вспыхнул левоэсеровский мятеж 1918 (6—7 июля), а 10 июля поднял мятеж командующий Восточным фронтом левый эсер Муравьев, который попытался захватить Симбирск, чтобы, заключив соглашение с белочехами, вместе с ними двинуться на Москву. Массовые контрреволюционные мятежи развернулись в Поволжье, на Южном Урале, Северном Кавказе, в Закаспийской и Семиреченской обл. и др. районах. С новой силой Гражданская война начала развёртываться на Дону, Северном Кавказе и в Закавказье. В июле белочехи и белогвардейцы захватили Симбирск, Уфу и Екатеринбург, где было создано "областное правительство Урала". 2 августа при поддержке контрреволюционного мятежа в городе десант Антанты занял Архангельск, где было образовано эсеро-белогвардейское правительство — "верховное управление Северной обл.". 6—7 августа белогвардейцы и белочехи захватили Казань. В августе эсеро-меньшевистский мятеж охватил район Ижевска и Воткинска. В Сибири остатки советских войск, отрезанные от центра, оставили Иркутск и отошли в Забайкалье. В августе белогвардейцы захватили Верхнеудинск и Читу. В 1-й половине сентября пали Хабаровск и Благовещенск, а 18 сентября последний опорный пункт Советской власти на Дальнем Востоке — Зея был оставлен советскими войсками, которые ушли в тайгу, перейдя к партизанским действиям.
Усилия интервентов и внутренней контрреволюции объединялись. "Их война с войной гражданской сливается в одно единое целое, и это составляет главный источник трудностей настоящего момента, когда на сцену опять выдвинулся вопрос военный, военных событий, как главный, коренной вопрос революции" (Ленин В. И., там же, т. 37, с. 14).
Значительная часть контрреволюционных сил и в первую очередь буржуазные националисты Прибалтики, Украины, Белоруссии, Закавказья, верхи Донского казачества объединялись вокруг германских интервентов. Империалисты Антанты со своей стороны стремились объединить все силы внутренней контрреволюции для организации их похода на Москву. Особенно активно в этом отношении действовали английские, американские и французские империалисты. При их участии эсеро-меньшевики осенью 1918 попытались организовать все антисоветские силы во всероссийском масштабе. 23 сентября в Уфе в качестве органа верховной власти была создана "Директория" эсеровско-кадетского состава. При Уфимской директории было учреждено Главное командование "русской и чехословацкой Армии" во главе с генералом В. Г. Болдыревым.
Летом 1918 Коммунистическая партия и Советское правительство сумели добиться укрепления Советской власти. В частности, решающие успехи были достигнуты в организации деревенской бедноты в центральных районах страны, где "...в деревнях повсюду поднялись трудовые эксплуатируемые элементы, поднялись вместе с пролетариатом городов... И нами теперь сделан первый и величайший шаг социалистической революции в деревне" (там же, с. 143, 144). "...Октябрьская революция городов для деревни стала настоящей Октябрьской революцией только летом и осенью 1918 г." (там же, с. 141). Это позволило в июле подавить контрреволюционные мятежи в центральных районах страны и превратить эти районы в основную военно-стратегическую базу Советской республики.
После ликвидации мятежа Муравьева командующим Восточным фронтом был 18 июля назначен И. И. Вацетис (до конца сентября 1918, с конца сентября 1918 до июля 1919 с небольшим перерывом в мае 1919 — С. С. Каменев, в июле — августе 1919 — М. В. Фрунзе, с августа 1919 по январь 1920 — В. А. Ольдерогге). 29 июля ЦК партии признал, что судьба революции "решается ныне на Волге и Урале", и дал указание о подготовке наступления на Восточном фронте. Был проведён ряд партийных мобилизаций, на Восточный фронт направлены пополнения, в том числе части, сформированные из рабочих. 1 августа Ленин поставил ближайшей задачей фронта достижение быстрой победы на участке Казань — Урал — Самара. Им был дан ряд конкретных указаний по усилению Восточного фронта войсками и кораблями, следствием чего явилось создание перевеса сил Красной Армии на этом решающем участке. Войска Восточного фронта были сведены (в июне — августе) в 1-ю, 2-ю, 3-ю, 4-ю и 5-ю армии. 6 августа был образован Северно-Восточный участок завесы для обороны северного направления, 4 авг. — Южный участок завесы из отрядов, действовавших на воронежском направлении.
В сентябре войска Восточного фронта перешли в наступление, 10 сентября освободили Казань, 12 сентября — Симбирск и 7 октября — Самару. В белой "народной армии" началось массовое дезертирство, в чехословацких войсках выявилось нежелание солдат и части офицеров воевать против Советской власти. Главное командование белых признало невозможным ведение успешной борьбы без прямой военной помощи Антанты. 7 ноября советские войска заняли Ижевск и продолжали наступление на Урал. Поражения подорвали авторитет "учредиловских" правительств в глазах иностранных империалистов. Мелкобуржуазная контрреволюция потерпела крах. 18 ноября в Омске военный министр Сибирского правительства. ставленник Антанты адмирал А. В. Колчак разогнал "Директорию" и все эсеро-меньшевистские "правительства" и был провозглашен верховным главнокомандующим и "верховным правителем" России, к концу 1918 Колчака признали все главари российской контрреволюции. Руководство контрреволюцией окончательно перешло к буржуазно-помещичьим кругам.
На Юге и Юго-Востоке летом и осенью 1918 также сложилась напряжённая обстановка. В июне — июле была свергнута Советская власть в Оренбургской и Уральской областях. Туркестанская советская республика оказалась отрезанной от основных районов страны. 11—12 июля произошёл эсеровский мятеж в Закаспийской обл., поддержанный английскими войсками, пришедшими из Ирана. 31 июля пала Бакинская коммуна и 1 августа к власти пришла эсеро-меньшевистская диктатура Центрокаспия, которая совместно с английскими интервентами расстреляла 26 бакинских комиссаров во главе с председателем Бакинского СНК С. Г. Шаумяном. Баку был занят приглашенными эсеро-меньшевиками английскими войсками, но они вскоре оставили город при приближении тур. войск, которые 15 сент. овладели Баку и поставили у власти своих ставленников — мусаватистов. В Семиречье возник Семиреченский фронт против восставших ещё в апреле казаков во главе с атаманом Б. В. Анненковым.
На Дону казачья армия генерала Краснова (40—60 тыс.) в августе — октябре развернула наступление на воронежском, поворинском и царицынском направлениях, но, встретив героическое сопротивление советских войск под Царицыном (см. Царицынская оборона 1918—19) и в др. районах, ограничилась закреплением территории Донской обл. Командующий Добровольческой армией генерал Деникин в июне предпринял новый поход на Кубань, где происходили казачьи восстания. Войска Северо-Кавказской советской республики, хотя и превосходили войска Деникина по численности, но, будучи отрезаны от центра, испытывали острый недостаток вооружения, снаряжения и боеприпасов. Они были лишены должного руководства со стороны командования Южного фронта, а во главе Красной Армии Северного Кавказа (с сентября — 11-я армия) оказались авантюристы ("главком" И. Л. Сорокин и др.). Серьёзным недостатком было также наличие сильных элементов партизанщины. Несмотря на это, советские войска Северного Кавказа героически сражались против опытного и сильного противника, оттянув на себя наиболее боеспособные силы южной контрреволюции, чем облегчили борьбу Красной Армии против Краснова и на Восточном фронте. В июле — августе 1918 белогвардейцы ценой больших потерь овладели станицей Тихорецкой (14 июля), Ставрополем (21 июля) и Екатеринодаром (17 августа). Главные силы войск Сверного Кавказа отошли к Армавиру, в район которого в середине сентября вышла Таманская армия, проделавшая тяжёлый поход с Тамани вдоль побережья, а затем через горы (см. Таманской армии поход 1918). Деникин занял Новороссийск, ставший с ноября 1918 его главной базой для связи с Антантой.